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Archiv verlassen und diese Seite im Standarddesign anzeigen : HMMER 5.09 raus -.behebt TEILWEISE AMD Probleme



JKuehl
09.10.2006, 20:03
von der offiziellen Seite:

Revised hmmer applications 5.09 for Windows, Linux, MacOS and UNIX: We have released a new hmmer application 5.09. The new version provides enhanced performance on all platforms but runs much faster especially on Windows/AMD and Linux/AMD64 systems. It creates by 30% smaller results and does now need SSE any longer. Thus the default Linux and Windows apps should run on every PC CPU - there are no longer i386 builds needed for manual installation. Several UNIX builds of the hmmer app are available for download and manual installation - thanks to Lars Bausch for compiling them. The Windows/AMD performance is still under investigation and if possible we will improve it in further hmmer versions.
.
EDIT :
.
mehr infos aus dem Forum:

Kritisch waren ja die Allokation der Datenmatrix im Speicher sowie der Zugriff darauf. Am besten geloest wurde das durch den Patch von Scalable Informatics, die reduzieren die Zugriffe auf die Matrix und gewinnen so Performance. Diese Optimierung hat am meisten fuer die AMD-CPUs gebracht, daher haben wir sie in die 5.09 uebernommen.
Beschrieben ist der Patch in dem paper Accelerating HMMer searches on Opteron processors with minimally invasive recoding (http://ieeexplore.ieee.org/iel5/10777/33944/01620450.pdf#search=%22Accelerating%20HMMer%20searches%20on%20Opteron%20processors%20 with%0Aminimally%20invasive%20recoding%22).

Viele andere moegliche Optimierungen die wir getestet haben waren prima fuer Intel-CPUs aber langsam auf AMDs.

Wir werden an dem Problem aber noch weiterarbeiten - vielleicht koennen wir durch verbesserte Speicherallokation noch was herausholen.

beste Gruesse
Thomas

gruenmuckel
09.10.2006, 20:05
Kommt das Ding automagisch per Boinc rein?

Sir Ulli
09.10.2006, 20:10
Kommt das Ding automagisch per Boinc rein?

so sollte es normal sein.

mfg
Sir Ulli

affenkopf
09.10.2006, 20:12
Also ich gucke mir täglich auf den Projektseiten den Status an und siehe da auf einmal brauchte eine AMD CPU anstatt 10k nur noch 5k Sec. läuft also voll automatisch, man muss nix dafür tun. :D

Riddler82
09.10.2006, 20:19
na, gott seis getrommelt und gepfiffen.
gleich mal wieder ein paar WUs ziehen.

birki2k
09.10.2006, 20:27
so sollte es normal sein.

mfg
Sir Ulli

kann man das im BOINC auch manuell machen? Oder geht das erst bei der nächsten WU?

Sir Ulli
09.10.2006, 20:30
kann man das im BOINC auch manuell machen? Oder geht das erst bei der nächsten WU?

das geht nur automatisch, aber im Moment scheint es erst mal wieder Simap WUs zu geben


Momentan ist gerade eine Serie SIMAP-Workunits an der Reihe, die werden mit der SIMAP app berechnet. Sollten noch hmmer Workunits im Cache sein, muesste der boinc client aber schon den 5.09er laden. Ich habe grad nochmal den Scheduler neu gestartet um sicherzustellen dass dies auch wirklich passiert.

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/forum/viewtopic.php?t=549

mfg
Sir Ulli

birki2k
09.10.2006, 20:33
Ok, thx

gruenmuckel
09.10.2006, 20:45
das geht nur automatisch, aber im Moment scheint es erst mal wieder Simap WUs zu geben



http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/forum/viewtopic.php?t=549

mfg
Sir Ulli
Sehr schön, da kommt dann wieder der gute opt. Client zum Zug.

indiana_74
09.10.2006, 20:52
Das wurde auch Zeit, meine nicht 24/7 AMD-Systeme sind nach dem Umstig auf Hmmer völlig beim RAC eingebrochen, jetzt kommt wieder mehr Dampf auf die Kessel 8)

Riddler82
09.10.2006, 21:18
naja, bisher ist das eher ernüchternd... rund 25% in 30 minuten. wenn das so bleibt, bleiben rund 30min die die 5.09er schneller ist. aber besser als garnix.
ich behalte das im auge *oink*

JKuehl
09.10.2006, 22:13
Also die erste 509er rödelt grad bei mir durch - estimated:
1:32h
(vorher immer 2-3h pro Unit)

Speedup sollte also - sofern an den Workunits nichts gebastelt wurde - also mindestens 25% betragen... Ich poste später ma n Link zu der Unit.

Die PFs sind immer noch sehr hoch - aber subjektiv ist die Anwendung wirklich schneller geworden.

http://www.planet3dnow.de/vbulletin/attachment.php?attachmentid=5207&stc=1&d=1160425642

Sir Ulli
09.10.2006, 22:22
ich bekomme irgendwie nur simap WUs, aber egal der X2 4.400 rechnet die in ner guten Stunde 2 latürnich...

mfg
Sir Ulli

JKuehl
09.10.2006, 22:53
Hab seit ner Stunde die Erste 5.08er in der Mangel. Link folgt!

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/workunit.php?wuid=2585068

Ole
09.10.2006, 22:53
Ich habe einen rechner mal wieder auf SIMAP umgestellt und Rosetta neue Aufgaben verweigert. Mal sehen was dabei rauskommt. Falls es zu einem offiziellen Kavallerieeinsatz kommen sollte, stelle ich natürlich alles wieder auf die jeweilige Aufgabe um.

Riddler82
09.10.2006, 23:44
ok, die erste 509er WU ist mittlerweile durch.

CPU: X2 3800+ @ Default
Ergebnis:

die letzte hmmer 5.08 brauchte ~9851 Sec (also etwa 2:44h).

die erste hmmer 5.09 benötigte ~7092 Sec. ( etwa 1:58h).

also etwa 46min kürzere Rechenzeit, oder etwa 28% schnellere Rechengeschwindigkeit, vorausgesetzt an den WUs wurde nichts verändert.
Ist doch schon ganz beachtlich!

gruenmuckel
10.10.2006, 00:03
10.10.2006 00:04:13|boincsimap|Sending scheduler request to http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap_cgi/cgi
10.10.2006 00:04:13|boincsimap|Reason: Requested by user
10.10.2006 00:04:13|boincsimap|(not requesting new work or reporting completed tasks)
10.10.2006 00:04:18|boincsimap|Scheduler request succeeded
10.10.2006 00:04:18|boincsimap|Message from server: Project encountered internal error: shared memory
10.10.2006 00:04:18|boincsimap|Project is down


*Huch*

fatrat
10.10.2006, 06:49
weiss einer was intel systeme zu dem neuen hmmer sagen?

Opteron
10.10.2006, 09:00
kann man das im BOINC auch manuell machen? Oder geht das erst bei der nächsten WU? Jo geht, Du kannst auch "alte" 5.08er WUs die noch in Deinem Cache liegen mit der 5.09er rechnen lassen. Dazu mußt Du ein paar Einstellungen in den config Datein umstellen. Für Version 5.05 hatte ich das hier beschrieben:
http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showpost.php?p=2885414&postcount=61

Neue WUs die reinkommen werden automatisch mit der 5.09er gestartet.


weiss einer was intel systeme zu dem neuen hmmer sagen? Ja was sollen Sie denn sagen ? Die rechnen wie eh und je schneller als die AMD Systeme, und profitieren auch einwenig von dem Patch. Steht doch auch schon in der off. Mitteilung:
9. Oktober 2006
Überarbeitete hmmer-Applikation 5.09 für Windows, Linux, MacOS und UNIX: Wir haben eine neue hmmer-Applikation 5.09 bereitgestellt. Die neue Version besitzt auf allen Plattformen eine verbesserte Performance, vor allem jedoch läuft sie schneller auf Windows/AMD und Linux/AMD64-Systemen.

ciao

Alex

Sir Ulli
10.10.2006, 21:04
mit Athlon X2 4.400

1:26 für die Hmmer WU

update, die letzte WU mit dem alten Client dauerte ca 2:25, da scheint sich aber einiges getan zu haben... :)

mfg
Sir Ulli

Ole
10.10.2006, 22:38
Ich hab 4 oder 5 Simap WUs bekommen. Vom neuen Hmmer keine Spur.
Dann sind auch noch ein paar Spinhenge in der Pipe. Der andere Rechner kaut weiter bei Rosetta rum.

Ich warte mal, was bei der Kavallerie rauskommt, da bin ich dann bei.

Sir Ulli
10.10.2006, 22:45
Die nächsten Hmmer WUs wird es in ca. 2 Tagen geben wenn die Serie SIMAP durch ist. .

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/forum/viewtopic.php?t=549

mfg

Sir Ulli

indiana_74
11.10.2006, 11:45
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/forum/viewtopic.php?t=549

mfg

Sir Ulli

Ich finds gut, dass mal wieder einige SIMAP-WU´s dabei sind.
Gehen schneller und bringen mehr Punkte ;D
Hat so was von einem Nachbrenner 8)

JKuehl
11.10.2006, 13:53
mein RAC ist auch von 650 auf 1050 hoch dank neuen SIMAPS - gestern mal schnell 5k Credits abgestaubt - das freut auch mal zwischendurch - auf gehts zur 50k :D

LarsPower
11.10.2006, 23:37
Die Simap WU's gehen wirklich gut ab :)

Ole
11.10.2006, 23:48
Die Simap WU's gehen wirklich gut ab :)


Das tun sie wirklich. Und ich muss Spinhenge crunchen... *jammer*
Naja, dafür wird das Team ordentlich nach vorne gespült. :)

*wuhaaaaa* 3333 Beiträge. Gleich mal im Partykeller n Bier aufmachen!

Edit: http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showthread.php?t=285112

Los einen mittrinken!

skelletor
12.10.2006, 12:00
hm soeben wird bei mir auch die erste 5.09er WU geladen - aber 5,5 MB / WU ist schon heftig...

gruss
skell

JKuehl
12.10.2006, 14:07
Durch falsch berechnete Laufzeiten haben meine 3 Rechnerlein sich bei nem eingestellten Queue von 1 Tag auch mal eben knapp 1 Gig an 5.09er runtergeladen... jetzt muss ich wohl oder übel alle Rechner durchlaufen lassen 24/7 - dabei woll ich doch Gothic 3 spielen :((

Ole
12.10.2006, 14:32
Durch falsch berechnete Laufzeiten haben meine 3 Rechnerlein sich bei nem eingestellten Queue von 1 Tag auch mal eben knapp 1 Gig an 5.09er runtergeladen... jetzt muss ich wohl oder übel alle Rechner durchlaufen lassen 24/7 - dabei woll ich doch Gothic 3 spielen :((


Höhö...*rofl* Sei mal froh, dass es keine 5.08er waren. Sonst hättest Du dir nen neuen PC kaufen müssen, solltest Du noch dieses Jahr mit Gothic anfangen wollen. ;)

JKuehl
12.10.2006, 16:53
Sag das nicht - ich hab extra für SIMAP noch nen X2 an die Wand geschraubt :D Da wärs auch kein Ding für G3 noch schnell einen zusammenzuschrauben :=)

Ole
12.10.2006, 17:20
Sag das nicht - ich hab extra für SIMAP noch nen X2 an die Wand geschraubt :D Da wärs auch kein Ding für G3 noch schnell einen zusammenzuschrauben :=)


Falls Du irgendwie einen 3800er oder ähnliches (am besten nen Toledo) übrig hast... ;)

Ich versprech auch ich würd ich crunchen lassen. :)

Sir Ulli
12.10.2006, 21:55
es gibt jetzt wohl reichlich hmmer WUs, habe gerade genug bekommen...

mfg
Sir Ulli

gruenmuckel
13.10.2006, 00:08
Ich will die 5.09 jetzt haben und zwar für Windows ohne SSE, gibts das schon irgendwo?

tomturbo
13.10.2006, 08:46
Ich will die 5.09 jetzt haben und zwar für Windows ohne SSE, gibts das schon irgendwo?
Das wird an und für sich automatisch heruntergeladen sobald Du eine hmmer WU zum Berechnen bekommst. Und ja das Programm ist ohne SSE lauffähig und trotzdem schneller.

lg
__tom

Opteron
13.10.2006, 10:36
Ich will die 5.09 jetzt haben und zwar für Windows ohne SSE, gibts das schon irgendwo?

Guckst Du da:

http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showthread.php?p=2917133#post2917133

ciao

Alex