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Archiv verlassen und diese Seite im Standarddesign anzeigen : Neue Wu´s Mai 2007 ab sofort!



JKuehl
30.04.2007, 20:35
New workunits: The calculation of similarities and features of the approx. 350.000 new sequences, that were imported from the databases PDB, Uniprot and RefSeq-genomes during april, and of 10.000 new domains from the new InterPro version 15.0, will start in the late evening of april 30th


Das Projekt ist schon runtergefahren - d.h. in wenigen Stunden gehts los mit verteilen!

JagDoc
30.04.2007, 21:34
The calculation of new simap workunits containing the novel proteins from april 2007 (simap app) and their domains (hmmer app) and new domains from the new InterPro version 15.0 will start on may 1st (due to a technical problem not on april 30th as announced before).

Doch erst morgen.

cu JagDoc

Sir Ulli
30.04.2007, 21:41
The calculation of new simap workunits containing the novel proteins from april 2007 (simap app) and their domains (hmmer app) and new domains from the new InterPro version 15.0 will start on may 1st (due to a technical problem not on april 30th as announced before).

Doch erst morgen.

cu JagDoc

Danke ;D

Rechner schon mal auf standby stellen.

mfg
Sir Ulli

niethi
30.04.2007, 22:47
Danke ;D

Rechner schon mal auf standby stellen.

mfg
Sir Ulli

Tja, zu spät: Der alte P3 hat sich doch glatt gleich gierig welche gezogen ;D

Sir Ulli
30.04.2007, 22:53
Tja, zu spät: Der alte P3 hat sich doch glatt gleich gierig welche gezogen ;D

;D

http://home.teleos-web.de/ubrinkschmidt/test/simap10.jpg

mfg
Sir Ulli

JKuehl
30.04.2007, 23:05
Zack 4 GIg WU´s gezogen ;D;D;D Genau rechtzeitig zum kalten Wetter ;)

Sir Ulli
30.04.2007, 23:31
Zack 4 GIg WU´s gezogen ;D;D;D Genau rechtzeitig zum kalten Wetter ;)

8)

wir müssen gleich die ganzen WUs abgreifen, damit die anderen nix mehr bekommen...

mfg
Sir Ulli

tomturbo
01.05.2007, 01:35
Auf gehts!

Nur keine Susanne vor lassen!

lg
__tom

[P3D] Neitmehr
01.05.2007, 03:19
Hmm. Ihr habt nicht alle gezogen... Ich bekomme auch noch welche. ;)

Surfer76
01.05.2007, 10:59
Ich denke, auch Susanne wird da nicht viel rechnen, die suchen sich im Moment andere Projekte. Wohl welche, did die meisten Punkte bringen.

Alex31
01.05.2007, 13:59
Wie lange dauern wie neuen Wu's? :)

JKuehl
01.05.2007, 14:32
Wie immer!

SIMAP:
E4300 @ 2.4 GHZ ca. 52 Minuten
E6300 @ 3.38 GHZ ca. 34 Minuten

HMMER: ( diese folgen immer erst, wenn alle SIMAPS weggerechnet wurden)
rund das doppelte - wobei die Intels hier besonders aufdrehen, die AMDs unter Windows etwas benachteiligt sind, und die AMDs unter Linux dafür genauso abgehen wie die Intels.


Susanne ist uns übrigens im RAC auf den Fersen - MAC scheint wohl viel auf SIMAP geswitcht zu haben - sollten den Output im Auge behalten und ggf. reagieren. Haben aber genug Vorsprung um locker einen Monat mal nicht zu reagieren.

Patmaniac
01.05.2007, 15:21
Bei meinem Notebook lass ich die letzten Spinhenge-WUs berechnen. Das Projekt ist dann auf Stop. Bin dafür auf SIMAP umgeswitcht. Sogar mit verdreifachter Ressource. So schnell soll SUSA also nicht an uns vorbei kommen. ;)

Sir Ulli
04.05.2007, 15:39
bei mir sind die ersten HMMER WUs eingetroffen.

mfg
Sir Ulli

JKuehl
04.05.2007, 17:06
Japp, die ersten 100k SIMAPS sind schon alle verteilt - die 100k HMMER trudeln jetzt so langsam auch schon bei mir ins queue.. geht ja echt fix diesen Monat.... in ca einer Woche ist schon wieder alles vorbei!

Patmaniac
04.05.2007, 18:51
Was ist an diesen WUs so besonders?

gruenmuckel
04.05.2007, 19:03
Was ist an diesen WUs so besonders? Die Simap 5.10 WUs laufen auf AMD-Prozessoren wunderbar.
Bei den hmmer WUs sind die AMDs im Nachteil was an der APP und an Windows liegt. Unter Linux sind die AMDs dann wieder so schnell wie Intels.

Deswegen freuen wir uns immer über die SIMAP-Wus. ;)

Patmaniac
04.05.2007, 19:34
Mit anderen Worten die hmmer WUs sind ein besonderes Schmankerl für meinen C2D. Na dann immer her damit! *yeah*

Olivier
04.05.2007, 20:21
Hallo P3D SIMAP Abteilung!

nachdem kein KAV Einsatz anliegt habe ich mich kurzerhand Euch angeschlossen (seit ja schon Platz 1... aber schaden kanns nie) und unterstütze Euch ab sofort bei SIMAP mit meinen bescheidenen Mitteln den ersten Platz zu verteidigen! ;D

tomturbo
04.05.2007, 22:25
Mit anderen Worten die hmmer WUs sind ein besonderes Schmankerl für meinen C2D. Na dann immer her damit! *yeah*
Ist ein Unsinn, bzw. so nicht richtig.

Generell ist hmmer unter windows um einiges langsamer als unter Linux, weil das memory management unter windows starke Nachteile bei dieser Applikation hat.

Das hat nichts mit AMD vs. Intel zu tun, sonder eher windows vs. Linux ;D

lg
__tom

Sir Ulli
04.05.2007, 22:52
Ist ein Unsinn, bzw. so nicht richtig.

Generell ist hmmer unter windows um einiges langsamer als unter Linux, weil das memory management unter windows starke Nachteile bei dieser Applikation hat.

Das hat nichts mit AMD vs. Intel zu tun, sonder eher windows vs. Linux ;D

lg
__tom

das ist auch so nicht ganz richtig;D

kommt auch immer auf den Compiler an, und der von MS, ist naja alles andere als gut, und der von Imhell kostet halt extra Geld, dafür ist er aber auch extra schnell...

mfg
Sir Ulli

tomturbo
04.05.2007, 22:57
das ist auch so nicht ganz richtig;D

kommt auch immer auf den Compiler an, und der von MS, ist naja alles andere als gut, und der von Imhell kostet halt extra Geld, dafür ist er aber auch extra schnell...

Das kann so sein.
Nur ist die hmmer und die simap applikation eine gcc applikation unter mingw statisch kompiliert.
Und Speicher allozieren und wieder freigeben ist unter Windows offenbar nicht so effizient gelöst wie unter Linux sodass die hmmer appl offenbar dort ein Problem hat.
Da kann auch der Intel oder MS Compiler nix machen *noahnung*

lg
__tom

Sir Ulli
04.05.2007, 23:05
Das kann so sein.
Nur ist die hmmer und die simap applikation eine gcc applikation unter mingw statisch kompiliert.
Und Speicher allozieren und wieder freigeben ist unter Windows offenbar nicht so effizient gelöst wie unter Linux sodass die hmmer appl offenbar dort ein Problem hat.
Da kann auch der Intel oder MS Compiler nix machen *noahnung*

lg
__tom

ist mir schon klar, es ist bekannt das Windows da ein Prob hat...

zb

Why astropulse 4.14 is slow on windows (http://setiweb.ssl.berkeley.edu/beta/forum_thread.php?id=972)

ebenfalls ein Windows Problem...

was ich nur sagen wollte mit nem richtigen Compiler kann man einiges umgehen, oder einige Fehler des OS übergehen....

aber natürlich nicht die Fehler des OS umgehen

mfg
Sir Ulli

Patmaniac
05.05.2007, 02:19
So, nachdem die ersten WUs durch sind, muss ich sagen, dass die hmmer WUs langsamer durchliefen, als die simap WUs vorher. Es stehen 5500 gegen 4100 sec CPU Time. Gleiche CPU, gleicher Takt selbstverständlich.

affenkopf
05.05.2007, 10:23
Die hmmer WUs sind auch größer, als die SIMAP WUs, daher dauerten diese bei dir länger.

Wenn ich mich nicht täusche, so sind diese doppelt mal größer als die SIMAP WUs.

tomturbo
05.05.2007, 10:34
So, nachdem die ersten WUs durch sind, muss ich sagen, dass die hmmer WUs langsamer durchliefen, als die simap WUs vorher. Es stehen 5500 gegen 4100 sec CPU Time. Gleiche CPU, gleicher Takt selbstverständlich.
Das rührt daher das hmmer eine völlig andere Applikation als simap ist.
Die beiden sind nicht vergleichbar.

lg
__tom

°Leon°
06.05.2007, 14:38
Erreicht ihr noch die Simap server iwie wollen meine Wus nicht mehr hochgeldane werden gibts da wohl Probs?*noahnung*

Leon

Surfer76
06.05.2007, 14:51
Konnte vor einer Stunden gut meine WU's hochladen, eigentlich keine Probleme.

Kater Sylvester
06.05.2007, 15:40
Da wird wohl gebastelt:
Meldung bei BoincView:
boincsimap 06.05.2007 15:39:01 629 [error] Error on file upload: Maintenance underway: file uploads are temporarily disabled.

Nu kommt's noch dicker:
boincsimap 06.05.2007 16:07:00 1387 Project is down

JKuehl
06.05.2007, 17:52
laut homepage:
"
==Not available==
This page requires database access. Our database server is temporarily shut down for maintenance. Please try again later."


tjoa.. abwarten! Ich hab noch Bunker für ne Woche ;-)

SR530
06.05.2007, 18:22
Im Augenblick alles im grünen Bereich ... :)

TAL9000
07.05.2007, 17:13
So das Ende naht, habe die ersten WUs aus dem letzen Batch 70501012 bekommen.

Gut gecruncht *great*

TAL9000

Sir Ulli
08.05.2007, 00:14
Im Augenblick alles im grünen Bereich ... :)

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/top_teams.php

Susa aber scheint aufzuholen...

das ist denen immer noch im Hinterkopf, damals das Rennen das sie verloren haben...

mfg
sir Ulli

Surfer76
08.05.2007, 00:18
Zuerst sollten wir, das RCN Race hinter uns bringen, dann könne wir wieder zurückswitchen auf SIMAP und Spinhenge, wobei zum Übrholen wohl SUSA die WU's ausgehen werden.

SR530
08.05.2007, 07:03
Zuerst sollten wir, das RCN Race hinter uns bringen, dann könne wir wieder zurückswitchen auf SIMAP und Spinhenge, wobei zum Übrholen wohl SUSA die WU's ausgehen werden.
Bis die Masse auf SIMAP switcht sind die WUs wahrscheinlich aus und beim nächsten Schwung geht es dann wieder um eine Generalmobilmachung, um SUSA in Schach zu halten.

So wirklich prickelnd ist das nicht ... *noahnung*

JKuehl
09.05.2007, 00:07
So da ham wirs wieder für den Monat, keine Arbeit mehr!
Mir egal - ich hab noch 3.5 GB Wu´s gebunkert ;-)

Sollten jetzt nur noch vereinzelt abgelaufene WUs reintröpfeln.

Sir Ulli
09.05.2007, 00:16
So da ham wirs wieder für den Monat, keine Arbeit mehr!
Mir egal - ich hab noch 3.5 GB Wu´s gebunkert ;-)

Sollten jetzt nur noch vereinzelt abgelaufene WUs reintröpfeln.

sind aber noch 14,621 unsend....

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/server_status.php

sollte also noch genug Arbeit sein.

mfg
Sir Ulli

TAL9000
09.05.2007, 11:07
70508001 Domains of 33.000 additional sequences HMMER@home 3375 Wus
70508003 Similarities of 33.000 additional sequences SIMAP@home 15950 Wus

Da ist was dazu gekommen... ansonsten nurnoch die TimeOut/Def. WUs.

EDIT: Hat nicht lange gehalten, No Work seit ~17.30, das war es dann erstmal.

TAL9000