Emploi
08.08.2007, 20:00
http://img130.imageshack.us/img130/1900/thelatticeprojectyh8.png (http://boinc.umiacs.umd.edu/)
Begleite das P3D The Lattice Project auf dem Weg nach oben!
Teamstats bei The Lattice Project (http://boinc.umiacs.umd.edu/top_teams.php?sort_by=total_credit)
Das P3D Team im Überblick (http://boinc.umiacs.umd.edu/team_display.php?teamid=301&sort_by=total_credit&offset=0)
BOINCstats vom Team (http://www.boincstats.com/stats/team_graph.php?pr=lattice&id=301)
P3D The Lattice Project WIKI (http://dc.planet3dnow.de/wiki/index.php?title=The_Lattice_Project)
Aktuelle Platzierung 1 Startposition 62 !
Mitglieder: 167
[P3D Battlemap]
[08.08.07] Pünktlich zum Augsburger Friedenstag wird zum freundlichen Mitcrunchen geblasen
[09.08.07] 24 Stunden nach dem Friedensausruf haben wir Platz 43, 6.222 Cr. und 20 Mitglieder
[10.08.07] Mittagsraport, wir fliegen über Platz 31, mit 13.100 Cr. und 25 Mitgliedern.
[12.08.07] WortzumSonntag, 4 Tage nach Start belegen wir Platz 27, mit 21.115 Cr. und 28 Mitgliedern.
[14.08.07] 6 Tage nach Start belegen wir Platz 22, mit 25,879 Cr. und 28 Mitgliedern.
[19.08.07] WortzumSonntag, 11 Tage nach Start belegen wir Platz 18 (seit 17.), mit 40,158 Cr. und 32 Mitgliedern.
[21.08.07] 08:00z, das Team hat mehr als >50'000 Cr. errechnet und belegt Platz 16, dabei sind 34 Mitglieder.
[21.08.07] 20:00 MESZ; 13 Tage nach Start belegen wir Platz 13, mit 52,446 Cr. und 34 Mitgliedern.
[22.08.07] 13:33 MESZ; wir ziehen in die Top 10 ein, mit >60,000 Cr. und 34 Mitgliedern.
[23.08.07] Wir belegen seit Heute den Platz 9, mit >75,000 Cr. und 35 Mitgliedern. Nur Zeit sind keine neuen WU vorhanden!
[24.08.07] Seit Heute Morgen haben wir den Platz 7, mit >80,000 Cr. und 35 Mitgliedern erreicht. Am Checkpointing wird gearbeitet!
[27.08.07] >100'000 Cr. mit 35 Mitgliedern erreicht.
[29.08.07] Platz 6 erreicht mit >115'000 Cr. und 35 Mitgliedern.
[30.08.07] Wir belegen Heute den Platz 5, mit >125,000 Cr. und 37 Mitgliedern.
[05.09.07] Nach 666h seit dem Ausruf erreichten wir Platz 4, mit >145,000 Cr. und 39 Mitgliedern.
[17.09.07] Wir erreichten Platz 3, mit >230,000 Cr. und 39 Mitgliedern (davon 11(29) aktiv)).
[27.09.07] Zwischenbericht: Aufgrund des QMC NonRaces zurückgefallen auf Platz 4, mit >240,000 Cr. und 41 Mitgliedern. Seit 3 Tagen sind keine neuen WU vorhanden!
[05.10.07] 6000 Neue WUs da...
[06.11.07] Wir erreichten erneut Platz 3, mit >280,000 Cr. und 44 Mitgliedern (davon 13 aktiv).
[09.12.07] Wir kippen auf Platz 4, mit >354,000 Cr. und 45 Mitgliedern (davon 6 aktiv).
[01.01.08] Neujahrsstand: Platz 4, mit >383,774 Cr. und 48 Mitgliedern (davon 6 aktiv).
[21.01.08] SpinRace bedingt auf Platz 5 gefallen, mit >399,935 Cr. und 50 Mitgliedern (davon 8 aktiv).
[24.01.08] Platz 4 zurück erobert, mit >407,159 Cr. und 55 Mitgliedern (davon 18 aktiv).
[29.01.08] Platz 3 erobert vom Projektbetreiber "Center for Bioinformatics and Computational Biology", mit >490,000Cr. und 58 Mitgliedern (davon 20 aktiv).
[25.02.08] Platz 2 erobert vom Team "College of Chemical & Life Sciences UMD", mit >662,100Cr. und 71 Mitgliedern (davon 38 aktiv).
[01.04.08] Zwischenstand: Der Planet hat >793,894 Cr. und 76 Mitglieder (davon 34 aktiv) im Lattice Team.
[08.05.08] Platz 1 von BOINC Synergy erobert, mit >1,020,500Cr. und 108 Mitgliedern (davon 69 aktiv).
[01.06.08] >1,523,000 Cr. mit 113 Mitgliedern (davon 73 aktiv) erreicht.
[22.08.08] >2,000,000 Cr. mit 114 Mitgliedern.
[03.01.09] >2,260 kCr. mit 114 Mitgliedern.
[06.01.10] >3,969 kCr. mit 167 Mitgliedern. Nur ab und an Arbeit vorhanden.
Aktuelles
Es liegt zwar ab und an WU Knappheit vor, doch zum nebenbei mitcrunchen ist es ideal. Also wundert euch nicht, wenn ihr zu Beginn evtl. sofort keine WUs bekommt. Schaut einfach in den Projektstatus (http://boinc.umiacs.umd.edu/server_status.php) ob welche vorhanden sind. Die aktuellen CARLI 5.07 WU haben weder Checkpointing noch eine Fortschrittsanzeige. :( Die Garli-WU dauert auf einem XP4800+ (2400 Mhz) 33 Minuten bis 1 Stunde... Im Schnitt also 45 Minuten. Die aktuellen GARLI 5.11 WU verfügen jetzt über Checkpointing und über eine Fortschrittsanzeige. Die WU sind länger geworden... 6-7 Stunden auf dem X² 4800+... Die MARXAN 5.04 verfügen leider über keine Fortschrittsanzeige, sie benötigen knapp über eine Stunde.
Projektneuigkeiten (http://boinc.umiacs.umd.edu/) (ältere News (http://boinc.umiacs.umd.edu/old_news.php)):
http://www.unitedboinc.com/news-sig/Grey-3-1s-0.png (http://www.unitedboinc.com)Alt: http://www.bilder-hoster.net/tn/GARLI2772b.png (http://www.bilder-hoster.net/?img=GARLI2772b.png) Neu: http://www.bilder-hoster.net/tn/WUGre03141.png (http://www.bilder-hoster.net/?img=WUGre03141.png) MARXAN und HMMPfam: http://www.bilder-hoster.net/tn/hmmpfamundmarxan78089.png (http://www.bilder-hoster.net/?img=hmmpfamundmarxan78089.png)
Systeme: http://wiki.bc-team.org/images/2/2a/Win.gif http://wiki.bc-team.org/images/8/88/Linux.gif http://wiki.bc-team.org/images/6/6d/Macos.gif
Homepage: http://boinc.umiacs.umd.edu/
Projektstatus: Status (http://boinc.umiacs.umd.edu/server_status.php)
Deadline: 7 Tage (garli 5.11), 3 Tage (HMMPfam 5.09) und 2 Tage (MARXAN 5.04)
Ram Auslastung: ca 280MB-1 GB (garli 5.11), >360 MB (garli 5.08 ), ca. 15-20MB ((HMMPfam 5.10) und 8 MB (MARXAN 5.04) pro Workunit
1234@Overclockers
Die WUs dieses Projekts sind teilweise anspruchsvoll! Das bedeutet: sollte es zu vielen WU-Abbruch-Fehlern kommen, dann probiert Gegenmaßnahmen einzuleiten, was der Stabilität des RAM und der CPU zugute kommt. Fragt zwecks Overclocking hier (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/forumdisplay.php?f=55) nach.
http://img130.imageshack.us/img130/313/lattice2bh4.png (http://imageshack.us)
Wissenswertes und Backgroundinfo zu The Lattice Project:
The Lattice Project ist wie das World Community Grid eine komplexe Grid-Infrastruktur, wo viele unterschiedliche Projekte ablaufen können, es wird an der Universität zu Maryland entwickelt. Es ist das erste Projekt, welches die Infrastrukturen privater GRID-Datenverarbeitung (basierend auf der Globus-Plattform) und öffentlicher Datenverarbeitung (basierend auf der BOINC) verbindet, um verschiedene Probleme der Bioinformatik zu studieren. Seit dem Projektstart sind mehr als 20 bereits existierende Bioinformatik-Tools auf das Lattice Project portiert worden. Details zu den einzelnen Projekten könnt ihr im folgenden Absatz nachlesen.
Hauptziel
Das Arbeitsumfeld vieler Wissenschaftler ist meist grundsätzlich unzulänglich, was den Fortschritt in einer Vielzahl von Forschungsfeldern materiell behindert. Es ist das Ziel genügend Rechenleistung und Ressourcen für eine aktive Gemeinschaft von wissenschaftlichen Forschern zur Verfügung zu stellen.
Wann wird das Lattice Project beendet?
Als fortwährendes Forschungsprojekt wird das Lattice Project in vielerlei Hinsicht nie beendet werden. Dennoch kann die gegenwärtige Lage ständig als Kreuz zwischen Prüfung und Fertigung beschrieben werden.
>Forschungsziele<
Welche Projekt - WU (Name) tut was? (Aktuell)
GARLI
GARLI (Genetic Algorithm for Rapid Likelihood Inference - Genetischer Algorithmus der Rückschlüsse aufgrund von Wahrscheinlichkeiten trifft):
http://paup.csit.fsu.edu/images/treesPT.gif
Beschreibung:
Führt eine heuristische phylogenetische Suche der Nukleotidsubstitution durch. Dabei wird das GTR-Modell verwendet - Vergleiche mit dem bekannten PAUP (ttp://paup.csit.fsu.edu/) sind möglich. Laut Website erfolgt die Analyse mit Maximum Likelihood. Screenshots und mehr Erklärungen finden sich auf der dortigen Website.
Für Laien: erstellt Stammbäume von verwandten Organismen aufgrund von Gensequenzen.
Stichworte:
Maximum Likelihood, Parsimony und Distanzmethoden.
Weiterführende Links:
Ich verweise auf eine Präsentation (http://www.informatik.uni-mainz.de/lehre/BioS/Maximum_Likelihood_Kuehl.ppt)(#wird aktualisiert), die ich für ein Bioinformatikseminareinmal verfasst habe, in der ich auf Maximum Likelihood sowie eine entsprechenden Algorithmus ( Quartet Puzzling ) eingehe.
Evolutionsmodelle (http://www.informatik.uni-mainz.de/lehre/BioS/Evolutionsmodelle_Seffar-Felber-Heil.ppt)(#wird aktualisiert), u.a. kurz über GTR - eine Präsentation meiner Mitstudenten.
Ebenso finden sich hier (http://www.informatik.uni-mainz.de/lehre/BioS/) weitere Präsentationen zum Thema Sequenzanalyse.
HMMPfam
Beschreibung:
Mittels HMMER werden ähnliche Gen- oder Proteinsequenzen charakterisiert, bzw. Profile davon erstellt, und in Proteinfamilien eingeteilt. Dabei werden bereits bekannte Funktionen als Vorlage genommen, und neu entdeckte, unbekannte Proteine in die gleiche Gruppe klassifiziert.
Im speziellen handelt es sich hier um fast 7 Millionen Sequenzen von rund 41000 Organismen der RMIDb. Diese Datenbank besteht aus Datensätzen von fast allen großen Proteindatenbanken - und mittels hmmpfan wird eine Klassifizierung vorgenommen. Das Problem besteht darin, dass die Datenbanken alle unterschiedliche Kriterien für die Klassifizierung anlegen, und somit eine Neuberechnung erforderlich ist.
Die Einteilung in verschiedene Familien ermöglicht es, bei zukünftigen Suchen von neuen Sequenzen nur noch in der entsprechenden Familie suchen zu müssen, und damit wird der benötigte Rechenaufwand *DRASTISCH* gesenkt. Vergleichbar mit SIMAP. Dadurch erhöhrt sich natürlich auch die Wahrscheinlichkeit, bestimmte Proteine(=Gene) für bestimmte Funktionen (also auch krankheitsauslösende) bestimmen zu können.
Für Laien:
Einteilung von Millionen von bekannten Proteinsequenzen in verschiedene Familien, um spätere Klassifizierungen schneller und einfacher vornehmen zu können.
Stichworte / weiterführende Links:
HMM = Hidden Markov Models (http://de.wikipedia.org/wiki/Verborgenes_Markow-Modell)
PFAM = Datenbank für Proteinmodelle, im speziellen für Domänen - Teile von Proteinen mit bestimmten Funktionen. (http://de.wikipedia.org/wiki/Pfam)
RMIDb = Rapid Microorganism Identification Database (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/www.RMIDb.org)(#wird aktualisiert)
MARXAN
Beschreibung:
Marxan ist ein sehr praxisorientieres und Nützliches Projekt, welches unter anderem zur Optimierung und Planung von Naturreservaten für Korallen genutzt wird. Erfolgreich wurden damit z.b. Simulationen zur optimalen Gestaltung eines Lebensraums im Great Barrier Reef durchgeführt.
Insgesamt liegt MARXAN ein sehr komplexer Algorithmus zugrunde, eine Weiterentwicklung von SPEXAN (Spatially Explizit Annealing) bezogen auf Marinesysteme.
Als Eingabe dienen Daten von Spezies, deren Habitaten, Nahrungsgewohnheiten und anderen Parametern.
Als Ausgabe wird ein Szenario generiert, welches eine möglichst hohe Artenvielfalt bei gleichzeitig hoher Populationsdichte ermöglicht.
Marxan beruht auf einem kombinatorischen Problem (Rucksackproblem). Diese weisen generell eine gigantische Anzahl von möglichen Kombinationen auf. Beispiel: Lotto. Problematisch und sehr rechenzeitintensiv ist die Tatsache, dass das Rucksackproblem NP-vollständig ist und somit die Berechnungszeit exponentiell mit der Größe der Eingabedaten ansteigt. Daher wird nicht der komplette Raum an Kombinationen durchsucht sondern durch Heuristiken nur ein möglichst vielversprechender Teil.
Marxan berechnet im Prinzip eine (nicht optimale aber hinreichend gute) Lösung des Rucksackproblems mittels Simulated Annealing.
Sim. Ann. führt dazu, dass bei Optimierungsproblemen möglichst globaloptimale Lösungen gefunden werden, da bei solchen der Algorithmus durch das weglassen großer Teile des Lösungsraums oft in lokaloptimalen Lösungen festhängt.
Für Laien:
Berechnet Simulationen um Lebensräume im Meer neu zu gestalten, zu sichern, die Artenvielfalt zu erhalten und die Population der Arten zu erhöhen.
Stichworte / weiterführende Links:
Website von MARXAN
http://www.uq.edu.au/marxan/
Planung von zu schützenden Gebieten in den Meeren
http://oceans.greenpeace.org/en/documents-reports/roadmap-to-recovery
Erklärung zu Simulated Annealing / simulierte Abkühlung
http://en.wikipedia.org/wiki/Simulated_Annealing
Erklärung zu Marxan
http://en.wikipedia.org/wiki/Marxan
Erklärung zum Rucksackproblem
http://de.wikipedia.org/wiki/Rucksackproblem
weitere Projekte:
BLAST
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) is a package of applications that can quickly and efficiently compare a specified nucleotide or amino acid sequence (or batch of such sequences) with an existing database of known sequences, translating, if necessary, between nucleotides and amino acids, and determine similarities among them. Various builds of blast are specialized to certain types of searches. This implementation uses a build of the general version, blastall. Visit the BLAST web site for more information and source distribution.
DVv JKuehl (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/member.php?u=15750)Eine Sammlung von Anwendungen, die mittels effizienter Algorithmen Nukleotid- und Aminisäuresequenzen vergleichen, und Ähnlichkeiten feststellen kann. Dies geschieht mittels einer Datenbank bekannter Sequenzen - ggf. nötige Translationen zwischen Aminosäuren und Nukleotiden werden dabei automatisch durchgeführt. Es gibt verschiedenste Versionen von BLAST die einzelne Algorithmen zur Sequenzanalyse implementieren - in diesem Projekt wird der BLASTALL-Algorithmus verwendet. Mehr Informatonen auf der Blast WEB-Site http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/
Für Laien: Damit lassen sich Ähnlichkeiten von z.b. Protein- oder Gensequenzen finden. Es lassen sich also z.B. verschiedene Krebsarten bzw. gesunde und kranke Zellen voneinander unterscheiden, Verwandtschaftsbäume von Affe, Mensch, Seezunge und Buche bestimmen, oder ein Vaterschaftstest durchführen.
Clustal W
A program for multiple DNA or protein sequence alignment based on a progressive alignment strategy where more similar sequences are aligned first to produce groups of aligned sequences and then these groups are aligned together. Initial pairwise alignments provide the basis for calculating a distance between sequences. These distances are used to produce a neighbor-joining-based guide tree that is used to guide the progressive alignment. An affine gap penalty formula with independently selectable weights for gap open and gap extension is used for scoring gaps, and a choice of several user selectable weight matrices are used for scoring matches. A choice of slow/accurate and fast/approximate alignment algorithms are available. A neighbor-joining tree can be produced on the multiple alignment and bootstrap analysis can be performed. The program accommodates several input formats and also produces output in several formats. On-line help pages for the program are available.
CNS
Crystallography & NMR System (CNS) is the result of an international collaborative effort among several research groups. The program has been designed to provide a flexible multi-level hierachical approach for the most commonly used algorithms in macromolecular structure determination. Highlights include heavy atom searching, experimental phasing (including MAD and MIR), density modification, crystallographic refinement with maximum likelihood targets, and NMR structure calculation using NOEs, J-coupling, chemical shift, and dipolar coupling data. For more information visit the CNS web site.
Complab
Complab uses agent-based simulation models to study the geographic spread of Avian Influenza across the United States, to quantify the relative pandemic risk of US cities and determine optimal intervention strategies.
GARLI
GARLI performs heuristic phylogenetic searches under the General Time Reversible (GTR) model of nucleotide substitution, with gamma distributed rate heterogeneity and a proportion of invariant sites. For more information, visit the GARLI web site.
gsi
The genealogical sorting index (gsi) is a statistic to quantify the common ancestry of labeled tips on a tree. For more information, visit our web site.
HMMPfam
hmmpfam is part of the HMMER package. HMMER is an implementation of profile hidden Markov models (profile HMMs) for biological sequence analysis. Profile HMMs are statistical models of multiple sequence alignments. They capture position-specific information about how conserved each column of the alignment is, and which residues are likely. For more information, visit the HMMER web site.
IM
IM is a program, written with Rasmus Nielsen, for the fitting of an isolation model with migration to haplotype data drawn from two closely related species or populations. IM is based on a method originally developed by Rasmus Nielsen and John Wakeley (Nielsen and Wakeley 2001 GENETICS 158:885). Large numbers of loci can be studied simultaneously, and different mutation models can be used. For more information, visit the IM web site.
LAMARC
LAMARC is a package of programs for computing population parameters, such as population size, population growth rate and migration rates by using likelihoods for samples of data (sequences, microsatellites, and electrophoretic polymorphisms) from populations. It approximates the summation of likelihood over all possible gene genealogies that could explain the observed sample. For more information visit the LAMARC web site.
MARXAN
MARXAN is software that delivers decision support for reserve system design. MARXAN finds reasonably efficient solutions to the problem of selecting a system of spatially cohesive sites that meet a suite of biodiversity targets. Given reasonably uniform data on species, habitats and/or other relevant biodiversity features and surrogates for a number of planning units (as many as 20,000) MARXAN minimizes the cost (a weighted sum of area and boundary length, Possingham, Ball and Andelman 2001) while meeting user-defined biodiversity targets. For more information visit the MARXAN web site.
MDIV
MDIV is a program that will simultaneously estimate divergence times and migration rates between two populations under the infinite sites model or under a finite sites model. Here is the author's web interface to the program. Please note that this resource is not considered part of the Lattice project.
Migrate-N 1.7.6.1
Migrate estimates population parameters, effective population sizes and migration rates of n populations, using genetic data. It is a maximum likelihood estimator and uses a coalescent theory approach taking into account history of mutations and uncertainty of the genealogy. Migrate can be fetched from the LAMARC web site.
Modeltest
Modeltest is a program that assists in the evaluating the fit of a range of nucleotide substitution models to DNA sequence data through a hierarchical series of hypothesis tests. Two test statistics, likelihood ratio and Akaike information criterion (AIC), are provided to compare model pairs that differ in complexity. The program is used together with PAUP, typically as part of data exploration prior to more extensive phylogenetic analysis. For more information, see the web site.
MrBayes
A program for phylogenetic analysis of nucleotide or amino acid sequence data using a Bayesian approach. A Metropolis-coupled Markov Chain Monte Carlo (MCMCMC) algorithm is used with multiple chains, all but one of which is heated. The chains are used to sample model space through a process of parameter modification proposal and acceptance/rejection steps (also called cycles or generations). The heating raises the posterior probability by a factor, beta, which has the effect of increasing the magnitude of change between steps in the Markov Chain. After each cycle an exchange between a heated and unheated chain is evaluated similar to the other proposal and acceptance/rejection mechanism. The motivation for MCMCMC is to increase mixing. After the process becomes stationary the frequency with which parameter values are visited in the process represents an estimate of their underlying posterior probability. A choice of several commonly used likelihood models is available as are choices for starting tree (user-defined and random), data partitions (e.g., by codon position), and Markov Chain Monte Carlo parameters. For more information, visit the MrBayes web site.
ms
ms is an application which generates random independent sequence samples according to a simple Wright-Fisher neutral model. If invoked with a minimum of options, it produces samples under a panmictic, equilibrium model without recombination. By specifying various options on the command line the model can include recombination, island-model type structure, gene conversion and simple population size changes in the past. Visit the ms web site for more information and source distribution.
Muscle
MUSCLE is a program for creating multiple alignments of amino acid or nucleotide sequences. A range of options is provided that give you the choice of optimizing accuracy, speed, or some compromise between the two. For more information, visit the Muscle web site.
PAUP* 4.0
Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods) as the name implies is a program for phylogenetic analysis using parsimony, maximum likelihood, and distance methods. The program features an extensive selection of analysis options and model choices, and accommodates DNA, RNA, protein and general data types. Among the many strengths of the program are the rich array of options for dealing with phylogenetic trees including importing, combining, comparing, constraining, rooting and testing hypotheses. For more information, visit the PAUP* web site.
Phyml
PHYML is a software implementing a fast and accurate heuristic for estimating maximum likelihood phylogenies from alignments of homologous sequences. Large DNA and protein sequences data sets can be analysed under a broad range of substitution models. Extensive simulations showed that the topological accuracy of PHYML compares favourably with that of other existing programs, while being much faster. Visit the Phyml web site for more information.
Pknots 1.04
PKNOTS implements a dynamic programming algorithm for predicting optimal RNA secondary structure, including pseudoknots. The implementation generates the optimal minimum energy structure for a single RNA sequence, using standard RNA folding thermodynamic parameters augmented by a few parameters describing the thermodynamic stability of pseudoknots. Although the time and memory demands of the algorithm are steep, it is believed to be the first algorithm to be able to fold optimal minimum energy pseudoknotted RNAs with the accepted RNA thermodynamic model. Visit the Pknots web site for more information.
Seq-Gen
Seq-Gen is a program that will simulate the evolution of nucleotide or amino acid sequences along a phylogeny, using common models of the substitution process. A range of models of molecular evolution are implemented including the general reversible model. State frequencies and other parameters of the model may be given and site-specific rate heterogeneity may also be incorporated in a number of ways. Any number of trees may be read in and the program will produce any number of data sets for each tree. Thus large sets of replicate simulations can be easily created. It has been designed to be a general purpose simulator that incorporates most of the commonly used (and computationally tractable) models of molecular sequence evolution. Visit the Seq-Gen web site for more information and source distribution.
DVv JKuehl (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/member.php?u=15750)
Simuliert die Evolution von Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen entlang eines phylogenetischen Stammbaumes anhand bekannter Modelle des Mutationsprozesses, u.a. wurde das general-reversible-modell implementiert. Die Häufigkeit der einzelnen Zustände, sowie die Heterogenität der einzelnen Sites kann eingestellt werden. Eine beliebige Anzahl an Stammbäumen kann in beliebig viele Datensatzsammlungen eingelesen werden. Dadurch können schnell viele Repliakte einer Simulation erzeugt werden. Diese Art der Simulaton beinhaltet die meistbenutzten Modelle der Evolution molekularer Sequenzen. Mehr Informationen finden Sie auf der Seq-Gen Website. http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seqgen/
Snn
A program that performs the "nearest neighbor test" to detect genetic differentiation. Given a matrix of pairwise differences between sampled sequences, Snn can determine genetic differentiation among local sample groups. Visit the Permtest web site for more information and source distribution.
SSEARCH 3.4
SSEARCH does a rigorous Smith-Waterman search for similarity between a query sequence and a group of sequences of the same type (nucleic acid or protein). This may be the most sensitive method available for similarity searches. Compared to BLAST and FastA, it can be very slow. SSEARCH uses William Pearson's implementation of the method of Smith and Waterman (Advances in Applied Mathematics 2; 482-489 (1981)) to search for similarities between one sequence (the query) and any group of sequences of the same type (nucleic acid or protein) as the query sequence. It is available as part of the FASTA package.
Structure 2.0
The program structure is a free software package for using multi-locus genotype data to investigate population structure. Its uses include inferring the presence of distinct populations, assigning individuals to populations, studying hybrid zones, identifying migrants and admixed individuals, and estimating population allele frequencies in situations where many individuals are migrants or admixed. It can be applied to most of the commonly-used genetic markers, including microsatellites, RFLPs and SNPs. For more information, visit the Pritchard Lab web site.
Statistiken
http://img442.imageshack.us/img442/4326/frredclatticequ2.png (http://stats.free-dc.org/stats.php?page=team&proj=lat&team=301) & http://www.boincstats.com/signature/team_17_project7.gif (http://boincstats.com/stats/team_graph.php?pr=lattice&id=301)
. (http://boinc.umiacs.umd.edu/userw.php?id=2208)http://img183.imageshack.us/img183/1272/logostatpl2.pngThe Lattice Project - Projekt Monitor (http://stats.planet3dnow.biz/index.php?action=showallstatsfunprojects) by Twodee (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/member.php?u=36460)
The Lattice Projekt - Banner
http://dc.planet3dnow.de/wiki/images/7/76/Banner_Lattice.png (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showthread.php?t=315866)
http://dc.planet3dnow.de/wiki/images/2/27/Banner_Lattice2.png (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showthread.php?t=315866)
Danke an esquisse ! (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/member.php?u=13202)
Hall of Fame (beta)
http://img125.imageshack.us/img125/7654/hof0802jc1.png
letzter Monat:http://img245.imageshack.us/img245/2368/hof0801dq1.png
http://image-upload.biz/files/1eac32ab3e1f10649d80ac0f7.jpg
http://image-upload.biz/files/ed353d8c45505c07e924a876e.gif
*) Grafik wird einmal monatlich aktualisiert
Warum eine Hall of Fame? Diese Frage ist einfach beantwortet, um den Mitgliedern eine Ehrentafel zu bieten die auch Milestones für das P3D Team errechnet haben, die neue Ehrentafel wird ab Januar 2007 durch mich betreut.
Diese alte Ehrentafel wurde auf folenden Projekten eingesetzt: Riesel Sieve, SHA-1 und diesen hier, unserem "The Lattice Projekt"! Für die Betreuung der Tafeln war Olivier alleinverantwortlich;) Danke an Oliver (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/member.php?u=41364) !
Begleite das P3D The Lattice Project auf dem Weg nach oben!
Teamstats bei The Lattice Project (http://boinc.umiacs.umd.edu/top_teams.php?sort_by=total_credit)
Das P3D Team im Überblick (http://boinc.umiacs.umd.edu/team_display.php?teamid=301&sort_by=total_credit&offset=0)
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Aktuelle Platzierung 1 Startposition 62 !
Mitglieder: 167
[P3D Battlemap]
[08.08.07] Pünktlich zum Augsburger Friedenstag wird zum freundlichen Mitcrunchen geblasen
[09.08.07] 24 Stunden nach dem Friedensausruf haben wir Platz 43, 6.222 Cr. und 20 Mitglieder
[10.08.07] Mittagsraport, wir fliegen über Platz 31, mit 13.100 Cr. und 25 Mitgliedern.
[12.08.07] WortzumSonntag, 4 Tage nach Start belegen wir Platz 27, mit 21.115 Cr. und 28 Mitgliedern.
[14.08.07] 6 Tage nach Start belegen wir Platz 22, mit 25,879 Cr. und 28 Mitgliedern.
[19.08.07] WortzumSonntag, 11 Tage nach Start belegen wir Platz 18 (seit 17.), mit 40,158 Cr. und 32 Mitgliedern.
[21.08.07] 08:00z, das Team hat mehr als >50'000 Cr. errechnet und belegt Platz 16, dabei sind 34 Mitglieder.
[21.08.07] 20:00 MESZ; 13 Tage nach Start belegen wir Platz 13, mit 52,446 Cr. und 34 Mitgliedern.
[22.08.07] 13:33 MESZ; wir ziehen in die Top 10 ein, mit >60,000 Cr. und 34 Mitgliedern.
[23.08.07] Wir belegen seit Heute den Platz 9, mit >75,000 Cr. und 35 Mitgliedern. Nur Zeit sind keine neuen WU vorhanden!
[24.08.07] Seit Heute Morgen haben wir den Platz 7, mit >80,000 Cr. und 35 Mitgliedern erreicht. Am Checkpointing wird gearbeitet!
[27.08.07] >100'000 Cr. mit 35 Mitgliedern erreicht.
[29.08.07] Platz 6 erreicht mit >115'000 Cr. und 35 Mitgliedern.
[30.08.07] Wir belegen Heute den Platz 5, mit >125,000 Cr. und 37 Mitgliedern.
[05.09.07] Nach 666h seit dem Ausruf erreichten wir Platz 4, mit >145,000 Cr. und 39 Mitgliedern.
[17.09.07] Wir erreichten Platz 3, mit >230,000 Cr. und 39 Mitgliedern (davon 11(29) aktiv)).
[27.09.07] Zwischenbericht: Aufgrund des QMC NonRaces zurückgefallen auf Platz 4, mit >240,000 Cr. und 41 Mitgliedern. Seit 3 Tagen sind keine neuen WU vorhanden!
[05.10.07] 6000 Neue WUs da...
[06.11.07] Wir erreichten erneut Platz 3, mit >280,000 Cr. und 44 Mitgliedern (davon 13 aktiv).
[09.12.07] Wir kippen auf Platz 4, mit >354,000 Cr. und 45 Mitgliedern (davon 6 aktiv).
[01.01.08] Neujahrsstand: Platz 4, mit >383,774 Cr. und 48 Mitgliedern (davon 6 aktiv).
[21.01.08] SpinRace bedingt auf Platz 5 gefallen, mit >399,935 Cr. und 50 Mitgliedern (davon 8 aktiv).
[24.01.08] Platz 4 zurück erobert, mit >407,159 Cr. und 55 Mitgliedern (davon 18 aktiv).
[29.01.08] Platz 3 erobert vom Projektbetreiber "Center for Bioinformatics and Computational Biology", mit >490,000Cr. und 58 Mitgliedern (davon 20 aktiv).
[25.02.08] Platz 2 erobert vom Team "College of Chemical & Life Sciences UMD", mit >662,100Cr. und 71 Mitgliedern (davon 38 aktiv).
[01.04.08] Zwischenstand: Der Planet hat >793,894 Cr. und 76 Mitglieder (davon 34 aktiv) im Lattice Team.
[08.05.08] Platz 1 von BOINC Synergy erobert, mit >1,020,500Cr. und 108 Mitgliedern (davon 69 aktiv).
[01.06.08] >1,523,000 Cr. mit 113 Mitgliedern (davon 73 aktiv) erreicht.
[22.08.08] >2,000,000 Cr. mit 114 Mitgliedern.
[03.01.09] >2,260 kCr. mit 114 Mitgliedern.
[06.01.10] >3,969 kCr. mit 167 Mitgliedern. Nur ab und an Arbeit vorhanden.
Aktuelles
Es liegt zwar ab und an WU Knappheit vor, doch zum nebenbei mitcrunchen ist es ideal. Also wundert euch nicht, wenn ihr zu Beginn evtl. sofort keine WUs bekommt. Schaut einfach in den Projektstatus (http://boinc.umiacs.umd.edu/server_status.php) ob welche vorhanden sind. Die aktuellen CARLI 5.07 WU haben weder Checkpointing noch eine Fortschrittsanzeige. :( Die Garli-WU dauert auf einem XP4800+ (2400 Mhz) 33 Minuten bis 1 Stunde... Im Schnitt also 45 Minuten. Die aktuellen GARLI 5.11 WU verfügen jetzt über Checkpointing und über eine Fortschrittsanzeige. Die WU sind länger geworden... 6-7 Stunden auf dem X² 4800+... Die MARXAN 5.04 verfügen leider über keine Fortschrittsanzeige, sie benötigen knapp über eine Stunde.
Projektneuigkeiten (http://boinc.umiacs.umd.edu/) (ältere News (http://boinc.umiacs.umd.edu/old_news.php)):
http://www.unitedboinc.com/news-sig/Grey-3-1s-0.png (http://www.unitedboinc.com)Alt: http://www.bilder-hoster.net/tn/GARLI2772b.png (http://www.bilder-hoster.net/?img=GARLI2772b.png) Neu: http://www.bilder-hoster.net/tn/WUGre03141.png (http://www.bilder-hoster.net/?img=WUGre03141.png) MARXAN und HMMPfam: http://www.bilder-hoster.net/tn/hmmpfamundmarxan78089.png (http://www.bilder-hoster.net/?img=hmmpfamundmarxan78089.png)
Systeme: http://wiki.bc-team.org/images/2/2a/Win.gif http://wiki.bc-team.org/images/8/88/Linux.gif http://wiki.bc-team.org/images/6/6d/Macos.gif
Homepage: http://boinc.umiacs.umd.edu/
Projektstatus: Status (http://boinc.umiacs.umd.edu/server_status.php)
Deadline: 7 Tage (garli 5.11), 3 Tage (HMMPfam 5.09) und 2 Tage (MARXAN 5.04)
Ram Auslastung: ca 280MB-1 GB (garli 5.11), >360 MB (garli 5.08 ), ca. 15-20MB ((HMMPfam 5.10) und 8 MB (MARXAN 5.04) pro Workunit
1234@Overclockers
Die WUs dieses Projekts sind teilweise anspruchsvoll! Das bedeutet: sollte es zu vielen WU-Abbruch-Fehlern kommen, dann probiert Gegenmaßnahmen einzuleiten, was der Stabilität des RAM und der CPU zugute kommt. Fragt zwecks Overclocking hier (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/forumdisplay.php?f=55) nach.
http://img130.imageshack.us/img130/313/lattice2bh4.png (http://imageshack.us)
Wissenswertes und Backgroundinfo zu The Lattice Project:
The Lattice Project ist wie das World Community Grid eine komplexe Grid-Infrastruktur, wo viele unterschiedliche Projekte ablaufen können, es wird an der Universität zu Maryland entwickelt. Es ist das erste Projekt, welches die Infrastrukturen privater GRID-Datenverarbeitung (basierend auf der Globus-Plattform) und öffentlicher Datenverarbeitung (basierend auf der BOINC) verbindet, um verschiedene Probleme der Bioinformatik zu studieren. Seit dem Projektstart sind mehr als 20 bereits existierende Bioinformatik-Tools auf das Lattice Project portiert worden. Details zu den einzelnen Projekten könnt ihr im folgenden Absatz nachlesen.
Hauptziel
Das Arbeitsumfeld vieler Wissenschaftler ist meist grundsätzlich unzulänglich, was den Fortschritt in einer Vielzahl von Forschungsfeldern materiell behindert. Es ist das Ziel genügend Rechenleistung und Ressourcen für eine aktive Gemeinschaft von wissenschaftlichen Forschern zur Verfügung zu stellen.
Wann wird das Lattice Project beendet?
Als fortwährendes Forschungsprojekt wird das Lattice Project in vielerlei Hinsicht nie beendet werden. Dennoch kann die gegenwärtige Lage ständig als Kreuz zwischen Prüfung und Fertigung beschrieben werden.
>Forschungsziele<
Welche Projekt - WU (Name) tut was? (Aktuell)
GARLI
GARLI (Genetic Algorithm for Rapid Likelihood Inference - Genetischer Algorithmus der Rückschlüsse aufgrund von Wahrscheinlichkeiten trifft):
http://paup.csit.fsu.edu/images/treesPT.gif
Beschreibung:
Führt eine heuristische phylogenetische Suche der Nukleotidsubstitution durch. Dabei wird das GTR-Modell verwendet - Vergleiche mit dem bekannten PAUP (ttp://paup.csit.fsu.edu/) sind möglich. Laut Website erfolgt die Analyse mit Maximum Likelihood. Screenshots und mehr Erklärungen finden sich auf der dortigen Website.
Für Laien: erstellt Stammbäume von verwandten Organismen aufgrund von Gensequenzen.
Stichworte:
Maximum Likelihood, Parsimony und Distanzmethoden.
Weiterführende Links:
Ich verweise auf eine Präsentation (http://www.informatik.uni-mainz.de/lehre/BioS/Maximum_Likelihood_Kuehl.ppt)(#wird aktualisiert), die ich für ein Bioinformatikseminareinmal verfasst habe, in der ich auf Maximum Likelihood sowie eine entsprechenden Algorithmus ( Quartet Puzzling ) eingehe.
Evolutionsmodelle (http://www.informatik.uni-mainz.de/lehre/BioS/Evolutionsmodelle_Seffar-Felber-Heil.ppt)(#wird aktualisiert), u.a. kurz über GTR - eine Präsentation meiner Mitstudenten.
Ebenso finden sich hier (http://www.informatik.uni-mainz.de/lehre/BioS/) weitere Präsentationen zum Thema Sequenzanalyse.
HMMPfam
Beschreibung:
Mittels HMMER werden ähnliche Gen- oder Proteinsequenzen charakterisiert, bzw. Profile davon erstellt, und in Proteinfamilien eingeteilt. Dabei werden bereits bekannte Funktionen als Vorlage genommen, und neu entdeckte, unbekannte Proteine in die gleiche Gruppe klassifiziert.
Im speziellen handelt es sich hier um fast 7 Millionen Sequenzen von rund 41000 Organismen der RMIDb. Diese Datenbank besteht aus Datensätzen von fast allen großen Proteindatenbanken - und mittels hmmpfan wird eine Klassifizierung vorgenommen. Das Problem besteht darin, dass die Datenbanken alle unterschiedliche Kriterien für die Klassifizierung anlegen, und somit eine Neuberechnung erforderlich ist.
Die Einteilung in verschiedene Familien ermöglicht es, bei zukünftigen Suchen von neuen Sequenzen nur noch in der entsprechenden Familie suchen zu müssen, und damit wird der benötigte Rechenaufwand *DRASTISCH* gesenkt. Vergleichbar mit SIMAP. Dadurch erhöhrt sich natürlich auch die Wahrscheinlichkeit, bestimmte Proteine(=Gene) für bestimmte Funktionen (also auch krankheitsauslösende) bestimmen zu können.
Für Laien:
Einteilung von Millionen von bekannten Proteinsequenzen in verschiedene Familien, um spätere Klassifizierungen schneller und einfacher vornehmen zu können.
Stichworte / weiterführende Links:
HMM = Hidden Markov Models (http://de.wikipedia.org/wiki/Verborgenes_Markow-Modell)
PFAM = Datenbank für Proteinmodelle, im speziellen für Domänen - Teile von Proteinen mit bestimmten Funktionen. (http://de.wikipedia.org/wiki/Pfam)
RMIDb = Rapid Microorganism Identification Database (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/www.RMIDb.org)(#wird aktualisiert)
MARXAN
Beschreibung:
Marxan ist ein sehr praxisorientieres und Nützliches Projekt, welches unter anderem zur Optimierung und Planung von Naturreservaten für Korallen genutzt wird. Erfolgreich wurden damit z.b. Simulationen zur optimalen Gestaltung eines Lebensraums im Great Barrier Reef durchgeführt.
Insgesamt liegt MARXAN ein sehr komplexer Algorithmus zugrunde, eine Weiterentwicklung von SPEXAN (Spatially Explizit Annealing) bezogen auf Marinesysteme.
Als Eingabe dienen Daten von Spezies, deren Habitaten, Nahrungsgewohnheiten und anderen Parametern.
Als Ausgabe wird ein Szenario generiert, welches eine möglichst hohe Artenvielfalt bei gleichzeitig hoher Populationsdichte ermöglicht.
Marxan beruht auf einem kombinatorischen Problem (Rucksackproblem). Diese weisen generell eine gigantische Anzahl von möglichen Kombinationen auf. Beispiel: Lotto. Problematisch und sehr rechenzeitintensiv ist die Tatsache, dass das Rucksackproblem NP-vollständig ist und somit die Berechnungszeit exponentiell mit der Größe der Eingabedaten ansteigt. Daher wird nicht der komplette Raum an Kombinationen durchsucht sondern durch Heuristiken nur ein möglichst vielversprechender Teil.
Marxan berechnet im Prinzip eine (nicht optimale aber hinreichend gute) Lösung des Rucksackproblems mittels Simulated Annealing.
Sim. Ann. führt dazu, dass bei Optimierungsproblemen möglichst globaloptimale Lösungen gefunden werden, da bei solchen der Algorithmus durch das weglassen großer Teile des Lösungsraums oft in lokaloptimalen Lösungen festhängt.
Für Laien:
Berechnet Simulationen um Lebensräume im Meer neu zu gestalten, zu sichern, die Artenvielfalt zu erhalten und die Population der Arten zu erhöhen.
Stichworte / weiterführende Links:
Website von MARXAN
http://www.uq.edu.au/marxan/
Planung von zu schützenden Gebieten in den Meeren
http://oceans.greenpeace.org/en/documents-reports/roadmap-to-recovery
Erklärung zu Simulated Annealing / simulierte Abkühlung
http://en.wikipedia.org/wiki/Simulated_Annealing
Erklärung zu Marxan
http://en.wikipedia.org/wiki/Marxan
Erklärung zum Rucksackproblem
http://de.wikipedia.org/wiki/Rucksackproblem
weitere Projekte:
BLAST
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) is a package of applications that can quickly and efficiently compare a specified nucleotide or amino acid sequence (or batch of such sequences) with an existing database of known sequences, translating, if necessary, between nucleotides and amino acids, and determine similarities among them. Various builds of blast are specialized to certain types of searches. This implementation uses a build of the general version, blastall. Visit the BLAST web site for more information and source distribution.
DVv JKuehl (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/member.php?u=15750)Eine Sammlung von Anwendungen, die mittels effizienter Algorithmen Nukleotid- und Aminisäuresequenzen vergleichen, und Ähnlichkeiten feststellen kann. Dies geschieht mittels einer Datenbank bekannter Sequenzen - ggf. nötige Translationen zwischen Aminosäuren und Nukleotiden werden dabei automatisch durchgeführt. Es gibt verschiedenste Versionen von BLAST die einzelne Algorithmen zur Sequenzanalyse implementieren - in diesem Projekt wird der BLASTALL-Algorithmus verwendet. Mehr Informatonen auf der Blast WEB-Site http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/
Für Laien: Damit lassen sich Ähnlichkeiten von z.b. Protein- oder Gensequenzen finden. Es lassen sich also z.B. verschiedene Krebsarten bzw. gesunde und kranke Zellen voneinander unterscheiden, Verwandtschaftsbäume von Affe, Mensch, Seezunge und Buche bestimmen, oder ein Vaterschaftstest durchführen.
Clustal W
A program for multiple DNA or protein sequence alignment based on a progressive alignment strategy where more similar sequences are aligned first to produce groups of aligned sequences and then these groups are aligned together. Initial pairwise alignments provide the basis for calculating a distance between sequences. These distances are used to produce a neighbor-joining-based guide tree that is used to guide the progressive alignment. An affine gap penalty formula with independently selectable weights for gap open and gap extension is used for scoring gaps, and a choice of several user selectable weight matrices are used for scoring matches. A choice of slow/accurate and fast/approximate alignment algorithms are available. A neighbor-joining tree can be produced on the multiple alignment and bootstrap analysis can be performed. The program accommodates several input formats and also produces output in several formats. On-line help pages for the program are available.
CNS
Crystallography & NMR System (CNS) is the result of an international collaborative effort among several research groups. The program has been designed to provide a flexible multi-level hierachical approach for the most commonly used algorithms in macromolecular structure determination. Highlights include heavy atom searching, experimental phasing (including MAD and MIR), density modification, crystallographic refinement with maximum likelihood targets, and NMR structure calculation using NOEs, J-coupling, chemical shift, and dipolar coupling data. For more information visit the CNS web site.
Complab
Complab uses agent-based simulation models to study the geographic spread of Avian Influenza across the United States, to quantify the relative pandemic risk of US cities and determine optimal intervention strategies.
GARLI
GARLI performs heuristic phylogenetic searches under the General Time Reversible (GTR) model of nucleotide substitution, with gamma distributed rate heterogeneity and a proportion of invariant sites. For more information, visit the GARLI web site.
gsi
The genealogical sorting index (gsi) is a statistic to quantify the common ancestry of labeled tips on a tree. For more information, visit our web site.
HMMPfam
hmmpfam is part of the HMMER package. HMMER is an implementation of profile hidden Markov models (profile HMMs) for biological sequence analysis. Profile HMMs are statistical models of multiple sequence alignments. They capture position-specific information about how conserved each column of the alignment is, and which residues are likely. For more information, visit the HMMER web site.
IM
IM is a program, written with Rasmus Nielsen, for the fitting of an isolation model with migration to haplotype data drawn from two closely related species or populations. IM is based on a method originally developed by Rasmus Nielsen and John Wakeley (Nielsen and Wakeley 2001 GENETICS 158:885). Large numbers of loci can be studied simultaneously, and different mutation models can be used. For more information, visit the IM web site.
LAMARC
LAMARC is a package of programs for computing population parameters, such as population size, population growth rate and migration rates by using likelihoods for samples of data (sequences, microsatellites, and electrophoretic polymorphisms) from populations. It approximates the summation of likelihood over all possible gene genealogies that could explain the observed sample. For more information visit the LAMARC web site.
MARXAN
MARXAN is software that delivers decision support for reserve system design. MARXAN finds reasonably efficient solutions to the problem of selecting a system of spatially cohesive sites that meet a suite of biodiversity targets. Given reasonably uniform data on species, habitats and/or other relevant biodiversity features and surrogates for a number of planning units (as many as 20,000) MARXAN minimizes the cost (a weighted sum of area and boundary length, Possingham, Ball and Andelman 2001) while meeting user-defined biodiversity targets. For more information visit the MARXAN web site.
MDIV
MDIV is a program that will simultaneously estimate divergence times and migration rates between two populations under the infinite sites model or under a finite sites model. Here is the author's web interface to the program. Please note that this resource is not considered part of the Lattice project.
Migrate-N 1.7.6.1
Migrate estimates population parameters, effective population sizes and migration rates of n populations, using genetic data. It is a maximum likelihood estimator and uses a coalescent theory approach taking into account history of mutations and uncertainty of the genealogy. Migrate can be fetched from the LAMARC web site.
Modeltest
Modeltest is a program that assists in the evaluating the fit of a range of nucleotide substitution models to DNA sequence data through a hierarchical series of hypothesis tests. Two test statistics, likelihood ratio and Akaike information criterion (AIC), are provided to compare model pairs that differ in complexity. The program is used together with PAUP, typically as part of data exploration prior to more extensive phylogenetic analysis. For more information, see the web site.
MrBayes
A program for phylogenetic analysis of nucleotide or amino acid sequence data using a Bayesian approach. A Metropolis-coupled Markov Chain Monte Carlo (MCMCMC) algorithm is used with multiple chains, all but one of which is heated. The chains are used to sample model space through a process of parameter modification proposal and acceptance/rejection steps (also called cycles or generations). The heating raises the posterior probability by a factor, beta, which has the effect of increasing the magnitude of change between steps in the Markov Chain. After each cycle an exchange between a heated and unheated chain is evaluated similar to the other proposal and acceptance/rejection mechanism. The motivation for MCMCMC is to increase mixing. After the process becomes stationary the frequency with which parameter values are visited in the process represents an estimate of their underlying posterior probability. A choice of several commonly used likelihood models is available as are choices for starting tree (user-defined and random), data partitions (e.g., by codon position), and Markov Chain Monte Carlo parameters. For more information, visit the MrBayes web site.
ms
ms is an application which generates random independent sequence samples according to a simple Wright-Fisher neutral model. If invoked with a minimum of options, it produces samples under a panmictic, equilibrium model without recombination. By specifying various options on the command line the model can include recombination, island-model type structure, gene conversion and simple population size changes in the past. Visit the ms web site for more information and source distribution.
Muscle
MUSCLE is a program for creating multiple alignments of amino acid or nucleotide sequences. A range of options is provided that give you the choice of optimizing accuracy, speed, or some compromise between the two. For more information, visit the Muscle web site.
PAUP* 4.0
Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods) as the name implies is a program for phylogenetic analysis using parsimony, maximum likelihood, and distance methods. The program features an extensive selection of analysis options and model choices, and accommodates DNA, RNA, protein and general data types. Among the many strengths of the program are the rich array of options for dealing with phylogenetic trees including importing, combining, comparing, constraining, rooting and testing hypotheses. For more information, visit the PAUP* web site.
Phyml
PHYML is a software implementing a fast and accurate heuristic for estimating maximum likelihood phylogenies from alignments of homologous sequences. Large DNA and protein sequences data sets can be analysed under a broad range of substitution models. Extensive simulations showed that the topological accuracy of PHYML compares favourably with that of other existing programs, while being much faster. Visit the Phyml web site for more information.
Pknots 1.04
PKNOTS implements a dynamic programming algorithm for predicting optimal RNA secondary structure, including pseudoknots. The implementation generates the optimal minimum energy structure for a single RNA sequence, using standard RNA folding thermodynamic parameters augmented by a few parameters describing the thermodynamic stability of pseudoknots. Although the time and memory demands of the algorithm are steep, it is believed to be the first algorithm to be able to fold optimal minimum energy pseudoknotted RNAs with the accepted RNA thermodynamic model. Visit the Pknots web site for more information.
Seq-Gen
Seq-Gen is a program that will simulate the evolution of nucleotide or amino acid sequences along a phylogeny, using common models of the substitution process. A range of models of molecular evolution are implemented including the general reversible model. State frequencies and other parameters of the model may be given and site-specific rate heterogeneity may also be incorporated in a number of ways. Any number of trees may be read in and the program will produce any number of data sets for each tree. Thus large sets of replicate simulations can be easily created. It has been designed to be a general purpose simulator that incorporates most of the commonly used (and computationally tractable) models of molecular sequence evolution. Visit the Seq-Gen web site for more information and source distribution.
DVv JKuehl (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/member.php?u=15750)
Simuliert die Evolution von Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen entlang eines phylogenetischen Stammbaumes anhand bekannter Modelle des Mutationsprozesses, u.a. wurde das general-reversible-modell implementiert. Die Häufigkeit der einzelnen Zustände, sowie die Heterogenität der einzelnen Sites kann eingestellt werden. Eine beliebige Anzahl an Stammbäumen kann in beliebig viele Datensatzsammlungen eingelesen werden. Dadurch können schnell viele Repliakte einer Simulation erzeugt werden. Diese Art der Simulaton beinhaltet die meistbenutzten Modelle der Evolution molekularer Sequenzen. Mehr Informationen finden Sie auf der Seq-Gen Website. http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seqgen/
Snn
A program that performs the "nearest neighbor test" to detect genetic differentiation. Given a matrix of pairwise differences between sampled sequences, Snn can determine genetic differentiation among local sample groups. Visit the Permtest web site for more information and source distribution.
SSEARCH 3.4
SSEARCH does a rigorous Smith-Waterman search for similarity between a query sequence and a group of sequences of the same type (nucleic acid or protein). This may be the most sensitive method available for similarity searches. Compared to BLAST and FastA, it can be very slow. SSEARCH uses William Pearson's implementation of the method of Smith and Waterman (Advances in Applied Mathematics 2; 482-489 (1981)) to search for similarities between one sequence (the query) and any group of sequences of the same type (nucleic acid or protein) as the query sequence. It is available as part of the FASTA package.
Structure 2.0
The program structure is a free software package for using multi-locus genotype data to investigate population structure. Its uses include inferring the presence of distinct populations, assigning individuals to populations, studying hybrid zones, identifying migrants and admixed individuals, and estimating population allele frequencies in situations where many individuals are migrants or admixed. It can be applied to most of the commonly-used genetic markers, including microsatellites, RFLPs and SNPs. For more information, visit the Pritchard Lab web site.
Statistiken
http://img442.imageshack.us/img442/4326/frredclatticequ2.png (http://stats.free-dc.org/stats.php?page=team&proj=lat&team=301) & http://www.boincstats.com/signature/team_17_project7.gif (http://boincstats.com/stats/team_graph.php?pr=lattice&id=301)
. (http://boinc.umiacs.umd.edu/userw.php?id=2208)http://img183.imageshack.us/img183/1272/logostatpl2.pngThe Lattice Project - Projekt Monitor (http://stats.planet3dnow.biz/index.php?action=showallstatsfunprojects) by Twodee (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/member.php?u=36460)
The Lattice Projekt - Banner
http://dc.planet3dnow.de/wiki/images/7/76/Banner_Lattice.png (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showthread.php?t=315866)
http://dc.planet3dnow.de/wiki/images/2/27/Banner_Lattice2.png (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showthread.php?t=315866)
Danke an esquisse ! (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/member.php?u=13202)
Hall of Fame (beta)
http://img125.imageshack.us/img125/7654/hof0802jc1.png
letzter Monat:http://img245.imageshack.us/img245/2368/hof0801dq1.png
http://image-upload.biz/files/1eac32ab3e1f10649d80ac0f7.jpg
http://image-upload.biz/files/ed353d8c45505c07e924a876e.gif
*) Grafik wird einmal monatlich aktualisiert
Warum eine Hall of Fame? Diese Frage ist einfach beantwortet, um den Mitgliedern eine Ehrentafel zu bieten die auch Milestones für das P3D Team errechnet haben, die neue Ehrentafel wird ab Januar 2007 durch mich betreut.
Diese alte Ehrentafel wurde auf folenden Projekten eingesetzt: Riesel Sieve, SHA-1 und diesen hier, unserem "The Lattice Projekt"! Für die Betreuung der Tafeln war Olivier alleinverantwortlich;) Danke an Oliver (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/member.php?u=41364) !