DNA@Home

[Sabroe SMC]

DNA@Home - und wir haben mal wieder kein Team!

Projektlink: http://dnahome.cs.rpi.edu/dna/index.php

Projektbetreiber ist der von Milkyway@home bekannte Travis Desell und einige weitere von MW bekannte Personen.

Ziel des Projektes ist, wenn ich es richtig verstanden habe, herauszufinden wie Gene gesteuert werden und welche Auswirkungen die einzelnen Gen-Schalter auf die Zellen haben könnten.

redigierte Googleübersetzung:
Unsere derzeitigen Pläne beinhalten die Bewältigung des Mycobacterium tuberculosis Genoms, um gründlich zu verstehen wie Tuberkulose funktioniert, sodaß andere diese Informationen verwenden können um diese Krankheit, die jedes Jahr Millionen tötet zu stoppen. Wir planen auch, Yersinia pestis, dem Erreger der Pest zu bekämpfen.

[Kloputzer]

Hm interessant. Wenn unser Team eingetragen ist, werd ich mitmachen.

MfG

Kloputzer aka Fragman

[Beerbelly]

ich warte auch nur auf eine Info das Team erstellt worden ist ;-))

[orpheus2k]

Ich hab mir nun auch nen Account erstellt, mein Rechner kann sich aber nicht zum Projekt verbinden.

[opoderoso]

hab mich auch registriert und das Projekt hinzugefügt. Passiert allerdings noch nicht viel, die letzte News war vom 14 Apr 2010 und da hieß es schon testing..

[Sabroe SMC]

Das Projekt wurde auch erst Mitte April online gestellt. Ob und wann die ersten WUs versendet werden - mal sehen.
Travis muss seine Aufmerksamkeit ja nun auf 2 Projekte richten. Wir werden sehen wie und ob das passt.

@TiKu
Würdest Du bitte ein Team P3DNow! team bei DNA@home gründen?

[orpheus2k]

Aufgrund des Aufrufs habe ich schon gedacht, dass es längst losgegangen sei.
Dann ist ja alles klar

[TiKu]

http://dnahome.cs.rpi.edu/dna/team_display.php?teamid=40

[orpheus2k]

danke

[Sabroe SMC]

Neue Nachricht vom Projektverantwortlichen: Im Milkywayforum schrieb Travis:

Apropos Standard-Projekte (Es ging um Backup-Projekte für MW durch Verwendung von Boinc 6.10.56), und ohne Andeutungen machen zu wollen oder irgendetwas, aber in der nächsten Woche oder so sollte dnahome.cs.rpi.edu laufen. Also, wenn Sie Tuberkulose heilen helfen wollen ...

Dieser bescheidene Moderator hat ziemlich hart geschuftet um diesen ganzen verrückten Biologie Code zu boincifieren :) Das Projekt wird auch sehr CPU-freundlich, ich glaube nicht, dass wir in der Lage sein werden bedeutende Performance-Verbesserungen durch die GPUs zu erhalten. Und was sie tun werden, ist wirklich genial - Prüfung der gesamten DNA-Sequenzen für die Protein-Bindungsstellen, damit wir herausfinden können, wie Proteine mit unterschiedlichen Arten interagieren.

Im Spoiler steht der Originaltext.

Speaking of default projects, and not to drop hints or anything; but in the next week or so dnahome.cs.rpi.edu should be up and running. So if you want to help cure tuberculosis...

This humble moderator has been slaving away pretty hard getting that crazy biology code boincified :) That project will also be much more CPU friendly, as I don't think we'll be able to get the crazy performance improvements from using GPUs given what it's doing. And what it will be doing is really awesome -- examining entire DNA sequences for protein binding sites so we can figure out how proteins interact with different species.

And on a completely unrelated note, I've gotten the nbody simulation code from another one of our astronomers here. And in a month or so we should have a single-precision GPU friendly application that will simulate the interactions between the milky way and other dwarf galaxies, which will be REALLY cool.

ssh tho. it's all secret.

...

but not really :)

[FHen1979]

Naja, WUs gibts noch immer keine bisher. Habe es im Boinc erstmal wieder gelöscht.

[Sabroe SMC]

Right now I'm working on getting the application to checkpoint. It's 100k lines of (very messy) code, so it's been a lot of work.

I'm hoping to have some workunits out for testing this week sometime.

freie Übersetzung:
Gerade arbeite ich daran dem Programm Checkpointing beizubringen. Aber 100000 Zeilen sehr unordentlichen Code durch zu arbeiten ist ein Haufen Arbeit.
Ich hoffe das einige WUs irgendwann diese Woche zum testen bereit stehen.

Travis Desell 16.5.10

[Sabroe SMC]

Travis hat das Checkpointing seiner Aussage nach fertig. Das könnte dazu führen daß innerhalb der nächsten Tage WUs zur Verfügung stehen.

[snicK]

gibts was neues von dem Projekt?

[KIDH]

Bin jetzt auch angemeldet...Projekt meldet sich:

Message from server: Server error: feeder not running

[Sabroe SMC]

Another update -- workunits this week
For real this time. We were having some problems getting the checkpoints and results down to a manageable size. For a real data set (tuberculosis) they were running over 50 mb each. I think we've found a solution so we should really be able to start crunching this week.
--Travis

Freie Übersetzung:
Jetzt aber wirklich. Wir hatten Probleme mit dem Checkpointing und die Größe der Ergebnisse auf ein handhabbares Format zu bringen. Ein echter Datensatz wurde über 50 Mb groß. Ich denke das wir eine Lösung gefunden haben sodaß wir tatsächlich diese Woche bereit sind mit dem crunchen anzufangen.

Obs wirklich was wird. Wir wartens ab und lassen uns überraschen

[Sabroe SMC]

another update 12.10.2010
So I've fixed a lot of the checkpointing issues. Working some magic, I've gotten the initial (stupid) checkpoint from 50mb down to a 200kb binary file. As the checkpoint is also a major part of the result being sent back, this is really good news because we'll be able to save a lot of information server side, and not clog up your hard drives.
I'm going to try and have OS X and linux applications compiled and some workunits available tonight. Then I need to figure out how to compile the application on windows. Thanks to everyone still hanging on in there.

Freie Translation
Habe eine menge Probleme des Checkpointing behoben. Mit ein bisschen Magie wurden aus den 50Mb der Checkpointdatei rund 200 Kb. Da diese Checkpoint ein hauptbestandteil des zurück gesendeten Resultats ist das eine gute Nachricht, da wir nun in der Lage sind einen großen Anteil serverseitig zu speichern und nicht Eure Festplatten vollzumüllen.
Die Apps für Linux und Mac wurden compiliert und es heute Nacht werden die ersten WU's verfügbar sein. Dann muss ich herausfinden wie die Apps für Windows kompiliert werden. Danke an jeden der durchhält.

[Beerbelly]

na da hab ich doch gleich mal meine Linuxkiste auch angemeldet - vielleicht bekomme ich da ja auch wu's. Allerdings scheint der feeder nicht zu funktionieren.

[Sabroe SMC]

Der Text ist von Travis, den muss man nicht soooo ernst nehmen. Der Feeder lief bisher noch nie. Momentan kommt beim Aufruf des Server Status nur die Meldung: "Fatal error: Call to undefined function auth_ops_deny() in /export/www/dnahome/html/project/project.inc on line 82". Ob und wann wirklich Wutzen in Umlauf kommen .... Lassen wir uns überraschen. Ich wollte nur Leuten die nicht jeden Tag auf DNA@Home schauen *buck* mal die neuesten nachrichten zuführen.

PS: Die Nachricht kam am 12.10 um 21.45 UTC. Also hat's vergangene Nacht nicht geklappt

[Sabroe SMC]

Seit heute morgen ist die Server Status Page erreichbar unter
http://dnahome.cs.rpi.edu/dna/server_status2.php
Arbeit gibts noch keine, nur diese Meldungen:

18.10.2010 14:00:02 | DNA@Home | Sending scheduler request: To fetch work.
18.10.2010 14:00:02 | DNA@Home | Requesting new tasks for ATI GPU
18.10.2010 14:00:03 | DNA@Home | Scheduler request completed: got 0 new tasks
18.10.2010 14:00:03 | DNA@Home | Message from DNA@Home: No work sent
18.10.2010 14:00:03 | DNA@Home | Message from DNA@Home: Gibbs sampler is not available for your type of computer.
18.10.2010 14:00:13 | DNA@Home | Sending scheduler request: To fetch work.
18.10.2010 14:00:13 | DNA@Home | Requesting new tasks for CPU
18.10.2010 14:00:16 | DNA@Home | Scheduler request completed: got 0 new tasks
18.10.2010 14:00:16 | DNA@Home | Message from DNA@Home: No work sent
18.10.2010 14:00:16 | DNA@Home | Message from DNA@Home: Gibbs sampler is not available for your type of computer.

Kann ja auch nicht. Arbeit gibt's bisher nur für Mac
.
EDIT :
.
Ab nun sind auch für den Pinguin Apps und Test-Wu's vorhanden.

[Beerbelly]

laut den News auf der Projektpage vom 25.11.2010:

---------------------------------beisskante-------------------------------------------
haven't forgot about you guys
Here's an update. I'm having some rather major problems getting the windows application to return the same results as the linux/osx applications and it's looking like I'm going to have to do more than a bit of a code-rewrite.
I'll also be awarding credit next week for everyone who returned work (with a large bonus for waiting so long for it). 25 Nov 2010 7:20:01 UTC · Kommentar
---------------------------------beisskante-------------------------------------------

aber ich habe bis heute noch nichts bekommen ausser

---------------------------------beisskante-------------------------------------------
15.12.2010 18:46:51 DNA@Home Sending scheduler request: To fetch work.
15.12.2010 18:46:51 DNA@Home Requesting new tasks for GPU
15.12.2010 18:46:53 DNA@Home Scheduler request completed: got 0 new tasks
15.12.2010 18:46:53 DNA@Home Message from server: (Project has no jobs available)
---------------------------------beisskante-------------------------------------------

[Sabroe SMC]

Keine Sorge. Es kommt .... oder nicht
Bei Travis muss man einfach ein bischen zeit mitbringen. Wenn der morgen sagt weiss man nicht welches Jahrhundert er meint. ;D
Bis er kapierte das Gipsel eine ATI App programmiert hatte die um ein zigfaches schneller war als alles was Travis produziert hatte (siehe auch Milksop at try) dauerte es noch mehrere Wochen bis das Eingang ins allgemeine DC hatte.

[Sabroe SMC]

Es tut sich mal wieder was :

So I updated the user/team/host credit for everyone who had submitted an old workunit. Since you guys had to wait so long I was generous and gave you 500 credit per workunit for putting up with us while we're still in alpha. If there are any problems with the credit let me know as I had to hand enter it in the database.
<br>

As to what's going on with the project, I've been in the middle of a full rewrite of the application since the majority of the cold was old enough to be in a museum and didn't lend itself to giving the same results across different platforms and architectures. I'm not going to give an ETA yet as to when the code will be finished (because my last ETAs were so horrible), but we're really hoping to have something running soon.
<br>

--Travis

Jeder der eine WU hochgeladen hat bekommt pro WU 500 Cr gut geschrieben. Wenn es irgendwelche Probleme mit den Credits gibt soll man sich bei ihm melden. Er wird es dann von Hand ändern.
Bezüglich des Projektes ist er gerade dabei die App neu zu programmieren. Der Code gehörte wohl zu grossen Teilen schon ins Museum und gab auf verschiedenen Platformen nicht die gleichen Ergebnisse. Allerdings will er keine Zeitangabe machen wann diese Arbeit fertig sein wird. "Its done when its done" Aber er hofft das es "bald" sein wird.

[denjo]

Mit 500 credits bei nichtmal 2000 sec cpu laufzeit etwas viel ;)

[Sabroe SMC]

HAben ja auch ne halbe Ewigkeit gewartet. ;)

[Sabroe SMC]

Travis heute :
Pretty serious this time. I have a preliminary version of the code working and checkpointing. I'll be compiling everything tomorrow and should be sending out workunit to test it.

Jetzt wirds ernst. Er hat eine fast fertige Version die rechnet und checkpointet. Er wird für die verschieden OS morgen kompilieren und WUs senden.

Mal sehen wann "morgen" ist.


After we get the CPU versions of the application up and running, I'll be working on an OpenCL version for GPUs.

Sobald die CPU-Version funktioniert wird an einer OpenCL Version für Grafikkarten gestrickt.
Das dauert dann wohl wieder mehrere Monate :(

[Sabroe SMC]

Seit heute morgen werden für OS X WUs versendet. Diese sollen etwa eine halbe Stunde Rechenzeit benötigen. Sobald die Resultate verifiziert wurden werden die ersten Windows WUs versendet.

[MrBad]

Öha!? Na denn mal schauen ob da was kommt. Danke für die Info.

[Sabroe SMC]

Die WIndows App ist online und die ersten WUs sind rausgegangen. Habe leider keine bekommen.

[Sabroe SMC]

Habe auf 2 Rechnern die ersten WUs bekommen. Laufzeit auf i7 920@3500 runde 16 Minuten. Ram Bedarf um die 40 Mb. Soweit - so gut.
Bin mal gespannt wann Travis uns die ersten Fußangeln auswirft *suspect*

http://dnahome.cs.rpi.edu/dna/result.php?resultid=2650

[MrBad]

Huch! Gerade erst gesehen das Ich auch schon welche bekommen und vergütet habe. *suspect*

http://dnahome.cs.rpi.edu/dna/team_members.php?teamid=40&offset=0&sort_by=expavg_credit

[Sabroe SMC]

Alle 96 Stück bei Herrn Pen Ding
Vali Da Tore kommt nicht nach

[MrBad]

Alle 96 Stück bei Herrn Pen Ding
Vali Da Tore kommt nicht nach

Results ready to send 0
Results in progress 20
Workunits waiting for validation 87
Workunits waiting for assimilation 1
Workunits waiting for deletion 147
Results waiting for deletion 304
Transitioner backlog (hours) 0

Ola Amigo. Wird schon werden....*oink*

[HGW]

soeben 2 WU gezogen:

.
EDIT :
.
Laufzeit 12:30 auf einen Q6600 oc 3GHZ

[Sabroe SMC]

Ab jetzt gibt es auch Statistiken bei FreeDC: http://stats.free-dc.org/stats.php?page=proj&proj=dna

[Emploi]

Habe auch erste WUs bekommen... Werden mit 50Cr belohnt, 795-825 Sekunden dauern sie auf dem 1090T...

[Emploi]

Projekt wurde auf Anfrage in unsere 2D-Stats integriert und Einträge im C.I.2 sind jetzt möglich.

Scheint ja ein
HighCredit Projekt zu sein. Wenn genügend WU anliegen würden. ;) Auch wenn das Result Date 8 Jahre (http://stats.planet3dnow.biz/index.php?action=listcreditsindex2&listTYPE=cruncher&projectID=105) vor meiner Geburt liegt.. *buck*

[Crashtest]

Japp - Twodee hat auf meine Anfrage hin (ggf. auch noch weitere Anfragen) DNA in de Stats aufgen.

nur brauchen wir viel mehr Wuzen ...

[Beerbelly]

vor allem letzteres, ich verstehe gar nicht woher ihr eure wu's habt, bekomme ganz sporadisch 2 einzelne Wu's, die jede so 10-15min laufen (genaue Zeit weis ich gerade nicht).

[Crashtest]

japp 1-2 Wuzen pro PC, laufzeit so 15-16min auf meinen PhII und QCO, aber auch mein Fussi hat welche erhalten - aber eben nur mal so sporadisch ....

ggf http://dnahome.cs.rpi.edu/dna/forum_thread.php?id=68 etwas PUSHN

[LordNord]

Hm kann meinen X4 auslasten... warum auch immer...

[Kloputzer]

Ich bekomme oft auch 4 WUs, aber andere Projekte wollen immer vorher berechnet werden, sodass die erstmal liegen bleiben. Da muss ich immer manuell eingreifen.

BTW: Weiß einer, warum DNA@Home Statistiken noch nicht bei Boincstats angezeigt werden?

[LordNord]

Ich bekomme oft auch 4 WUs, aber andere Projekte wollen immer vorher berechnet werden, sodass die erstmal liegen bleiben. Da muss ich immer manuell eingreifen.


Stell doch mal die Ressourcenverteilung für DNA hoch, vielleicht bringt es ja was.

[Sabroe SMC]

@All
Alle die ungeduldig auf WUs warten sei gesagt: Das Projekt ist immer noch in einer frühen Alpha Phase. Um nicht aus riesigen Mengen Ws die Fehler aussortieren zu müssen wird es vorerst nur wenige geben (siehe unten). Wenn man bedenkt wie lange es gedauert hat bis überhaupt welche vorhanden waren geht es doch schon ganz gut. Ausserdem haben wir genügend Baustellen wo ausgeholfen werden muss. Als da wären QMC, EDGES, RNA, POEM, SIMAP, Spinhenge und auch Superlink.

Travis Desell
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Joined: 8 Feb 10
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Credit: 77,050
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Message 353 - Posted: 3 Apr 2011 | 20:35:18 UTC - in response to Message 339.
Ya'll gotta keep in mind that we're still pretty early in alpha stages here, so I don't want to send out too many workunits and then have to delete them all from the database when an error happens. Trying to keep things limited so it's easier to debug on my end and we have less chances of pissing off a whole bunch of people if/when server issues happen. :)

[Beerbelly]

@SabroeSMC:
da hast du auch Recht, und die Wus kommen ja langsam und mittlerweile doch ziemlich stetig also was solls,
@All:
lasst uns die Rekorde erst in den anderen Projekten brechen ;-)

[HGW]

@All...
Ausserdem haben wir genügend Baustellen wo ausgeholfen werden muss. Als da wären QMC, EDGES, RNA, POEM, SIMAP, Spinhenge und auch Superlink.



Bautrupp plus Polier vor Ort (RNA)
i7 920 hat:
eine Intron in arbeit mit z.Z. 475h und ende offen 8), plus 2 WUs (Enscherchia... stand: 50h + 35h )mit angezeigten laufzeiten von ~ 200h
plus 5 normale Wus

[Sabroe SMC]

Ab sofort werden 2 WUs pro Kern verteilt!
Das mosern hat bei Travis wohl geholfen *buck*

[HGW]

es gibt wieder arbeit ;D

28.04.2011 15:28:38 DNA@Home Scheduler request completed: got 2 new tasks

[GregO]

Für die Anwendung "Gibbs Sampler" gibt es eine Linux-Version.

[MrBad]

Hier sind auch wieder Gibbs Sampler eingetroffen.

[Emploi]

Es scheint sich was zu tun: *lova* *lova* *lova*

Have three more sets of workunits, so there should be more work available for awhile.I'm still working on updating the application, so maybe in the next couple weeks I'll get that out, which will make the stream of work much more steady.

[Makso]

so bin auch dabei mit 4 Kernen!

[Emploi]

Der Code scheint freigegeben zu sein:

Travis ruft: Optimierte App für DNA@Home? (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showthread.php?t=380978&page=3) *noahnung*

EDIT: Travis ruft: Optimierte App für DNA@Home?² (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showthread.php?t=398551)

[Makso]

Der Code scheint freigegeben zu sein:

Travis ruft: Optimierte App für DNA@Home? (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showthread.php?t=380978&page=3) *noahnung*

was meinst du damit?

[Emploi]

was meinst du damit?
Das war sehr unprofessionell, *buck* Link auf den selben Faden. :-[ Hier ist der Richtige: Travis ruft: Optimierte App für DNA@Home?² (http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showthread.php?t=398551)

[Makso]

;D macht ja nicht! kann jeden mal passieren! Aber verstehe ich das richtig, das Projekt wir eingestellt oder wir sollen als die User sollen das Script schreiben! Irgend wie komme ich heute nicht auf die richtigen Weg! :-[

[[MTB]JackTheRipper]

Es geht wohl darum, dass erfahrene Leute sich mal den Code anschauen ob der für GPU Berechnungen, oder allgemein optimierbar ist. Da haben wir hier ja ein paar Spezialisten. Vll mangelt es dem Projekt intern an erfahrenen Personen in diesem Themengebiet.

[Makso]

ahhh so verstehe! Alle klar! Ich hoffe es werden alle Grafikkarten unterstützt!

[Emploi]

Traivs ist u.a. auch der Projektleiter von Milkyway@home. Sein Code war an einigen Stellen sagen wir mal suboptimal. *buck* Auch dort wurde der Code veröffentlicht und durch unsere Forenmitglieder Twodee(lod of the stats) und Gipsel und Mitgliedern von seti.usa(nicht öffentlich) und AF(nicht öffentlich) optimiert. http://www.youtube.com/watch?v=nnsW-zB95Is&feature=channel_video_title

Gipsel hat dann sogar einen ATI Client geschrieben, ohne eine ATI Karte zu besitzen und diese dann einigen Forenmitgliedern (inc. mir) mit ATI Grafikkarte zum testen geschickt.

Ebenso ist die ATI App von Collaz von Gipsel, wo es vorher nur CUDA gab. ;)

[Makso]

Verstehe alles klar. Was ist das eigentlich für eine Programmier Sopache?

[Crashtest]

bei ATI:
C++ mit IL & Brook über CAL (wobei da Gipsel sehr viel per Hand optimiert hatte ...)
bei nVIDIA:
C++ mit CUDA

oder ggf bei beiden:
C++ mit OpenCL

[Makso]

Es gibt wieder Arbeit bei DNA. Neu WU´s sind bereit.

[Sabroe SMC]

Es gibt wieder Arbeit bei DNA. Neu WU´s sind bereit.
Leider schon wieder alle weg. Zu spät gelesen

[MrBad]

Leider schon wieder alle weg. Zu spät gelesen

Ja, nee. Der Server-Status täuscht. Es kommen immer wieder mal mehr oder weniger.

[Makso]

Ja, nee. Der Server-Status täuscht. Es kommen immer wieder mal mehr oder weniger.

Es komme immer wieder neue auch bei mir. Nur muss ich mein Arbeitspuffer auf 10 Tage einstellen und dann kommen die WU´s ;D

[MrBad]

Es gibt wieder welsche äh welche, sind bei mir bisher aber alle mit Berechnungsfehler abgebrochen.

[LordNord]

Hab jetzt grad 3 laufen, mit einer geschätzen Zeit von 4h, mal schauen ob die auch abbrechen,

[MrBad]

Waren anscheinend nur die ersten, jetzt laufen sie durch ins Pending. :)

[Makso]

bei mir das gleiche
alles in pending eine WU defekt.
Wollte mal wieder schnuppern. :)

[MrBad]

Die gute Nachricht: Es gibt (reichlich) WUs. Die schlechte: Die WUs sind sehr groß (~ 5Std. ) und die Deadline sauknapp (2 tage).

Das führt natürlich dazu das sie immer mit hoher Priorität laufen und alle anderen Projekte verdrängen. Nicht gut. Das haben auch schon andere bemerkt, aber was Travis sagen will bleibt mir verborgen. *noahnung*

User: long work unit + short deadline (2days)+ sharing cpu with other projects = not playing nicely with the other projects (bully its way onto the CPU) . Is it possible to extend the deadline a little so they play in a more kindly fashion..

:)

Travis: Ugh, the deadline gets set when the WUs are made...
http://volunteer.cs.und.edu/dna/forum_thread.php?id=161

Und das zur besten SIMAP-Zeit! *admin*

Achso, obwohl der validator läuft bisher zählen alle fertigen WUs als "ausstehend"....

[Crashtest]

DNA@Home

01.03.2012 19:58:00 | DNA@Home | Project is temporarily shut down for maintenance