The Lattice Project - Wir haben ein Team!

bin auch wieder am start ;-)

Derzeit alles HMMPFAM 5.11 Wus.

Q6600 @3.5 Ghz:
2972 Credits am Tag wenn man das hochrechnet - also rund auf dem Niveau von POEM.



Beschreibung
Mittels HMMER werden ähnliche Gen- oder Proteinsequenzen charakterisiert, bzw. Profile davon erstellt, und in Proteinfamilien eingeteilt. Dabei werden bereits bekannte Funktionen als Vorlage genommen, und neu entdeckte, unbekannte Proteine in die gleiche Gruppe klassifiziert.

Im speziellen handelt es sich hier um fast 7 Millionen Sequenzen von rund 41000 Organismen der RMIDb. Diese Datenbank besteht aus Datensätzen von fast allen großen Proteindatenbanken - und mittels hmmpfan wird eine Klassifizierung vorgenommen. Das Problem besteht darin, dass die Datenbanken alle unterschiedliche Kriterien für die Klassifizierung anlegen, und somit eine Neuberechnung erforderlich ist.

Die Einteilung in verschiedene Familien ermöglicht es, bei zukünftigen Suchen von neuen Sequenzen nur noch in der entsprechenden Familie suchen zu müssen, und damit wird der benötigte Rechenaufwand *DRASTISCH* gesenkt. Vergleichbar mit SIMAP. Dadurch erhöhrt sich natürlich auch die Wahrscheinlichkeit, bestimmte Proteine(=Gene) für bestimmte Funktionen (also auch krankheitsauslösende) bestimmen zu können.

Für Laien
Einteilung von Millionen von bekannten Proteinsequenzen in verschiedene Familien, um spätere Klassifizierungen schneller und einfacher vornehmen zu können.

Stichworte / weiterführende Links

HMM = Hidden Markov Models

PFAM = Datenbank für Proteinmodelle, im speziellen für Domänen - Teile von Proteinen mit bestimmten Funktionen.

RMIDb = Rapid Microorganism Identification Database
 
Zuletzt bearbeitet:
ich konnte meinen augen nicht trauen
da gab es doch tatsächlich 20 !!! neue WU´s bei mir von TLP
aber ein klick zu diesem thread hat gezeigt das es keine illusion war :D
 
Auf geht's - lasst uns Synergy wegrocken ;) ich will endlich wieder einen 3x Nr.1 Verteidigungsthread
 
Wie lange dauerd eine sone HMM Wu bei euch? Vorallem würd mich ein Intel auf 3-3,5GHz interessieren. Gern auch andere Werte.


MfG nookie
 
lol, irgendwas kann doch da nicht richtig sein. Mein System mit nem 3,2GHZ X2 5000+ braucht für ne HMM 25min. Der Intel kann doch unmöglich die 1,2GHz durch besseres Design wettmachen. Odre wie seht ihr das?


MfG nookie
 
lol, irgendwas kann doch da nicht richtig sein. Mein System mit nem 3,2GHZ X2 5000+ braucht für ne HMM 25min. Der Intel kann doch unmöglich die 1,2GHz durch besseres Design wettmachen. Odre wie seht ihr das?


MfG nookie

evtl miese speichereinstellung?
der core2 hat ja auch dicke cache, was TLP zu gute kommt
 
lol, irgendwas kann doch da nicht richtig sein. Mein System mit nem 3,2GHZ X2 5000+ braucht für ne HMM 25min. Der Intel kann doch unmöglich die 1,2GHz durch besseres Design wettmachen. Odre wie seht ihr das?


MfG nookie


Witzbold, ich brauche 30 min für die HMM, und meine CPU ist sogar etwas höher getaktet und hat 2x1MB L2 mit Niedriegeren Latencen, und die Timmings sind am anchlag, habe sogar die Subtimmings angezogen.
 
wenn das so ist, dann sind die K8 hier besonders schlecht :(


Tja so ist es leider. Aber komisch das sein G2 schneller ist als mein F3. Vllt liegts an meinem doch etwas betagtem Chipsatz, der Stammt ja noch aus DDR1 Zeiten.
 
Synergy scheitn aufgewacht zu sein, nicht nachlassen jetzt! Obwohl ich nachdem PDM-Race eigentlich mal abchillen wollte, laufe ich jedenfalls wieder voll Power


index.php
 
DonGeilo du bist ja auch 4min schneller als ich =)

Also hat der K8 hier anscheinend keine Chance mehr gegen den Core2. Egal, was anderes als den K8 kann und will ich nicht zum crunchen nehmen also weiter rechnen und noch paar MHz rauskitzeln^^


MfG nookie
 
Hauptsache wir bleiben dran an #1 ;D ... Die WUs reichen zwar gerade (pi mal daumen gerechnet) bei Weitem nicht für das Zeil aus. Aber die Welle ist spürbar ;)
 
Hauptsache wir bleiben dran an #1 ;D ... Die WUs reichen zwar gerade (pi mal daumen gerechnet) bei Weitem nicht für das Zeil aus. Aber die Welle ist spürbar ;)


Wir müssen die Kurve einfach "senkrecht" machen, dann reichen die WUs, weil wir die zu schnell wegcrunchen :D

Naja, ausserdem müssten ja, wenn man sich die WU-Releases so anschaut in 7-10 Tagen die nächsten kommen...
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Pending credit: 923.24
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Was unrealistisch schien, scheint nun doch möglich, Wetten werden angenommen, wer zuerst die Million erreicht :D let's make it happen!

Pending credit: 1,076.37
 
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Uha? Nochmehr? Geil! *g* Jagst du jetzt krb?
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ui - das war zuviel *chatt**chatt**chatt*
Serverdestruction?

Mich einzuholen ist bei den Downloadgrößen der Lattice-WU's extrem einfach. Es passen halt nur eine gewisse Anzahl durch einen DSL1000.:-/

Der Server geht bei Lattice auch öfter in die Knie. Bisher gab es noch keinen Tag, wo der mal konstant lief und WU's hatte.:[
 
Mich einzuholen ist bei den Downloadgrößen der Lattice-WU's extrem einfach. Es passen halt nur eine gewisse Anzahl durch einen DSL1000.:-/

Der Server geht bei Lattice auch öfter in die Knie. Bisher gab es noch keinen Tag, wo der mal konstant lief und WU's hatte.:[


Was mich etwas nervt ist das 20per Host Limit; dadurch dass die WUs eben so kurz sind, warte ich beinahe schon auf Leerlaufzeiten, v.a. wenn, wie du sagst, der Server doch ab und an mal nichts mehr macht (wie gerade anscheinend)
 
Bei mir steht jetzt bei manchen WU's "abgebrochen durch das Projekt",was hat denn das wieder zu bedeuten?
 
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