News Distributed Computing - Neuigkeiten im Kompaktrückblick

KIDH

Grand Admiral Special
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Heute wollen wir allen Distributed Computing interessierten Lesern einen kurzen Rückblick auf die Neuigkeiten der letzten eineinhalb Monate geben. Bei einigen DC-Projekten hat sich einiges getan, so wie das ganze Jahr 2009 durch das aufstrebende GPGPU-Computing ein sehr turbulentes Jahr war. Nicht zu vergessen ist der <a href="http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showthread.php?t=353616">Kampf</a> um die optimierten Milkyway@home-Apps der in <a href="http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showthread.php?t=358083">Gipsel's GPU-App für ATI-Karten</a> gipfelte. Auch das neue Jahr wird uns viele Veränderungen bringen. So begeht z.B. das Projekt Folding@Home der Universität Stanford dieses Jahr sein 10-jähriges Bestehen und wird aller Voraussicht nach den neuen v7-Client, desweiteren GPU3-, und SMP2-Cores <a href="http://en.fah-addict.net/news/news-0-136+folding-home-in-2010.php" target ="b">zum Besten geben</a>. Doch heute geht es vor allem um all die kleinen Fortschritte der einzelnen Projekte.

Neulinge im DC-Bereich sind herzlich eingeladen sich bei uns im <a href="http://www.planet3dnow.de/vbulletin/forumdisplay.php?f=87">Forum</a> oder im <a href="http://dc.planet3dnow.de/wiki/index.php/Hauptseite">DC-Wiki</a> zu informieren, Fragen zu stellen oder einfach mitzudiskutieren.

Desweiteren sei hier auch noch auf unsere <a href="http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showthread.php?t=374930">Umfrage zum Projekt des Monats (PdM)</a> verwiesen. Was das PdM ist, erfährt man in unserem <a href="http://dc.planet3dnow.de/wiki/index.php?title=Projekt_des_Monats">DC-Wiki</a>.


<b>Die Meldungen sind chronologisch geordnet</b>

<ul>
<li><b>01.12.09:</b><ul>
<li><a href="http://qah.uni-muenster.de" target="b"><b>QMC@Home</b></a> gibt den <a href="http://qah.uni-muenster.de/forum_thread.php?id=153&nowrap=true#32170" target ="b">Stand der Dinge</a> bekannt. So wurden die Berechnungen zu nicht-kovalenten Bindungen zwischen Molekülen vorerst abgeschlossen. während es im Jahr 2010 nun um kovalente Bindungen gehen soll. Ziel ist es die Quanten-Monte-Carlo Methode für die Quantenchemie zu optimieren. Man hofft bald auch eine zweite QMC-App mit 64Bit- sowie GPU-Unterstützung bereitstellen zu können.</li>
<li><a href="http://folding.stanford.edu" target="b"><b>Folding@Home</b></a> berichtet über <a href="http://folding.typepad.com/news/2009/12/smp2-core-update.html" target ="b">Fortschritte bei den SMP2-Cores</a>. SMP2 soll revolutionär sein, da es eine Generalüberholung der Gromacs-Methode darstellt und die nativen Fähigkeiten von Mehrkern-CPUs nutzt. Mit den zukünftigen SMP2 Cores wird der Umgang mit dem SMP-Client wesentlich einfacher werden. So verzichtet man auf die Nutzung der MPI API und setzt auf Thread-basierte Parallelisierung. Somit sollten viele Core-Abstürze, die die MPI-Zwischenschicht zur Ursache hatten, der Vergangenheit angehören. (<a href="http://www.planet3dnow.de/cgi-bin/newspub/viewnews.cgi?category=1&id=1260117543">wir berichteten</a>)</li></ul></li>

<li><b>04.12.09:</b><ul>
<li><a href="http://boinc.umiacs.umd.edu" target ="b"><b>The Lattice Project</b></a> veröffentlicht die <a href="http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=5186" target ="b">langerwartete neue Version</a> seiner GARLI-Anwendung. Mit ihr gibt es nun keine Freezes bei 70% mehr.</li></ul></li>

<li><b>07.12.09:</b><ul>
<li><a href="http://milkyway.cs.rpi.edu/milkyway" target ="b"><b>MilkyWay@home</b></a> veröffentlicht Version 0.24 seiner CUDA-Anwendung und behebt damit ein Berechnungsfehler-Problem. Außerdem soll die neue Version 5-10% schneller sein bei der Berechnung.</li></ul></li>

<li><b>10.12.09:</b><ul>
<li><a href="http://www.primegrid.com" target ="b"><b>PrimeGrid</b></a> veröffentlicht für das Unterprojekt <i>AP26 Search</i> eine <a href="http://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=1571" target ="b">CUDA-Anwendung in der Version 1.00</a>. Diese ist erhältlich für Windows (x86/x64) und Linux (x64).</li></ul></li>

<li><b>14.12.09:</b><ul>
<li><a href="http://boinc.bakerlab.org/rosetta" target ="b"><b>Rosetta@home</b></a> bringt die um einen Stackoverflow bereinigte <a href="http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=5186" target ="b">Version 2.0.3</a> seiner minirosetta-Anwedung heraus.</li></ul></li>

<li><b>19.12.09:</b><ul>
<li><a href="http://www.rechenkraft.net/yoyo" target ="b"><b>yoyo@home</b></a> macht es nun möglich das Unterprojekt <i>evolution@home</i> <a href="http://www.rechenkraft.net/yoyo/old_news.php" target ="b">unter Linux über Wine</a> zu rechnen.</li></ul></li>

<li><b>21.12.09:</b><ul>
<li><a href="http://boinc.thesonntags.com/collatz" target="b"><b>Collatz Conjecture</b></a> veröffentlicht <a href="http://boinc.thesonntags.com/collatz/old_news.php" target ="b">Version 2.01</a> seiner Mac OS X-Anwedung, sie läuft ab OS X 10.4 (Intel).</li></ul></li>

<li><b>22.12.09:</b><ul>
<li><a href="http://folding.stanford.edu" target="b"><b>Folding@Home</b></a> veröffentlich den neuen <a href="http://folding.typepad.com/news/2009/12/release-of-new-protomol-core-b4-wus-.html" target ="b">Protomol Core (b4)</a> und natürlich auch passende WUs dazu. Mit der NML-Methode sollen die Langzeit-Dynamik von Proteinen bis zu 100 mal schneller berechnet werden können. Dabei geht es u.a. darum die Rolle von Mutationen bei der Proteinfaltung und die Aktivierung des Enzyms <i>src Kinase</i>, welches beim Ausbruch von einigen Krebsarten entscheidend ist, zu verstehen. Der Core nutzt Optimierungen für SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1 und SSE4.2.</li></ul></li>

<li><b>28.12.09:</b><ul>
<li><a href="http://boinc.thesonntags.com/collatz" target="b"><b>Collatz Conjecture</b></a> veröffentlicht eine <a href="http://boinc.thesonntags.com/collatz/old_news.php" target ="b">Mac OS X 64Bit-Anwendung</a>, sie läuft ab OS X 10.5.</li></ul></li>

<li><b>02.01.10:</b><ul>
<li><a href="http://folding.stanford.edu" target="b"><b>Folding@Home</b></a> gibt <a href="http://folding.typepad.com/news/2010/01/gpu2-core-autoupgrade-planned-for-monday-jan-4-2010.html" target ="b">GPU Core 11 (NVIDIA) Version 1.31</a> frei. Dieser soll viele Verbesserungen enthalten - wie meistens hält sich Prof. Vijay Pande bezüglich der Änderungen bedeckt. Weiterhin hat das Folding@home Team laut Blog gute Fortschritte in Bezug auf GPU3 gemacht - eine Beta sollte noch im Frühjahr 2010 kommen.</li></ul></li>

<li><b>06.01.10:</b><ul>
<li><a href="http://einstein.phys.uwm.edu" target="b"><b>Einstein@Home</b></a> gibt <a href="http://einstein.phys.uwm.edu/forum_thread.php?id=7104&nowrap=true#101646" target ="b">bekannt</a>, dass die ABP1 WU-Erzeugung gestoppt wurde und man die neuen ABP2 WUs versenden will. ABP steht für <i>Arecibo Binary Pulsar</i>. Die neue Anwendung untersucht mit ABP2 die gleichen Daten, soll dies aber ca. fünfmal so schnell tun und unterstützt nun auch CUDA-fähige Grafikkarten.</li>
<li><a href="http://folding.stanford.edu" target="b"><b>Folding@Home</b></a> beginnt den Support für Mac OS X / PPC <a href="http://folding.typepad.com/news/2010/01/update-on-power-pc-osx-support.html" target ="b">einzustellen</a>. Es soll zwar erstmal weiterhin WUs geben, der Client wird aber nicht mehr weiterentwickelt. Damit trägt man der relativ geringen Anzahl an PPC-Clients Rechnung, so steuern sie mit 3 TFLOPS nichteinmal 0,1% zur derzeitigen Gesamtleisung aller FAH-Clients bei.</li>
<li><a href="http://orbit.psi.edu" target ="b"><b>orbit@home</b></a> hat ein <a href="http://orbit.psi.edu/?q=node/25" target ="b">Lebenszeichen</a> von sich gegeben. So will man im März die aktive Entwicklung fortsetzen und zukünftige Berechnungen mit realen Daten durchführen.</li></ul></li>

<li><b>07.01.10:</b><ul>
<li><a href="http://boinc.bakerlab.org/rosetta" target ="b"><b>Rosetta@home</b></a> gibt bekannt, dass <a href="http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=4477&nowrap=true#64838" target ="b">wesentliche Fortschritte</a> mit Konzepten zu Protein-Wechselwirkungen gemacht wurden. Die neue Methodik soll für die Arzneimittel-Forschung eingesetzt werden. Zuert soll es dabei um Influenza Viren gehen, weitere Anwendungen wurden jedoch schon in Aussicht gestellt.</li></ul></li>

<li><b>09.01.10:</b><ul>
<li><a href="http://boinc.thesonntags.com/collatz" target="b"><b>Collatz Conjecture</b></a> berichtet über Fortschritte beim <a href="http://boinc.thesonntags.com/collatz" target ="b">CUDA-Support für Mac OS X</a>.</li></ul></li>

<li><b>11.01.10:</b><ul>
<li><a href="http://ufluids.net" target ="b"><b>ufluids@home</b></a> hat ein <a href="http://www.ufluids.net/files/AIAAConf09.pdf" target ="b">Paper (pdf)<a> über die zuletzt getane Arbeit <a href="http://ufluids.net/forum_thread.php?id=756" target ="b">veröffentlicht</a> und neue WUs angekündigt.</li></ul></li>

<li><b>13.01.10:</b><ul>
<li><a href="http://milkyway.cs.rpi.edu/milkyway" target ="b"><b>BOINC</b></a> gibt bekannt, dass von nun an auch <a href="http://boinc.berkeley.edu/dev/forum_thread.php?id=5369" target ="b">GPU-Computing unter Mac OS X</a> unterstützt wird. Dazu benötigt man die Entwickler-Version 6.10.28 oder höher.</li>
<li><a href="http://folding.stanford.edu" target="b"><b>Folding@Home</b></a> gibt einige <a href="http://folding.typepad.com/news/2010/01/some-more-details-on-the-gpu3-core-regarding-opencl.html" target ="b">Datails zu GPU3 / OpenCL</a> bekannt. GPU3 (Core) wird mit OpenMM entwickelt und unterstützt dadurch OpenCL. In den ersten Versionen will man aber auf OpenCL verzichten, da OpenMM diesbezüglich noch im Beta Stadium ist. Da ATI Brook nicht mehr unterstützt, wird es vorläufig nur eine CUDA/NVIDIA Version von GPU3 geben. Sobald OpenCL in jeglicher Hinsicht ausgereift ist, will man es implementieren. Wenn die Unterstützung von OpenCL für Multicore-CPUs ausgereift ist, soll der GPU3 Code für SMP2 portiert werden um damit endlich Thread-basierte SMP-Cores erstellen zu können. Aufgrund einiger Missverständnisse bezüglich ATI und OpenCL musste sich Prof. Vijay Pande am nächsten Tag nocheinmal <a href="http://folding.typepad.com/news/2010/01/important-update-on-my-post-on-opencl.html" target ="b">erklären</a></li>
<li><a href="http://milkyway.cs.rpi.edu/milkyway" target ="b"><b>MilkyWay@home</b></a> gibt bekannt, dass die <a href="http://milkyway.cs.rpi.edu/milkyway/forum_thread.php?id=1485" target ="b">Deadline auf 8 Tage erhöht</a> wurde, desweiteren ist eine <a href="http://milkyway.cs.rpi.edu/milkyway/forum_thread.php?id=1486" target ="b">eigene ATI-Anwendung</a> verfügbar.</li>
<li><a href="http://boinc.bakerlab.org/rosetta" target ="b"><b>Rosetta@home</b></a> veröffentlicht <a href="http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=5227" target ="b">Version 2.0.5</a> seiner minirosetta-Anwedung. Diese behebt Probleme beim Checkpointing.</li></ul></li>

<li><b>15.01.10:</b><ul>
<li><a href="http://einstein.phys.uwm.edu" target="b"><b>Einstein@Home</b></a> veröffentlicht <a href="http://einstein.phys.uwm.edu/forum_thread.php?id=7763&nowrap=true#101905" target ="b">Version 1.07 / 3.07 / 5.07</a> seiner ABP2-App - ABP steht für <i>Arecibo Binary Pulsar</i>.</li>
<li><a href="http://boinc.bakerlab.org/rosetta" target ="b"><b>Rosetta@home</b></a> gibt bekannt, dass demnächst eine Publikation im renommierten Magazin <i>Science</i> <a href="http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1177&nowrap=true#64989" target ="b">veröffentlicht wird</a>. Im gleichen Atemzug bedankt man sich bei allen, die dies durch die Unterstützung des Projektes möglich gemacht haben. In dem Papier geht es darum, dass man selbst mit einer geringen Menge an experimentellen Daten mit Rosetta Proteine bis zu einer Größe von 200 Aminosäuren berechnen kann</li></ul></li>

<li><b>16.01.10:</b><ul>
<li><a href="http://www.rnaworld.de/rnaworld" target ="b"><b>RNA World</b></a> bittet um <a href="http://www.rnaworld.de/rnaworld/forum_thread.php?id=19" target ="b">Spenden- und/oder Sponsorenhilfe</a> um einen Server finanzieren zu können. Das vom <a href="http://www.rechenkraft.net" target ="b">Rechenkraft.net e.V.</a> auf die Beine gestellte Projekt läuft derzeit mit dem ebenfalls von Rechenkraft.net e.V. betriebenen <i>yoyo@home</i> auf einem Server, wofür dieser aber zu schwach ist.</li></ul></li>

<li><b>17.01.10:</b><ul>
<li><a href="http://boinc.thesonntags.com/collatz" target="b"><b>Collatz Conjecture</b></a> macht <a href="http://boinc.thesonntags.com/collatz" target ="b">Version 2.09</a> seiner ATI-Anwedung zur Standard-App. Sie bringt einige Leistungsverbesserungen mit sich.</li></ul></li>

<li><b>18.01.10:</b><ul>
<li><a href="http://www.rnaworld.de/rnaworld" target ="b"><b>RNA World</b></a> nähert sich der <a href="http://www.rnaworld.de/rnaworld/forum_thread.php?id=20" target ="b">Öffnung für die Öffentlichkeit</a>. Anfangs war es nur internen Testern möglich für das Projekt zu rechnen, inzwischen sind immerhin die Teamcaptains global hinzugefügt worden. Weitere Besserung ist in Sicht, man kümmert sich um einen externen Server für das Projekt um den Rechenkraft.net Server zu entlasten.</li></ul></li>

<li><b>19.01.10:</b><ul>
<li><a href="http://qah.uni-muenster.de" target="b"><b>QMC@Home</b></a> teilt <a href="http://qah.uni-muenster.de/forum_thread.php?id=153&nowrap=true#32390" target ="b">Aussichten für die Zukunft</a> mit. So stellt sich ein neuer Mitarbeiter vor, der zukünftig an ORCA weiterarbeitet und es für die Berechnung genauer Schwingungen von Molekülen nutzen wird. Dazu müssen allerdings noch einige Änderungen vorgenommen werden. Desweiteren ist ORCA nun Grafikkarten-fähig, eine Implementierung für QMC ist demnächst vorgesehen - damit werden CASINO und ORCA GPU-Unterstützung bieten.</li></ul></li></ul>
<b>Links zum Thema:</b>
<ul><li><a href="http://www.planet3dnow.de/vbulletin/blog.php?u=53141">Distributed Computing Blog</a></li><li><a href="http://www.planet3dnow.de/vbulletin/forumdisplay.php?f=87">Distributed Computing Forum</a></li><li><a href="http://dc.planet3dnow.de/wiki/index.php/Hauptseite">Distributed Computing Wiki</a></li></ul>
 
Danke!
Hoffe mal nicht unbegründet, es ist -wie im Eingangspost geschrieben- auch ok, wenn mal ne Einsteiger-Frage gepostet wird - ohne das wer die Augen verdreht!
Die Wiki und die für mich noch nahezu unüberschaulichen -aber dankenswerter Weise vorhandenden- Einleitungen [bin da irgendwie gel. überfordert chatt*] habe ich mir immer mal wieder reingezogen und naja... es entstehen immer mehr Fragen...*noahnung*
Vllt. sehe ich alles einfach nur zu kompliziert, oder hatte nicht nur ich diese "Anfangsschwierigkkeiten" ?
Wie auch immer, komme schon noch hinter so manches "Geheimnis", wird schon noch...
Hoffe nur auf etwas Verständnis, ok? :)
(vllt.gehts oder ging es ja manchem ähnlich wie mir)

LG
Micha
 
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