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Thema: DNA@Home

  1. Beitrag #1
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    DNA@Home

    DNA@Home - und wir haben mal wieder kein Team!

    Projektlink: http://dnahome.cs.rpi.edu/dna/index.php

    Projektbetreiber ist der von Milkyway@home bekannte Travis Desell und einige weitere von MW bekannte Personen.

    Ziel des Projektes ist, wenn ich es richtig verstanden habe, herauszufinden wie Gene gesteuert werden und welche Auswirkungen die einzelnen Gen-Schalter auf die Zellen haben könnten.

    redigierte Googleübersetzung:
    Unsere derzeitigen Pläne beinhalten die Bewältigung des Mycobacterium tuberculosis Genoms, um gründlich zu verstehen wie Tuberkulose funktioniert, sodaß andere diese Informationen verwenden können um diese Krankheit, die jedes Jahr Millionen tötet zu stoppen. Wir planen auch, Yersinia pestis, dem Erreger der Pest zu bekämpfen.
    Geändert von Sabroe SMC (22.09.2011 um 21:18 Uhr)

  2. Die folgenden 6 Benutzer sagen Danke zu Sabroe SMC für diesen nützlichen Beitrag:

    Crashtest (22.05.2010), indiana_74 (22.05.2010), Kater Sylvester (08.01.2011), KIDH (26.05.2010), MrBad (23.05.2010), orpheus2k (23.05.2010)

  3. Beitrag #2
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    Hm interessant. Wenn unser Team eingetragen ist, werd ich mitmachen.

    MfG

    Kloputzer aka Fragman

  4. Beitrag #3
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    ich warte auch nur auf eine Info das Team erstellt worden ist ;-))
    cu,
    Werner, the travelling Beerbelly


  5. Beitrag #4
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    Ich hab mir nun auch nen Account erstellt, mein Rechner kann sich aber nicht zum Projekt verbinden.

  6. Beitrag #5
    Cadet

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    hab mich auch registriert und das Projekt hinzugefügt. Passiert allerdings noch nicht viel, die letzte News war vom 14 Apr 2010 und da hieß es schon testing..

  7. Beitrag #6
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    Das Projekt wurde auch erst Mitte April online gestellt. Ob und wann die ersten WUs versendet werden - mal sehen.
    Travis muss seine Aufmerksamkeit ja nun auf 2 Projekte richten. Wir werden sehen wie und ob das passt.

    @TiKu
    Würdest Du bitte ein Team P3DNow! team bei DNA@home gründen?

  8. Beitrag #7
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    Aufgrund des Aufrufs habe ich schon gedacht, dass es längst losgegangen sei.
    Dann ist ja alles klar

  9. Beitrag #8
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    (23:38:16) KIDH: da können die auch gleich alle akws offen stehen lassen...würde aufs selbe rauskommen
    (23:38:34) pipin: tag der offenen tür
    (23:38:41) pipin: dienstags nur terroristen

  10. Beitrag #9
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  11. Beitrag #10
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    Neue Nachricht vom Projektverantwortlichen: Im Milkywayforum schrieb Travis:

    Apropos Standard-Projekte (Es ging um Backup-Projekte für MW durch Verwendung von Boinc 6.10.56), und ohne Andeutungen machen zu wollen oder irgendetwas, aber in der nächsten Woche oder so sollte dnahome.cs.rpi.edu laufen. Also, wenn Sie Tuberkulose heilen helfen wollen ...

    Dieser bescheidene Moderator hat ziemlich hart geschuftet um diesen ganzen verrückten Biologie Code zu boincifieren Das Projekt wird auch sehr CPU-freundlich, ich glaube nicht, dass wir in der Lage sein werden bedeutende Performance-Verbesserungen durch die GPUs zu erhalten. Und was sie tun werden, ist wirklich genial - Prüfung der gesamten DNA-Sequenzen für die Protein-Bindungsstellen, damit wir herausfinden können, wie Proteine mit unterschiedlichen Arten interagieren.

    Im Spoiler steht der Originaltext.

    Spoiler

  12. Beitrag #11
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    Naja, WUs gibts noch immer keine bisher. Habe es im Boinc erstmal wieder gelöscht.

  13. Beitrag #12
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    WUs vielleicht diese Woche!

    Right now I'm working on getting the application to checkpoint. It's 100k lines of (very messy) code, so it's been a lot of work.

    I'm hoping to have some workunits out for testing this week sometime.

    freie Übersetzung:
    Gerade arbeite ich daran dem Programm Checkpointing beizubringen. Aber 100000 Zeilen sehr unordentlichen Code durch zu arbeiten ist ein Haufen Arbeit.
    Ich hoffe das einige WUs irgendwann diese Woche zum testen bereit stehen.

    Travis Desell 16.5.10

  14. Beitrag #13
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    Travis hat das Checkpointing seiner Aussage nach fertig. Das könnte dazu führen daß innerhalb der nächsten Tage WUs zur Verfügung stehen.

  15. Beitrag #14
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    gibts was neues von dem Projekt?

  16. Beitrag #15
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  17. Beitrag #16
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    Update

    Another update -- workunits this week
    For real this time. We were having some problems getting the checkpoints and results down to a manageable size. For a real data set (tuberculosis) they were running over 50 mb each. I think we've found a solution so we should really be able to start crunching this week.
    --Travis

    Freie Übersetzung:
    Jetzt aber wirklich. Wir hatten Probleme mit dem Checkpointing und die Größe der Ergebnisse auf ein handhabbares Format zu bringen. Ein echter Datensatz wurde über 50 Mb groß. Ich denke das wir eine Lösung gefunden haben sodaß wir tatsächlich diese Woche bereit sind mit dem crunchen anzufangen.

    Obs wirklich was wird. Wir wartens ab und lassen uns überraschen

  18. Beitrag #17
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    Erste WU's?

    another update 12.10.2010
    So I've fixed a lot of the checkpointing issues. Working some magic, I've gotten the initial (stupid) checkpoint from 50mb down to a 200kb binary file. As the checkpoint is also a major part of the result being sent back, this is really good news because we'll be able to save a lot of information server side, and not clog up your hard drives.
    I'm going to try and have OS X and linux applications compiled and some workunits available tonight. Then I need to figure out how to compile the application on windows. Thanks to everyone still hanging on in there.

    Freie Translation
    Habe eine menge Probleme des Checkpointing behoben. Mit ein bisschen Magie wurden aus den 50Mb der Checkpointdatei rund 200 Kb. Da diese Checkpoint ein hauptbestandteil des zurück gesendeten Resultats ist das eine gute Nachricht, da wir nun in der Lage sind einen großen Anteil serverseitig zu speichern und nicht Eure Festplatten vollzumüllen.
    Die Apps für Linux und Mac wurden compiliert und es heute Nacht werden die ersten WU's verfügbar sein. Dann muss ich herausfinden wie die Apps für Windows kompiliert werden. Danke an jeden der durchhält.

  19. Beitrag #18
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    na da hab ich doch gleich mal meine Linuxkiste auch angemeldet - vielleicht bekomme ich da ja auch wu's. Allerdings scheint der feeder nicht zu funktionieren.
    cu,
    Werner, the travelling Beerbelly


  20. Beitrag #19
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    Der Text ist von Travis, den muss man nicht soooo ernst nehmen. Der Feeder lief bisher noch nie. Momentan kommt beim Aufruf des Server Status nur die Meldung: "Fatal error: Call to undefined function auth_ops_deny() in /export/www/dnahome/html/project/project.inc on line 82". Ob und wann wirklich Wutzen in Umlauf kommen .... Lassen wir uns überraschen. Ich wollte nur Leuten die nicht jeden Tag auf DNA@Home schauen mal die neuesten nachrichten zuführen.

    PS: Die Nachricht kam am 12.10 um 21.45 UTC. Also hat's vergangene Nacht nicht geklappt
    Geändert von Sabroe SMC (13.10.2010 um 18:52 Uhr)

  21. Beitrag #20
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    DNA Server ist erreichbar

    Seit heute morgen ist die Server Status Page erreichbar unter
    http://dnahome.cs.rpi.edu/dna/server_status2.php
    Arbeit gibts noch keine, nur diese Meldungen:

    18.10.2010 14:00:02 | DNA@Home | Sending scheduler request: To fetch work.
    18.10.2010 14:00:02 | DNA@Home | Requesting new tasks for ATI GPU
    18.10.2010 14:00:03 | DNA@Home | Scheduler request completed: got 0 new tasks
    18.10.2010 14:00:03 | DNA@Home | Message from DNA@Home: No work sent
    18.10.2010 14:00:03 | DNA@Home | Message from DNA@Home: Gibbs sampler is not available for your type of computer.
    18.10.2010 14:00:13 | DNA@Home | Sending scheduler request: To fetch work.
    18.10.2010 14:00:13 | DNA@Home | Requesting new tasks for CPU
    18.10.2010 14:00:16 | DNA@Home | Scheduler request completed: got 0 new tasks
    18.10.2010 14:00:16 | DNA@Home | Message from DNA@Home: No work sent
    18.10.2010 14:00:16 | DNA@Home | Message from DNA@Home: Gibbs sampler is not available for your type of computer.

    Kann ja auch nicht. Arbeit gibt's bisher nur für Mac
    .
    EDIT :
    .

    Ab nun sind auch für den Pinguin Apps und Test-Wu's vorhanden.
    Geändert von Sabroe SMC (18.10.2010 um 22:59 Uhr)

  22. Beitrag #21
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    laut den News auf der Projektpage vom 25.11.2010:

    ---------------------------------beisskante-------------------------------------------
    haven't forgot about you guys
    Here's an update. I'm having some rather major problems getting the windows application to return the same results as the linux/osx applications and it's looking like I'm going to have to do more than a bit of a code-rewrite.
    I'll also be awarding credit next week for everyone who returned work (with a large bonus for waiting so long for it). 25 Nov 2010 7:20:01 UTC · Kommentar
    ---------------------------------beisskante-------------------------------------------

    aber ich habe bis heute noch nichts bekommen ausser

    ---------------------------------beisskante-------------------------------------------
    15.12.2010 18:46:51 DNA@Home Sending scheduler request: To fetch work.
    15.12.2010 18:46:51 DNA@Home Requesting new tasks for GPU
    15.12.2010 18:46:53 DNA@Home Scheduler request completed: got 0 new tasks
    15.12.2010 18:46:53 DNA@Home Message from server: (Project has no jobs available)
    ---------------------------------beisskante-------------------------------------------
    cu,
    Werner, the travelling Beerbelly


  23. Beitrag #22
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    Keine Sorge. Es kommt .... oder nicht
    Bei Travis muss man einfach ein bischen zeit mitbringen. Wenn der morgen sagt weiss man nicht welches Jahrhundert er meint.
    Bis er kapierte das Gipsel eine ATI App programmiert hatte die um ein zigfaches schneller war als alles was Travis produziert hatte (siehe auch Milksop at try) dauerte es noch mehrere Wochen bis das Eingang ins allgemeine DC hatte.

  24. Beitrag #23
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    Es tut sich mal wieder was :

    So I updated the user/team/host credit for everyone who had submitted an old workunit. Since you guys had to wait so long I was generous and gave you 500 credit per workunit for putting up with us while we're still in alpha. If there are any problems with the credit let me know as I had to hand enter it in the database.
    <br>

    As to what's going on with the project, I've been in the middle of a full rewrite of the application since the majority of the cold was old enough to be in a museum and didn't lend itself to giving the same results across different platforms and architectures. I'm not going to give an ETA yet as to when the code will be finished (because my last ETAs were so horrible), but we're really hoping to have something running soon.
    <br>

    --Travis

    Jeder der eine WU hochgeladen hat bekommt pro WU 500 Cr gut geschrieben. Wenn es irgendwelche Probleme mit den Credits gibt soll man sich bei ihm melden. Er wird es dann von Hand ändern.
    Bezüglich des Projektes ist er gerade dabei die App neu zu programmieren. Der Code gehörte wohl zu grossen Teilen schon ins Museum und gab auf verschiedenen Platformen nicht die gleichen Ergebnisse. Allerdings will er keine Zeitangabe machen wann diese Arbeit fertig sein wird. "Its done when its done" Aber er hofft das es "bald" sein wird.

  25. Beitrag #24
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    Mit 500 credits bei nichtmal 2000 sec cpu laufzeit etwas viel

  26. Beitrag #25
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    HAben ja auch ne halbe Ewigkeit gewartet.

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