Genau das gleiche Problem hatte ich auch mal.
Hab' dann C: formatiert und...
nix war's, ging nicht.
Es werden einfach zu viele Dinge im root-Verzeichnis abgelegt, und das ist C:\windows.
Die Probleme beginnen bei der fehlenden boot.ini und enden damit, daß fast alle Programme nicht mehr aufgerufen werden konnten, weil wichtige Dateien fehlten.
Wenn Du jetzt nicht rumpfuschen willst, kommst Du um eine Neuinstallation nicht herum.