Ich würde sagen es ist vollkommen egal, solange beide Festplatten an verschiedenen IDE-Kabeln hängen und mit U-DMA laufen.
Aber ich würde mal die HD Geschwindigkeit testen (z.B. mit Sandra oder HD-Tach) und die schnellere Platte als Bootlaufwerk nehmen.
Kann man auch bequem mit dem Disk Manager (oder Wizard) den es auf der Seagate HomePage gibt ändern.
Oder du benutzt Norton Ghost und machst ein Image der Boot-Partition.