Ich weiss nicht ob ich dich richtig verstanden habe, aber das dürfte kein Problem sein.
Mit ftp-Programmen kann man ganze Verzeichnisse (rekursiv) hin und herkopieren.
Per html ist sowas imho nicht möglich, wenn dann mit javascript, php, ... aber das
ist viel zu aufwändig, nimm einen ftp-client.
Eine andere Alternative wäre noch ssh/scp falls du Linux o.Ä. einsetzt.