Nö, das ist schon richtig, wenn der PCI-Takt fix ist, ist der PCI-Controller unkritisch.
Das Umstecken ist auch denkbar einfach. Klar, Im BIOS mußt Du das Booten von dem Zusatzcontroller ermöglichen und ihm ggf. überhaupt erstmal aktivieren (ist aber standardmäßig schon an). Aber sonst wird nix umgestellt, warum auch, scheint ja auch überhaupt nur eine Festplatte im Rechner zu sein. Treiberdiskette ist auch unnötig, den Controllertreiber installiert man ja vor dem Umstecken.