hmmer ist da

Hab auch ne Hmmer-WU bekommen... was hats damit auf sich?
 
Blacki schrieb:
Hab auch ne Hmmer-WU bekommen... was hats damit auf sich?
Zum Vergrößern anklicken....

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/forum/viewtopic.php?p=4545#4545

und

September 1, 2006
hmmer tests starting: Currently we are running tests with our new hmmer application based on a few workunits. So be not surprised if the hmmer app appears on your workstation. Large scale alpha tests will follow soon.

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/

habe auch die ersten bekommen :)

hummer1.jpg


mfg
Sir Ulli
 
brauchst dich ja ned rechtfertigen :) kann dir später sagen was n X2 3800 @ 2400 dazu sagt
 
fatrat schrieb:
brauchst dich ja ned rechtfertigen :) kann dir später sagen was n X2 3800 @ 2400 dazu sagt
Zum Vergrößern anklicken....

mein Athlon64 3.200+ und mein Athlon 64 X2 4.400+ arbeiten auch daran...

könnte aber etwas dauern, da sie noch einige alte Simap WUs haben,...

update

bekomme auch weiterhin normale Simap WUs...

mfg
Sir Ulli
 
Meine ersten zwei Zeiten:

Sempron 2200+ 48min
Pentium D940 @4200 21min;D
 
21 mins is echt nice.. was macht der normal so? will mal wissen wie n c2d so abgeht
.
EDIT :
.
so mit surfen etc nebenbei bin ich auf ca 31 mins pro wu gekommen dafür gibts aber auch weniger credits..
 
34min 3sec auf Venice3000+ @ 2250

Wenn das so bleibt muß ich bei meinem unstetig-suizidalen Netzwerk wohl den WU Cache vergrössern.
 
ich denke mal ich habe zu einem recht "unglücklichen" zeitpunkt mein cache gefüllt

von den hmmertest wu sind jetzt auf einem opteron 275 ca. 30 schon durchgelaufen
durchschnittliche zeit 2010 sekunden, credits werden geclaimt
 
Ich habe für die 3 WU´s im Schnitt ca. 33 min. mit meinem X2 4600 benötigt.

mfg
Ali
 
Habe bei 3 Stück granted credit von 10,16
 
Sind die Hmmer optimiert auf Intel Pentium CPUs? Während sie bei simap gegen Opterons und A64 kein Land sehen sind diese hier bei Hmmer bedeutend schneller:

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/workunit.php?wuid=2246030
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/workunit.php?wuid=2246035
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/workunit.php?wuid=2245976

alle bei The_Mad_One gefunden. Ein Pentium4 D @2.8GHz schneller als ein Opteron 275???

Hier als Vergleich ein X2:
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/workunit.php?wuid=2245984


Und noch mehr Verwirrung: http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewtopic.php?t=6697&start=156 - 28min auf einem Sempron3000? Oced @3GHz?

Ausserdem sind laut dem Forum wider Erwarten die ersten Linux WUs für Hmmer aufgetaucht.
 
Zuletzt bearbeitet:
so wie es aussieht scheinen die p4 mit den test wu besser klarzukommen aber mal abwarten wie es aussieht, wenn die richtigen wu kommen.
aussedem gibt es jetzt anscheinend die fixed credits von 10,16 pro wu
 
Naja, das war ja auch wohl Test Nr. 1, wegen "hmmertest1".
Vielleicht sollte mal jemand denen Bescheid sagen, daß die die WU rausnehmen.

Höhere Nummern scheinen aber problemlos durchzugehen.

Edit: Athlon XP @ 2200 MHz 42 Minuten für eine Hammer-WU.
 
Zuletzt bearbeitet:
dazu auch

September 9, 2006
Hmmer application starting tomorrow: The similarity matrix of the SIMAP project is currently up-to-date. Due to the power of BOINCSIMAP we could finish the calculations for all expansions and updates until now. Even several old parts of SIMAP (calculated in the pre-BOINC time with an older FASTA containing some bugs) could be re-calculated to ensure data correctness. Now we are about to launch a new part of the project which searches for domains within proteins. Protein domain predictions are necessary to infer functional and structural properties of proteins and are therefore of highest importance for computational biology. We plan to pre-calculate protein domains for all proteins in SIMAP and to keep this database up-to-date. The new hmmer application performs the necessary calculations based on "Hidden Markov Models" (HMMs). This application has been tested intensively during the last 6 months. Recently we have tested it online in this BOINC project using test workunits. All tests went fine, so we will start to distribute production workunits for hmmer tomorrow. For questions please see our new project FAQ and the updated project description, both are linked from the project homepage.
Zum Vergrößern anklicken....

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/

mfg
Sir Ulli
 
da muss ich dich leider korregieren
geclaimed werden unterschiedlich viele credits und zwar abhängig von der rechenzeit
gegranted werden immer 10,16

und anscheined ist der linuxclient schneller als der windowsclient

diese annahmen basieren auf ca 240 hmmer wu die jetzt durchgelaufen sind
 

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