HMMER 5.09 raus -.behebt TEILWEISE AMD Probleme
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JKuehl
Grand Admiral Special
von der offiziellen Seite:
Revised hmmer applications 5.09 for Windows, Linux, MacOS and UNIX: We have released a new hmmer application 5.09. The new version provides enhanced performance on all platforms but runs much faster especially on Windows/AMD and Linux/AMD64 systems. It creates by 30% smaller results and does now need SSE any longer. Thus the default Linux and Windows apps should run on every PC CPU - there are no longer i386 builds needed for manual installation. Several UNIX builds of the hmmer app are available for download and manual installation - thanks to Lars Bausch for compiling them. The Windows/AMD performance is still under investigation and if possible we will improve it in further hmmer versions.
.
EDIT :
.
mehr infos aus dem Forum:
Kritisch waren ja die Allokation der Datenmatrix im Speicher sowie der Zugriff darauf. Am besten geloest wurde das durch den Patch von Scalable Informatics, die reduzieren die Zugriffe auf die Matrix und gewinnen so Performance. Diese Optimierung hat am meisten fuer die AMD-CPUs gebracht, daher haben wir sie in die 5.09 uebernommen.
Beschrieben ist der Patch in dem paper Accelerating HMMer searches on Opteron processors with minimally invasive recoding.
Viele andere moegliche Optimierungen die wir getestet haben waren prima fuer Intel-CPUs aber langsam auf AMDs.
Wir werden an dem Problem aber noch weiterarbeiten - vielleicht koennen wir durch verbesserte Speicherallokation noch was herausholen.
beste Gruesse
Thomas
Revised hmmer applications 5.09 for Windows, Linux, MacOS and UNIX: We have released a new hmmer application 5.09. The new version provides enhanced performance on all platforms but runs much faster especially on Windows/AMD and Linux/AMD64 systems. It creates by 30% smaller results and does now need SSE any longer. Thus the default Linux and Windows apps should run on every PC CPU - there are no longer i386 builds needed for manual installation. Several UNIX builds of the hmmer app are available for download and manual installation - thanks to Lars Bausch for compiling them. The Windows/AMD performance is still under investigation and if possible we will improve it in further hmmer versions.
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EDIT :
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mehr infos aus dem Forum:
Kritisch waren ja die Allokation der Datenmatrix im Speicher sowie der Zugriff darauf. Am besten geloest wurde das durch den Patch von Scalable Informatics, die reduzieren die Zugriffe auf die Matrix und gewinnen so Performance. Diese Optimierung hat am meisten fuer die AMD-CPUs gebracht, daher haben wir sie in die 5.09 uebernommen.
Beschrieben ist der Patch in dem paper Accelerating HMMer searches on Opteron processors with minimally invasive recoding.
Viele andere moegliche Optimierungen die wir getestet haben waren prima fuer Intel-CPUs aber langsam auf AMDs.
Wir werden an dem Problem aber noch weiterarbeiten - vielleicht koennen wir durch verbesserte Speicherallokation noch was herausholen.
beste Gruesse
Thomas
gruenmuckel
Grand Admiral Special
Kommt das Ding automagisch per Boinc rein?
Sir Ulli
Grand Admiral Special
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na, gott seis getrommelt und gepfiffen.
gleich mal wieder ein paar WUs ziehen.
gleich mal wieder ein paar WUs ziehen.
kann man das im BOINC auch manuell machen? Oder geht das erst bei der nächsten WU?
Sir Ulli
Grand Admiral Special
das geht nur automatisch, aber im Moment scheint es erst mal wieder Simap WUs zu geben
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/forum/viewtopic.php?t=549
mfg
Sir Ulli
gruenmuckel
Grand Admiral Special
Sehr schön, da kommt dann wieder der gute opt. Client zum Zug.
indiana_74
Moderator
☆☆☆☆☆☆
Das wurde auch Zeit, meine nicht 24/7 AMD-Systeme sind nach dem Umstig auf Hmmer völlig beim RAC eingebrochen, jetzt kommt wieder mehr Dampf auf die Kessel 8)
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naja, bisher ist das eher ernüchternd... rund 25% in 30 minuten. wenn das so bleibt, bleiben rund 30min die die 5.09er schneller ist. aber besser als garnix.
ich behalte das im auge
ich behalte das im auge
JKuehl
Grand Admiral Special
Also die erste 509er rödelt grad bei mir durch - estimated:
1:32h
(vorher immer 2-3h pro Unit)
Speedup sollte also - sofern an den Workunits nichts gebastelt wurde - also mindestens 25% betragen... Ich poste später ma n Link zu der Unit.
Die PFs sind immer noch sehr hoch - aber subjektiv ist die Anwendung wirklich schneller geworden.
1:32h
(vorher immer 2-3h pro Unit)
Speedup sollte also - sofern an den Workunits nichts gebastelt wurde - also mindestens 25% betragen... Ich poste später ma n Link zu der Unit.
Die PFs sind immer noch sehr hoch - aber subjektiv ist die Anwendung wirklich schneller geworden.
Zuletzt bearbeitet:
Sir Ulli
Grand Admiral Special
ich bekomme irgendwie nur simap WUs, aber egal der X2 4.400 rechnet die in ner guten Stunde 2 latürnich...
mfg
Sir Ulli
mfg
Sir Ulli
JKuehl
Grand Admiral Special
Hab seit ner Stunde die Erste 5.08er in der Mangel. Link folgt!
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/workunit.php?wuid=2585068
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/workunit.php?wuid=2585068
Ole
Grand Admiral Special
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Ich habe einen rechner mal wieder auf SIMAP umgestellt und Rosetta neue Aufgaben verweigert. Mal sehen was dabei rauskommt. Falls es zu einem offiziellen Kavallerieeinsatz kommen sollte, stelle ich natürlich alles wieder auf die jeweilige Aufgabe um.
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ok, die erste 509er WU ist mittlerweile durch.
CPU: X2 3800+ @ Default
Ergebnis:
die letzte hmmer 5.08 brauchte ~9851 Sec (also etwa 2:44h).
die erste hmmer 5.09 benötigte ~7092 Sec. ( etwa 1:58h).
also etwa 46min kürzere Rechenzeit, oder etwa 28% schnellere Rechengeschwindigkeit, vorausgesetzt an den WUs wurde nichts verändert.
Ist doch schon ganz beachtlich!
CPU: X2 3800+ @ Default
Ergebnis:
die letzte hmmer 5.08 brauchte ~9851 Sec (also etwa 2:44h).
die erste hmmer 5.09 benötigte ~7092 Sec. ( etwa 1:58h).
also etwa 46min kürzere Rechenzeit, oder etwa 28% schnellere Rechengeschwindigkeit, vorausgesetzt an den WUs wurde nichts verändert.
Ist doch schon ganz beachtlich!
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gruenmuckel
Grand Admiral Special
*Huch*
Opteron
Redaktion
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Jo geht, Du kannst auch "alte" 5.08er WUs die noch in Deinem Cache liegen mit der 5.09er rechnen lassen. Dazu mußt Du ein paar Einstellungen in den config Datein umstellen. Für Version 5.05 hatte ich das hier beschrieben:
http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showpost.php?p=2885414&postcount=61
Neue WUs die reinkommen werden automatisch mit der 5.09er gestartet.
Ja was sollen Sie denn sagen ? Die rechnen wie eh und je schneller als die AMD Systeme, und profitieren auch einwenig von dem Patch. Steht doch auch schon in der off. Mitteilung:
ciao
Alex
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Sir Ulli
Grand Admiral Special
mit Athlon X2 4.400
1:26 für die Hmmer WU
update, die letzte WU mit dem alten Client dauerte ca 2:25, da scheint sich aber einiges getan zu haben...
mfg
Sir Ulli
1:26 für die Hmmer WU
update, die letzte WU mit dem alten Client dauerte ca 2:25, da scheint sich aber einiges getan zu haben...
mfg
Sir Ulli
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Ole
Grand Admiral Special
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Ich hab 4 oder 5 Simap WUs bekommen. Vom neuen Hmmer keine Spur.
Dann sind auch noch ein paar Spinhenge in der Pipe. Der andere Rechner kaut weiter bei Rosetta rum.
Ich warte mal, was bei der Kavallerie rauskommt, da bin ich dann bei.
Dann sind auch noch ein paar Spinhenge in der Pipe. Der andere Rechner kaut weiter bei Rosetta rum.
Ich warte mal, was bei der Kavallerie rauskommt, da bin ich dann bei.
Sir Ulli
Grand Admiral Special
indiana_74
Moderator
☆☆☆☆☆☆
Ich finds gut, dass mal wieder einige SIMAP-WU´s dabei sind.
Gehen schneller und bringen mehr Punkte
Hat so was von einem Nachbrenner 8)
JKuehl
Grand Admiral Special
mein RAC ist auch von 650 auf 1050 hoch dank neuen SIMAPS - gestern mal schnell 5k Credits abgestaubt - das freut auch mal zwischendurch - auf gehts zur 50k 
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