Fat32 hat kein Journaling (Aufzeichnung von Zugriffen, zur Behebung eventueller Dateisystemfehler), es unterstützt nur Dateien bis maximal 4GiB und Windows weigert sich Partitionen mit mehr als 32GiB in Fat32 zu formatieren, mit anderen Tools geht es aber. Zugriffsrechte-Verwaltung und andere erweiterte Einstellungen (Verschlüsslung, Komprimierung) lassen sich mit Windows nur mit NTFS nutzen, Dateinamen dürfen bei NTFS afaik auch länger und mit mehr Sonderzeichen erstellt werden.
Hauptnachteil von NTFS ist der Zugriff mit anderen Betriebssystemen, Linux kann es zwar, aber 100%ig stable ist es auch noch nicht, Windows9x und NT können mit NTFS (NT kann afaik nur das alte "NT-NTFS") nichts anfangen.
Oder kurz gesagt: Wenn du kein Linux, Win9x oder NT hast, nimm NTFS, ansonsten langt auch Fat32.