Nochmals, über die Bootreihenfolge im BIOS kannst du lediglich festlegen von welchem physisch vorhandenen Laufwerk gebootet werden soll, aber nicht von welcher Partition auf einem Laufwerk. Eine Festplatte kann mehrere Betriebssysteme beherbergen, die in der Regel jeweils nur von einer aktiven Primären Partition gebootet werden können. Sind mehrere Betriebssysteme auf einer Festplatte installiert, wird normalerweise ein Boot-Manager verwendet, der automatisch die Bootpartition des zum Starten ausgewählten Betriebssystems als Aktiv setzt.
Ich frage lieber noch mal nach um sicher zu gehen. Du meinst mit "mehreren HDDs in einem PC"
physisch verbaute Festplatten im PC und nicht die Partitionen, in die eine physische Festplatte aufgeteilt sein kann?
Wenn du eine Primäre Partition einer weiteren physischen Festplatte als Aktiv markierst, passiert gar nichts. Dabei wird lediglich in der Partitionstabelle der Festplatte ein Wert geändert, der bewirkt, dass diese Partition potenziell bootfähig ist. Ohne Betriebssystem oder Bootdateien auf dieser Partition hat das Aktivieren keinerlei Bedeutung.