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Ich empfehle dir, es umgekehrt zu tun. Heißt: Daten runterkopieren, dann Platte formatieren (ggf. sogar neu partitionieren) und Daten wieder zurückspielen. Denn eine Windows-Systemplatte beinhaltet nicht nur die Verzeichnisse Windows, Programme u. dgl. sondern hat auch einen Bootsektor und sowas.
Zum Anderen können auch in Verzeichnissen, die zu Windows gehören, Daten liegen. Ein wichtiges Beispiel hierbei ist
Dokumente und Einstellungen.
Welche Daten du kopieren musst, bevor du das Windows von der Platte entfernst (auf welche Weise auch immer), kannst nur du allein entscheiden, denn nur du weißt, wo du die Daten gespeichert hast - zumindest hoffentlich. Sofern alle Daten immer brav in
Eigene Dateien abgelegt wurden, ist das Verzeichnis
Dokumente und Einstellungen\<user>\Eigene Dateien (oder kurz
%UserProfile%\Eigene Dateien) ein guter Anlaufpunkt.
EDIT: Ich sehe grade, dass du die Programme weiternutzen willst. Dazu kann ich dir sagen: nur mit wenigen wird es funktionieren, sie direkt von der bisherigen Platte zu starten, die allermeisten wirst du neu installieren müssen auf der jetzigen Systemplatte (also unter Vista).
MfG Dalai