Message 69175 - Posted 11 Jan 2011 6:36:39 UTC von David Baker/CASP
The CASP9 meeting was very interesting. The general consensus of the assessors this year was that there were a number of groups "at the top", but there were no outright winners-there is a bit of bunching up and many groups did very well by successfully picking from among the models submitted by automated servers (you can imagine this led to a lot of discussion at the meeting). While no group clearly outperformed other groups by a significant margin, the best ab initio structure prediction at the meeting stood out quite clearly. This was a Rosetta@home product entirely-the rosettaServer this year sent jobs out to rosetta@home and then submitted models from the lowest energy clusters. this was without a doubt the best automated ab initio structure prediction in casp.In contrast to our approach with rosetta@home which carries out a large scale search for the lowest energy structure, other groups have developed methods that cleverly exploit information present in the protein structure database, and with the increase in the size of this database, these methods keep working better. I am now very interested in using such information to help guide the search for the lowest energy structure (which is very hard for large proteins), in the same way we have been using experimental data to guide search. Some of the jobs going out in the next months on rosetta@home will be testing approaches for taking advantage of this information.I apologize for the recent system crash. we are beefing up our servers considerably so hopefully this won't happen again for a long time to come.____________
Übersetzung:
-susanne@seti.germany
Das CASP Treffen war sehr interessant.
Die Bewerter stimmten dieses Jahr im allgemeinen damit überein, dass eine Anzahl der Gruppen “an der Spitze” waren, es aber keine überzeugenden Gewinner gab. Einige lagen ziemlich dicht aneinander und viele Gruppen schnitten sehr gut ab, indem sie eine erfolgreiche Auswahl der von den automatischen Servern gelieferten Modelle trafen (wie ihr euch denken könnt, führte das beim Treffen zu vielen Diskussionen). Obwohl keine Gruppe im Vergleich mit anderen Gruppen besonders hervorragte, war beim Treffen die beste ab initio Struktur klar zu erkennen. Dies war ein eigenes Rosetta@home Produkt. Der Rosetta Server hat dieses Jahr Arbeit an Rosetta@home geschickt und davon wurden dann Modelle von den niedrigsten Energiegruppierungen eingereicht. Dies war ohne Zweifel die beste automatische ab initio Struktur in CASP.
Im Kontrast zu unserem Vorgang mit Rosetta@home, der eine Gro?fahndung nach der niedrigsten Energiestruktur bewirkt, haben andere Gruppen Methoden entwickelt, die sehr geschickt Informationen ausnutzen, die in der Proteinstrukturdatenbank vorhanden sind, und das Anwachsen dieser Datenbank es ermöglicht, dass diese Methoden scheinbar besser zu funktionieren scheinen. Ich interessiere mich nun sehr dafür, solche Informationen zu nutzen, um dabei zu helfen, die Suche nach der niedrigsten Energiestruktur zu lenken (was bei gro?en Proteinen sehr schwierig ist), in der gleichen Weise, in der wir in unserer Forschung experimentelle Daten angewandt haben. Einige der Arbeiten, die in den nächsten Monaten bei Rosetta@home anlaufen, werde Methoden testen, diese Informationen auszunutzen.
Entschuldigt bitte den Systemzusammenbruch von neulich. Wir sind dabei unseren Server bedeutend zu verstärken und hoffen, dass das so bald nicht wieder passiert.
