Du wirst wohl nicht drumherum kommen beide Filme in ein einheitliches Format zu bringen (also beide als .avi oder beide als .mpg, wobei ich mal vermute das die .avi wesentlich kürzer ist. Da wird es wohl schneller gehen die .avi auch in .mpeg zu encoden.)
Auf jeden Fall solltest du dann jeweils den gleichen Codec bzw. Bitrate etc. einstellen.Und zusammenfügen tust du es entweder mit VirtualDub (.avi) oder mit TMPEGEnc. (.mpeg)
cu Meik