Hmmer Laufzeittest auf AMD-MS Systemen, bitte mitmachen
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Opteron
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Hiho,
wie vielleicht einige bemerkt haben, sind die Ausführungszeiten der HMMer-Applikation auf K8 Windows Maschinen etwas mager. Alte P4 Systeme sind schneller als neue A64. Anscheinend gibts ein Problem mit der Windows .exe, denn die Zahlen unter Linux sind laut "Project scientist" rattei auf den Opterons schneller:
Pentium 4: 2,66GHz: 1m12.073s
Opteron 248, 2,2 GHz: 1m6.816s
Ich hab die jetzt bei mir unter Windows auf meinem Opteron @2,2 GHz rechnen lassen und komme dabei leider auf 2m10s.
Wäre schön, falls noch mehrere Leute messen könnte, dauert nicht lange, insgesamt gehen wohl max. nur 5 min drauf.
Und so gehts:
1. Test WU in ein Verzeichnis runterladen unter:
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/download/testwu
2.die hmmr 5.08 exe in dasselbe Verzeichnis kopieren, oder der einfachheithalber auch runterladen:
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/download/hmmer_5.08_windows_intelx86.exe
3. Dos Fenster aufmachen und in das Verzeichnis wechseln
4. Priorität der cmd.exe im Taskmanager auf Echtzeit stellen
(bin mir nicht sicher, ob es das braucht, aber sicher ist sicher
)
5. Zum Zeitmessen die Systemuhr neben das Dos Fenster bugsieren.
(falls einer ne einfachere Methode kennt, um die Laufzeit zu messen, nur her damit)
6. Das Programm aufrufen mit:
hmmer_5.08_windows_intelx86.exe -r result -w testwu.htm -n
7. Warten und auf die Uhr schauen
8. Ergebis hier im Thread Posten (CPU-Typ, Takt und Laufzeit)
9. Viele Dank
ciao
Alex
wie vielleicht einige bemerkt haben, sind die Ausführungszeiten der HMMer-Applikation auf K8 Windows Maschinen etwas mager. Alte P4 Systeme sind schneller als neue A64. Anscheinend gibts ein Problem mit der Windows .exe, denn die Zahlen unter Linux sind laut "Project scientist" rattei auf den Opterons schneller:
Pentium 4: 2,66GHz: 1m12.073s
Opteron 248, 2,2 GHz: 1m6.816s
Ich hab die jetzt bei mir unter Windows auf meinem Opteron @2,2 GHz rechnen lassen und komme dabei leider auf 2m10s.
Wäre schön, falls noch mehrere Leute messen könnte, dauert nicht lange, insgesamt gehen wohl max. nur 5 min drauf.
Und so gehts:
1. Test WU in ein Verzeichnis runterladen unter:
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/download/testwu
2.die hmmr 5.08 exe in dasselbe Verzeichnis kopieren, oder der einfachheithalber auch runterladen:
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/download/hmmer_5.08_windows_intelx86.exe
3. Dos Fenster aufmachen und in das Verzeichnis wechseln
4. Priorität der cmd.exe im Taskmanager auf Echtzeit stellen
(bin mir nicht sicher, ob es das braucht, aber sicher ist sicher
)5. Zum Zeitmessen die Systemuhr neben das Dos Fenster bugsieren.
(falls einer ne einfachere Methode kennt, um die Laufzeit zu messen, nur her damit)
6. Das Programm aufrufen mit:
hmmer_5.08_windows_intelx86.exe -r result -w testwu.htm -n
7. Warten und auf die Uhr schauen
8. Ergebis hier im Thread Posten (CPU-Typ, Takt und Laufzeit)
9. Viele Dank
ciao
Alex
Storm84
Commander
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Hi Opteron,
sehr gerne:
*Athlon 64 X2 3800+ Manchester E4 @2,2GHz
*Speicher 1:1 / 2,5-3-3-7 Dual-Channel
*2min 3 sec
Deine Hypothese würde ich allerdings auch auf Intel-Systeme allgemein, nicht nur P4s, erweitern: Ein Kumpel von mir mit einem 2GHz Dothan (Laptop, also nicht übertaktet) erreicht die letzten Tage mit ca 4000s im Schnitt nahezu die halbe WU-Laufzeit wie mein X2.
Die beiden Hosts der Vollständigkeit halber:
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/results.php?hostid=36412
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/results.php?hostid=38661
MfG
Storm
sehr gerne:
*Athlon 64 X2 3800+ Manchester E4 @2,2GHz
*Speicher 1:1 / 2,5-3-3-7 Dual-Channel
*2min 3 sec
Deine Hypothese würde ich allerdings auch auf Intel-Systeme allgemein, nicht nur P4s, erweitern: Ein Kumpel von mir mit einem 2GHz Dothan (Laptop, also nicht übertaktet) erreicht die letzten Tage mit ca 4000s im Schnitt nahezu die halbe WU-Laufzeit wie mein X2.
Die beiden Hosts der Vollständigkeit halber:
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/results.php?hostid=36412
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/results.php?hostid=38661
MfG
Storm
JKuehl
Grand Admiral Special
Die Wus sind auch unterschiedlicher als sie es nicht sein können bei Hmmer - laufzeien zwischen 1:30h und 3:45h sind vertreten bei meinen beiden X2ern - trotzdem liefer ich gleich mal benchmarks meiner 3 Systeme (Wenn das Encoding hier fertig ist).
Was immer noch auffällt: die Page-Faults sind immer noch extremst ausgeprägt - hier 2 Screenshots von meinen beiden X2-Systemen (jeweils 2 HMMER 5.05 WUs am Rechnen).
Auf dem Centrino schauts aber auch nciht besser aus (8 Millionen Faults bei 18 Minuten CPU Time - (Gesamtzeit geschätzr knapp 1:50h - HMMER 5.08)
Eventuell sind hier die Intels wegen der längeren Pipelines / Sprungvorhersagen im Vorteil und man sollte hier den Hebel ansetzen?
Zeit am Taskmanager an echter CPU-Zeit abgelesen (also einfach gewartet bis der HMMER 5.08 Task verschwindet.)
System 1) X2 3800+ @ 2x 2500 MHZ, 2 GB Ram. 1:50 Min - knapp 660.000 Pagefaults (Unbenannt-1.gif)
System 2) X2 3800+ @ 2x 2000 Mhz, 512 MB Ram. 2:27 Min - knapp 660.000 Pagefaults
System 3) Dothan 1.6 Ghz, 1 GB Ram. 1:33 Min Knapp 670.000 Pagefaults. Erstaunlich: die ersten 50% der WU brauchen knapp 1 Minute, der Rest nur noch 33 Sekunden.
Was Wieder auffällt: Sys1) und Sys3) erreichen nach 1 Minute die 50 % ziemlich exakt - dann zieht der Intel Dothan aber gnadenlos davon und bläst die letzten 50% in 33 Sekunden durch während der AMD X2 50 Sekunden dafür braucht.
Habt ihr irgendeinen 2-Pass-Algo implementiert?
Was immer noch auffällt: die Page-Faults sind immer noch extremst ausgeprägt - hier 2 Screenshots von meinen beiden X2-Systemen (jeweils 2 HMMER 5.05 WUs am Rechnen).
Auf dem Centrino schauts aber auch nciht besser aus (8 Millionen Faults bei 18 Minuten CPU Time - (Gesamtzeit geschätzr knapp 1:50h - HMMER 5.08)
Eventuell sind hier die Intels wegen der längeren Pipelines / Sprungvorhersagen im Vorteil und man sollte hier den Hebel ansetzen?
Zeit am Taskmanager an echter CPU-Zeit abgelesen (also einfach gewartet bis der HMMER 5.08 Task verschwindet.)
System 1) X2 3800+ @ 2x 2500 MHZ, 2 GB Ram. 1:50 Min - knapp 660.000 Pagefaults (Unbenannt-1.gif)
System 2) X2 3800+ @ 2x 2000 Mhz, 512 MB Ram. 2:27 Min - knapp 660.000 Pagefaults
System 3) Dothan 1.6 Ghz, 1 GB Ram. 1:33 Min Knapp 670.000 Pagefaults. Erstaunlich: die ersten 50% der WU brauchen knapp 1 Minute, der Rest nur noch 33 Sekunden.
Was Wieder auffällt: Sys1) und Sys3) erreichen nach 1 Minute die 50 % ziemlich exakt - dann zieht der Intel Dothan aber gnadenlos davon und bläst die letzten 50% in 33 Sekunden durch während der AMD X2 50 Sekunden dafür braucht.
Habt ihr irgendeinen 2-Pass-Algo implementiert?
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Opteron
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Na, der Witz ist ja, das die AMDs unter Linux schneller sind, d.h. es muss ein Compiler Problem sein, vielleicht sind es auch die page faults, förderlich sind sie der Performance auf alle Fälle nicht ... In letzerem Fall stellt sich dann aber die Frage, wieso die Pentiums davon nicht betroffen wären ...
Aja, ein paar Vergleichswerte mit Pentiums 3/4/M wären vielleicht auch interessant
ciao
Alex
Zuletzt bearbeitet:
JKuehl
Grand Admiral Special
Update.
Habe alle 3 Rechner jede WU 2x rechnen lassen und immer brav die tempfiles und results gelöscht.
@Opteron: find ich gut dass du dich hierfür engagierst - postest du den Thread oder das dann alles fein im SIMAP forum? hab kein bock mich da selbst anzumelden.
Habe alle 3 Rechner jede WU 2x rechnen lassen und immer brav die tempfiles und results gelöscht.
@Opteron: find ich gut dass du dich hierfür engagierst - postest du den Thread oder das dann alles fein im SIMAP forum? hab kein bock mich da selbst anzumelden.
Zuletzt bearbeitet:
Ali
Commodore Special
Hi Opteron,
brauch mit meinem X2 4600 mit 2,4 GHz 2m03s.
mfg
Ali
brauch mit meinem X2 4600 mit 2,4 GHz 2m03s.
mfg
Ali
Opteron
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Erst mal danke an die Einsender der bisherigen Ergebnisse.
Falls noch jemand auf einen System testen kann, das bisher hier noch nicht erwähnt wurde (z.B. Athlon XP, P4) bitte testen & posten. 2 Quellen pro Architektur wäre optimal, um Fehler auszuschließen.
Im Simap Forum gibts schon einen thread, Sir Ulli hat ihn gestartet. Im Moment scheint die WIndows "Problematik" da aber nicht bekannt zu sein, da die Projektleute nur unter Linux testen, und da alles ok scheint.
Naja je mehr Ergebnisse wir hier sammeln, desto überzeugender wird es
ciao & nochmal Danke
Alex
Sir Ulli
Grand Admiral Special
Athlon64 3.200+ S754 2:20
Athlon64 X2 4.400+ S939 2:05
beides Rechner 4 aus meiner sig, der P4 3.2 den ich gerne testen möchte liegt hier leider nur in einzelteilen...
mfg
Sir Ulli
Athlon64 X2 4.400+ S939 2:05
beides Rechner 4 aus meiner sig, der P4 3.2 den ich gerne testen möchte liegt hier leider nur in einzelteilen...
mfg
Sir Ulli
Cherry
Grand Admiral Special
Gleiche Zeit mit X2 3800+ @ 2.4 GHz. Laut Taskmanager paar Sekunden weniger (so um 1m50s).
Cherry
JKuehl
Grand Admiral Special
die endung ist egal --> rechtsklick speichern unter.. dann sollte ne .htm bei rauskommen
die einfach wie oben erwähnt in der commandline ausführen und berechnen lassen.
die einfach wie oben erwähnt in der commandline ausführen und berechnen lassen.
Sir Ulli
Grand Admiral Special
du musst in dem Verzeichniss 2 Dateien haben
testwu.htm und
hmmer_5.08_windows_intelx86.exe
und dann mit diesem Befehl
hmmer_5.08_windows_intelx86.exe -r result -w testwu.htm -n
ausführen...
@JagDoc
das sagt wohl alles, die P4s scheinen ja nur so zu fliegen, doppelt so schnell wie mein X2 4.400...
mfg
Sir Ulli
hab es schon gefunden, stand ja in der Befehlszeile, ohne Endung geht es nicht.
-----------------------------------------------
X2 3800 @ 3,0GHZ
1min 33sek
------------------------------------------------
X2 3800 @ 3,1GHZ
1min 30sek
--------------------------------------------------
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X2 3800 @ 3,0GHZ
1min 33sek
------------------------------------------------
X2 3800 @ 3,1GHZ
1min 30sek
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Cherry
Grand Admiral Special
Nicht unbedingt. Da die TestWU ohne Endung ausgeliefert wird setzen verschiedene Browser scheinbar verschiedene Standardendungen dafür ein.
Opera z.b. macht ne .txt draus.
Cherry
indiana_74
Moderator
☆☆☆☆☆☆
Beteilige mich nächste Woche, bin im Augenblick leider nicht bei meiner Farm 
Opteron
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Kein Problem, es wird sich hoffentlich noch der ein oder andre in Zwischenzeit findenBeteilige mich nächste Woche, bin im Augenblick leider nicht bei meiner Farm
1-2 P4 Ergebnisse wären noch schön, ansonsten könnte man JagDocs Ergebnis ja alleine dem hohen Takt zurechnen.Danke wieder an allen weiteren Einsendern!
ciao
Alex
Dusty
Lt. Commander
Na denn will ich mal.
3,2 GHz P4 Prescott HT enabled 1:16 RAM @DDR2 400 3-3-3 9
3,2 GHz P4 Prescott HT disabled 1:11 RAM @DDR2 400 3-3-3 9
Athlon 64 2,4 GHz 1:55 RAM @ DDR 400 2,5-3-3 7
1. Athlon XP 2400+ @ 2 GHz 2:38 Ram @PC333 2,5-3-3 6
2. Athlon XP 2400+ @ 2 GHz 2:43 Ram @PC266 n/a
Ich hoffe wir kommen an der Stelle weiter.
Reguläre WU's brauchen auf meinem A64 so ca. 2 h im Durchschnitt...
So long
Dusty
3,2 GHz P4 Prescott HT enabled 1:16 RAM @DDR2 400
3-3-3 93,2 GHz P4 Prescott HT disabled 1:11 RAM @DDR2 400
3-3-3 9Athlon 64 2,4 GHz 1:55 RAM @ DDR 400 2,5-3-3 7
1. Athlon XP 2400+ @ 2 GHz 2:38 Ram @PC333 2,5-3-3 6
2. Athlon XP 2400+ @ 2 GHz 2:43 Ram @PC266 n/a
Ich hoffe wir kommen an der Stelle weiter.
Reguläre WU's brauchen auf meinem A64 so ca. 2 h im Durchschnitt...
So long
Dusty
Zuletzt bearbeitet:
Sir Ulli
Grand Admiral Special
hoffentlich wird da bald was optimiert, man muss doppelt soviel Rechenaufwand investieren, bekommt aber nur die gleichen Punkte wie bei Simap
![:]](https://www.planet3dnow.de/vbulletin/images/smilies/rolleyes.gif "Augen rollen (sarkastisch) :]")
so macht das keinen Spaß und man verliert den Ansporn.......
damit ich nicht der einzige bin
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/forum/viewtopic.php?t=507
immer schön posten...
mfg
Sir Ulli
Opteron
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Hi Dusty, danke für Deine Tests, bitte füge der Vollständigkeit halber noch die Taktfrequenz des P4 Prescotts und den Ramtakt/Speichertimings beim Athlon64 hinzu.
Jo, für den thread mache ich das ja auch. Erst mal hier die Daten sammeln, dann können wir Ihnen das auf einmal schreiben, und dann sollen sie das bitte mal erkären
ciao
Alex
Dusty
Lt. Commander
Habs editiert aber hier nochmal in Kürze
3,2 GHz P4 Prescott HT enabled 1:16 RAM @DDR2 400 3-3-3 9
3,2 GHz P4 Prescott HT disabled 1:11 RAM @DDR2 400 3-3-3 9
Athlon 64 3200+ @ 2,4 GHz 1:55 RAM @ DDR 400 2,5-3-3 7
1. Athlon XP 2400+ @ 2 GHz 2:38 Ram @PC333 2,5-3-3 6
2. Athlon XP 2400+ @ 2 GHz 2:43 Ram @PC266 n/a
Stand eigentlich auch in meinem System. Aber irgendwie nimmt er den Eintrag im Profil nicht so ernst und zeigt mein System nicht unter meinem Avatar an.
So long
Dusty
Edit: Toll jetzt stehts wieder da!!! *freu*
3,2 GHz P4 Prescott HT enabled 1:16 RAM @DDR2 400 3-3-3 9
3,2 GHz P4 Prescott HT disabled 1:11 RAM @DDR2 400 3-3-3 9
Athlon 64 3200+ @ 2,4 GHz 1:55 RAM @ DDR 400 2,5-3-3 7
1. Athlon XP 2400+ @ 2 GHz 2:38 Ram @PC333 2,5-3-3 6
2. Athlon XP 2400+ @ 2 GHz 2:43 Ram @PC266 n/a
Stand eigentlich auch in meinem System. Aber irgendwie nimmt er den Eintrag im Profil nicht so ernst und zeigt mein System nicht unter meinem Avatar an.
So long
Dusty
Edit: Toll jetzt stehts wieder da!!! *freu*
godless.prayer
Grand Admiral Special
A64 3500+ 2,2GHz - 2:15Minuten
Celeron 335 2,8GHz - 1:40Minuten
Celeron 335 2,8GHz - 1:40Minuten
Stephan G.
Lt. Commander
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- Renomée
- 4
So, dann ich auch mal.
A64 X2 3800, 1024 MB Ram - 2:14 Min.
Das ganze dann nochmal auf der selben Maschine unter SuSE 10.1:
1:11 Min
Wenn nicht schon alle meine Crunchmaschinen Linuxboxen wären, dann würd ich jetzt aber umsteigen.
Nein, Spass beiseite, da ist doch eindeutig was an der Windows App. völlig faul.
Unter Linux laufen die Hmmer WU's nur unwesentlich länger als die Simap WU's.
A64 X2 3800, 1024 MB Ram - 2:14 Min.
Das ganze dann nochmal auf der selben Maschine unter SuSE 10.1:
1:11 Min
Wenn nicht schon alle meine Crunchmaschinen Linuxboxen wären, dann würd ich jetzt aber umsteigen.
Nein, Spass beiseite, da ist doch eindeutig was an der Windows App. völlig faul.
Unter Linux laufen die Hmmer WU's nur unwesentlich länger als die Simap WU's.
