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  1. Beitrag #1
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    QMC - Projektnews / Stand nach 3 Jahren

    Ich zitiere aus dem QMC Forum, wo "akgrimme" folgendes gepostet hat:

    NEWS-UPDATE und PROJEKT-UEBERSICHT

    Hallo zusammen,

    zunaechst einmal moechte ich all den Freiwilligen, die unser Projekt in den letzten drei Jahren so grosszuegig unterstuetzt haben, herzlichst danken. Ich finde es immer noch unglaublich und wirklich grossartig, dass es so viele Leute auf der ganzen Welt gibt, die an dem Fortschritt unser doch recht abstrakten Grundlagenforschung interessiert sind. Im Folgenden moechte ich kurz erlaeutern, wie ich QMC@HOME (QAH) im Moment sehe und was wir fuer die Zukunft planen:

    * QUANTENCHEMIE *
    Waehrend sich QAH im ersten Jahr hauptsaechlich um die grundlegende Entwicklung, Werbung und Fehlerbehebung drehte, konnte ich im zweiten Jahr Untersuchungen der Parameter-Abhaengigkeit (z.B. Ensemblegroesse und Zeitschritt der Simulationen) bei massiv-parallelen QMC-Berechnungen durchfuehren, bevor die ersten 'endgueltigen' Berechnungen an Benchmark-Saetzen von nicht-kovalent gebundenen Komplexen moeglich waren. Diese Systeme sind nicht durch die Überlappung von Orbitalen wie in der 'klassischen' chemischen Bindung gebunden (die man so gerne als Staebchen zwischen Atom-Kugeln zeichnet), sondern durch Wechselwirkungen zwischen statischen Ladungen, durch Wasserstoff-Brueckenbindungen und durch van-der-Waals-/ London / Dispersion (wie immer man sie im jeweiligen wissenschaftlichen Feld auch nennt) gebunden. Derartige Wechselwirkungen sind sehr wichtig, denn sie sind ausschlaggebend fuer die Struktur und Reaktivitaet von Biomolekuelen wie DNA, RNA und Proteinen (und auch vielen nicht-biologischen Phaenomenen), jedoch sind theoretische Vorhersagen dieser Wechselwirkungen nur sehr schwer zu erhalten. Unsere erste Veroeffentlichung beschaeftigte sich mit QMC-Berechnungen solcher Wechselwirkungen und war ein echter Erfolg in unserer (allerdings eher kleinen) wissenschaftlichen Community. Die verbesserten ('ecp2') Berechnungen auf diesen Systemen im letzten Jahr werden wahrscheinlich in einer weiteren Publikation veroeffentlicht, wir sind jetzt aber vor allem daran interessiert, darueber hinaus gehend auch kovalente Wechselwirkungen beschreiben zu koennen. Wir haben deshalb im letzten Jahr bereits begonnen, kovalente Wechselwirkungen (der Bruch und die Bildung von chemischen Bindungen in Reaktionen) mit dem ISO34 Benchmark zu untersuchen und sehr schwierige - oder sagen wir mal interessante - Ergebnisse gefunden. Eine Veröffentlichung mit unseren ersten Ergebnissen in diesem Bereich ist in Vorbereitung und als erstes Resultat werden wir bald mit Rechnungen an einem voellig neuen Benchmark (den ich im Rahmen meiner Doktorarbeit für unsere QMC-Forschung entwickelt habe) beginnen, so dass wir endlich die alten Test-Sets mit den großen organischen Molekuelen hinter uns lassen koennen. Mit den Berechnungen an dem neuen Testsatz wollen wir einen Nachweis fuer eine sehr viel versprechende Idee zur Bewaeltigung der beobachteten Schwierigkeiten erbringen, aber im Moment ist meine Idee natürlich streng geheim ... ;-)


    * PROJEKT-STATUS *
    Im Januar habe ich meine Doktorarbeit fertig gestellt und ab April werde ich an der Tschechischen Akademie der Wissenschaften in Prag arbeiten. Deshalb werde ich zwar weiterhin fuer die QMC-Forschung verantwortlich sein und bei der Projektverwaltung mithelfen, aber innerhalb der nächsten Monate wird mein Kollege Robert die allgemeine Projekt-Aufsicht uebernehmen. Robert arbeitet daran, die Rechenleistung von QAH auch für andere Methoden der Quantenchemie nutzbar zu machen und seine QAH/ORCA-Resultate sehen sehr vielversprechend aus - weitere Informationen zu diesem Thema finden sich in unserem ORCA-Foren, das bereits von Robert betreut wird (und auch weiter unten in diesem Thread). GPU-Computing und natürlich der Wechsel zur Produktions-Phase stehen nach wie vor ganz oben auf unserer Agenda, aber ich glaube nicht, dass wir in den naechsten Monaten besonders viel Zeit dafuer finden werden. (Ich gestehe, dass ich einfach den richtigen Moment verpasst habe, das Projekt "produktionsreif" zu erklaeren, denn QAH laeuft ja schon seit mindestens zwei Jahren aeusserst stabil.)

    Enden moechte ich mit einer kurzen Zusammenfassung zum Stand des Projektes:
    - die grossen Biomolekuel-Modellsysteme sind erfolgreich abgearbeitet (obwohl die letzten Workunits sicher noch 1-3 Monate dauern und es sicherlich ein halbes Jahr dauern wird, bis alles publiziert ist)
    - das Projekt macht dann weiter mit QMC-Rechnungen an kleineren, aber schwierigeren Systemen (via Amolqc) und neuen Quantenchemie-Methoden (via ORCA)

    Viele Gruesse und vielen Dank fuer die Unterstuetzung in den letzten drei Jahren!
    Martin
    "Mach bloß den ollen Spruch wieder aus der Signatur raus!"


  2. Die folgenden 4 Benutzer sagen Danke zu JKuehl für diesen nützlichen Beitrag:

    manni.deutsch (11.03.2009), TAL9000 (12.03.2009), ThomsenP3DN (15.03.2009), thunderbuster (11.03.2009)

  3. Beitrag #2
    Moderation DC

    Avatar von HeadBeng0r
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    Da freut man sich schon richtig drauf auf das was da noch kommen wird

  4. Beitrag #3
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    Avatar von gruenmuckel
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    Hmm immer wenn ich im letzten Jahr mal wieder QMC angeschmissen habe gab es nur Bench-WUs.
    Das sah für mich so aus als wenn es keine sinnvolle Arbeit gäbe.
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  5. Beitrag #4
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    Zitat Zitat von gruenmuckel Beitrag anzeigen
    Hmm immer wenn ich im letzten Jahr mal wieder QMC angeschmissen habe gab es nur Bench-WUs.
    Das sah für mich so aus als wenn es keine sinnvolle Arbeit gäbe.
    Unglückliche Benennung der WUs, die Bezeichnung stammt nicht aus dem "Computing" Bereich sondern eher aus dem ursprünglichen Sinn von "Benchmark"

    Ein Benchmark ist halt wörtlich übersetzt ein "Maßstab" und das sind nicht nur klickibunti 3DMark Punkte, sondern eben im Wissenschaftlichen Bereich auch mal Überprüfungen von bisherigen Ergebnissen und Experimenten, bzw. wie hier auch die exakte Ermittlung oder Lösung von Gleichungen die immensen Aufwand erfordern.

    http://en.wikipedia.org/wiki/Benchmark
    Geology




    Other uses


    • Benchmark (computing), the result of running a computer program, or a set of programs, in order to assess the relative performance of an object by running a number of standard tests and trials against it
    • Benchmarking, the process used in management in which organizations evaluate various aspects of their processes in relation to the best practice, usually within their own sector
    • Benchmark Capital, a venture capital firm behind various startups, such as (and including) eBay.
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