Prinzipiell ist es schon möglich. Nur sollten auf der Systempartition die defekten Sektoren liegen brechen die meisten Imager mit einer Fehlermeldung ab (bei manchen kann man das Spiegeln auch bei vorhandenen defekten Sektoren erzwingen). Abhängig davon welche Daten betroffen sind, wird Windows höchstwahrscheinlich dann aber dennoch nicht von der neuen Platte booten.
Du solltest erstmal herausfinden welche Sektoren defekt sind und welche Dateien davon betroffen sind und diese möglichst austauschen. Sollten es Windows Systemdateien sein, geht das relativ einfach über die Windows CD (der Konsolenbefehl fällt mit gerade nicht ein). Wenn es allerdings Konfigurationsdateien sind ist das nicht ganz so einfach.