Wie unsere Stammleser sicherlich wissen, engagiert sich Planet 3DNow! seit vielen Jahren intensiv beim Distributed Computing. Während der eine lediglich aufgrund der Statistiken an solchen Projekten teilnimmt, wollen andere damit aktiv die Forschung unterstützen. Meist handelt es sich jedoch um Grundlagenforschung, die langwierig ist und nicht direkt zu greifbaren Ergebnissen führt. Ebenso gehen einige Projekte offener mit den erzielten Ergebnissen um als andere. Somit ist es relativ schwer, als Laie einen Überblick darüber zu erhalten, wofür man die überflüssige Rechenleistung seines Computers eigentlich spendet.
Folding@Home ist glücklicherweise ein Projekt, das überaus offen mit den Ergebnissen umgeht. Die Forschergruppe um Prof. Vijay Pande an der Stanford University veröffentlicht jedes Jahr mehrere wissenschaftliche Arbeiten, sogenannte Papers, die auf den Berechnungen des Projekts basieren. Kürzlich konnte ein erstes bedeutendes Paper über die Alzheimersche Erkrankung veröffentlicht werden.
Als Ursache dieser Krankheit werden Fehler in der räumlichen Struktur (Faltung) sowie eine Anhäufung des Peptids A-Beta angenommen. Simulationen, wie sie Folding@Home durchführt, helfen dabei, den Prozess der Fehlfaltung zu verstehen. Am schwierigsten ist dabei der wichtigste Schritt, die Oligomerisierung zu simulieren. In ihrem Paper stellen Prof. Pande und seine Kollegen ein neues Verfahren für die Simulation der Oligomerisierung von A-Beta vor. Dieses Verfahren wird genutzt, um mit dem Folding@Home-Grid die Oligomerisierung auf Atomebene zu simulieren. Damit konnten genaue Vorhersagen über den Prozess getroffen werden, die nun experimentell überprüft werden.
Interessierte können das Paper auf den Seiten des The Journal of Chemical Physics gegen eine Gebühr von 23 $ abrufen. Weitere Arbeiten zur Alzheimerschen Erkrankung sollen im kommenden Jahr folgen.
In einem anderen Paper, welches ebenfalls kürzlich veröffentlicht wurde, wurde der sogenannte Ribosomentunnel untersucht. Ribosomen produzieren Proteine, welche über den Ribosomentunnel das Ribosom verlassen. Eine ungeklärte Frage ist, wieso dieser Tunnel existiert.
Primäres Ziel des Papers war die Analyse der Oberfläche des Ribosomentunnels. Erkenntnisse über ihre Beschaffenheit wären für das generelle Verständnis der Proteinsynthese ebenso hilfreich wie für das Verständnis wie bestimmte Antibiotika mit den Ribosomen interagieren. Während der Analyse wurde eine Art Ribosomentor entdeckt, welches sich selektiv öffnet und schließt, je nachdem was mit dem Tor in Wechselwirkung tritt. Aus dieser Entdeckung heraus sollten neue Hypothesen über die Funktionsweise von Ribosomen entstehen sowie neue Ansätze für Antibiotika und die Untersuchung von Ribosomen entwickelt werden können.
Wer an Folding@Home teilnehmen möchte, sollte sich in unserem Forum melden. Man kann nicht nur seinen Prozessor für das Projekt rechnen lassen, sondern auch seine Playstation 3 und - sofern sie neu genug ist - seine Grafikkarte(n).
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