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Donnerstag, 21. Januar 2010

05:04 - Autor: KIDH

Distributed Computing - Neuigkeiten im Kompaktrückblick

Heute wollen wir allen Distributed Computing interessierten Lesern einen kurzen Rückblick auf die Neuigkeiten der letzten eineinhalb Monate geben. Bei einigen DC-Projekten hat sich einiges getan, so wie das ganze Jahr 2009 durch das aufstrebende GPGPU-Computing ein sehr turbulentes Jahr war. Nicht zu vergessen ist der Kampf um die optimierten Milkyway@home-Apps der in Gipsel's GPU-App für ATI-Karten gipfelte. Auch das neue Jahr wird uns viele Veränderungen bringen. So begeht z.B. das Projekt Folding@Home der Universität Stanford dieses Jahr sein 10-jähriges Bestehen und wird aller Voraussicht nach den neuen v7-Client, desweiteren GPU3-, und SMP2-Cores zum Besten geben. Doch heute geht es vor allem um all die kleinen Fortschritte der einzelnen Projekte.

Neulinge im DC-Bereich sind herzlich eingeladen sich bei uns im Forum oder im DC-Wiki zu informieren, Fragen zu stellen oder einfach mitzudiskutieren.

Desweiteren sei hier auch noch auf unsere Umfrage zum Projekt des Monats (PdM) verwiesen. Was das PdM ist, erfährt man in unserem DC-Wiki.


Die Meldungen sind chronologisch geordnet

  • 01.12.09:

    • QMC@Home gibt den Stand der Dinge bekannt. So wurden die Berechnungen zu nicht-kovalenten Bindungen zwischen Molekülen vorerst abgeschlossen. während es im Jahr 2010 nun um kovalente Bindungen gehen soll. Ziel ist es die Quanten-Monte-Carlo Methode für die Quantenchemie zu optimieren. Man hofft bald auch eine zweite QMC-App mit 64Bit- sowie GPU-Unterstützung bereitstellen zu können.

    • Folding@Home berichtet über Fortschritte bei den SMP2-Cores. SMP2 soll revolutionär sein, da es eine Generalüberholung der Gromacs-Methode darstellt und die nativen Fähigkeiten von Mehrkern-CPUs nutzt. Mit den zukünftigen SMP2 Cores wird der Umgang mit dem SMP-Client wesentlich einfacher werden. So verzichtet man auf die Nutzung der MPI API und setzt auf Thread-basierte Parallelisierung. Somit sollten viele Core-Abstürze, die die MPI-Zwischenschicht zur Ursache hatten, der Vergangenheit angehören. (wir berichteten)


  • 04.12.09:


  • 07.12.09:

    • MilkyWay@home veröffentlicht Version 0.24 seiner CUDA-Anwendung und behebt damit ein Berechnungsfehler-Problem. Außerdem soll die neue Version 5-10% schneller sein bei der Berechnung.


  • 10.12.09:


  • 14.12.09:


  • 19.12.09:


  • 21.12.09:


  • 22.12.09:

    • Folding@Home veröffentlich den neuen Protomol Core (b4) und natürlich auch passende WUs dazu. Mit der NML-Methode sollen die Langzeit-Dynamik von Proteinen bis zu 100 mal schneller berechnet werden können. Dabei geht es u.a. darum die Rolle von Mutationen bei der Proteinfaltung und die Aktivierung des Enzyms src Kinase, welches beim Ausbruch von einigen Krebsarten entscheidend ist, zu verstehen. Der Core nutzt Optimierungen für SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1 und SSE4.2.


  • 28.12.09:


  • 02.01.10:

    • Folding@Home gibt GPU Core 11 (NVIDIA) Version 1.31 frei. Dieser soll viele Verbesserungen enthalten - wie meistens hält sich Prof. Vijay Pande bezüglich der Änderungen bedeckt. Weiterhin hat das Folding@home Team laut Blog gute Fortschritte in Bezug auf GPU3 gemacht - eine Beta sollte noch im Frühjahr 2010 kommen.


  • 06.01.10:

    • Einstein@Home gibt bekannt, dass die ABP1 WU-Erzeugung gestoppt wurde und man die neuen ABP2 WUs versenden will. ABP steht für Arecibo Binary Pulsar. Die neue Anwendung untersucht mit ABP2 die gleichen Daten, soll dies aber ca. fünfmal so schnell tun und unterstützt nun auch CUDA-fähige Grafikkarten.

    • Folding@Home beginnt den Support für Mac OS X / PPC einzustellen. Es soll zwar erstmal weiterhin WUs geben, der Client wird aber nicht mehr weiterentwickelt. Damit trägt man der relativ geringen Anzahl an PPC-Clients Rechnung, so steuern sie mit 3 TFLOPS nichteinmal 0,1% zur derzeitigen Gesamtleisung aller FAH-Clients bei.

    • orbit@home hat ein Lebenszeichen von sich gegeben. So will man im März die aktive Entwicklung fortsetzen und zukünftige Berechnungen mit realen Daten durchführen.


  • 07.01.10:

    • Rosetta@home gibt bekannt, dass wesentliche Fortschritte mit Konzepten zu Protein-Wechselwirkungen gemacht wurden. Die neue Methodik soll für die Arzneimittel-Forschung eingesetzt werden. Zuert soll es dabei um Influenza Viren gehen, weitere Anwendungen wurden jedoch schon in Aussicht gestellt.


  • 09.01.10:


  • 11.01.10:


  • 13.01.10:

    • BOINC gibt bekannt, dass von nun an auch GPU-Computing unter Mac OS X unterstützt wird. Dazu benötigt man die Entwickler-Version 6.10.28 oder höher.

    • Folding@Home gibt einige Datails zu GPU3 / OpenCL bekannt. GPU3 (Core) wird mit OpenMM entwickelt und unterstützt dadurch OpenCL. In den ersten Versionen will man aber auf OpenCL verzichten, da OpenMM diesbezüglich noch im Beta Stadium ist. Da ATI Brook nicht mehr unterstützt, wird es vorläufig nur eine CUDA/NVIDIA Version von GPU3 geben. Sobald OpenCL in jeglicher Hinsicht ausgereift ist, will man es implementieren. Wenn die Unterstützung von OpenCL für Multicore-CPUs ausgereift ist, soll der GPU3 Code für SMP2 portiert werden um damit endlich Thread-basierte SMP-Cores erstellen zu können. Aufgrund einiger Missverständnisse bezüglich ATI und OpenCL musste sich Prof. Vijay Pande am nächsten Tag nocheinmal erklären

    • MilkyWay@home gibt bekannt, dass die Deadline auf 8 Tage erhöht wurde, desweiteren ist eine eigene ATI-Anwendung verfügbar.

    • Rosetta@home veröffentlicht Version 2.0.5 seiner minirosetta-Anwedung. Diese behebt Probleme beim Checkpointing.


  • 15.01.10:

    • Einstein@Home veröffentlicht Version 1.07 / 3.07 / 5.07 seiner ABP2-App - ABP steht für Arecibo Binary Pulsar.

    • Rosetta@home gibt bekannt, dass demnächst eine Publikation im renommierten Magazin Science veröffentlicht wird. Im gleichen Atemzug bedankt man sich bei allen, die dies durch die Unterstützung des Projektes möglich gemacht haben. In dem Papier geht es darum, dass man selbst mit einer geringen Menge an experimentellen Daten mit Rosetta Proteine bis zu einer Größe von 200 Aminosäuren berechnen kann


  • 16.01.10:


  • 17.01.10:


  • 18.01.10:

    • RNA World nähert sich der Öffnung für die Öffentlichkeit. Anfangs war es nur internen Testern möglich für das Projekt zu rechnen, inzwischen sind immerhin die Teamcaptains global hinzugefügt worden. Weitere Besserung ist in Sicht, man kümmert sich um einen externen Server für das Projekt um den Rechenkraft.net Server zu entlasten.


  • 19.01.10:

    • QMC@Home teilt Aussichten für die Zukunft mit. So stellt sich ein neuer Mitarbeiter vor, der zukünftig an ORCA weiterarbeitet und es für die Berechnung genauer Schwingungen von Molekülen nutzen wird. Dazu müssen allerdings noch einige Änderungen vorgenommen werden. Desweiteren ist ORCA nun Grafikkarten-fähig, eine Implementierung für QMC ist demnächst vorgesehen - damit werden CASINO und ORCA GPU-Unterstützung bieten.

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