Man kann Linux in den Bootmanager von Windows integrieren. Da du das ja eh wolltest und Windows den Linux Bootmanger bei der Installtion platt macht ist das wohl die beste Lösung. Hier ne kurze Anleitung wie es geht:
Bevor du das Windows neu installierst musst du den Linux Bootsektor sichern. Dazu startest du Linux , loggst dich als root ein und installierst grub mit dem Befehl
grub-install /dev/fd0
auf eine Diskette, die du natürlich vorher eingelgt hast. Dann liest du den Bootsekter der Diskette mit dem Befehl
dd if=/dev/fd0 of=/root/bootsect.lnx bs=512 count=1
aus. Danach liegt im Verzeichnis /root die Datei bootsect.lnx die den Inhalt des Bootsektors enthält. Diese Datei siechst du auf eine Diskette. Nun installierst du Windows neu. Dann kopierst du die Datei bootsect.lnx nach c: und fügst folgende Zeile in die boot.ini von Windows ein.
C:\bootsect.lnx="Linux"
Danach sollte sich ein Eintrag linux im Windows Bootmenu befinden, der Linux startet.