hmmer ist da
- Ersteller The_Mad_One
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tomturbo
Technische Administration, Dinosaurier
Hi,
also unter Linux tut es das überhaupt nicht.
Was mir aber aufgefallen ist, dass der Speicherverbrauch ständig schwankt.
Es wird dauend alloziert und wieder freigegeben - auch nicht eben effizient.
lg
__tom
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[MTB]JackTheRipper
Grand Admiral Special
Vll ist die Berechnung deswegen auf Linux in der Hälfte der Zeit zu schaffen. Aber warum liest der bei Windows so viel, und bei Linux nicht?
JKuehl
Grand Admiral Special
Wenigstens wird im Forum ein neuer Client für die nächsten Tage angekündigt.
Aufm Server rennt zur Zeit ne 64 MB Ramdisk mal schauen obs was am Speed bringt.
Aufm Server rennt zur Zeit ne 64 MB Ramdisk mal schauen obs was am Speed bringt.
Im Simap-Forum wird gemunkelt, dass Windows als debug-Version rausgebracht wurde, das würde den Geschwindigkeitsverlust erklären.
Ich würde allen Windowsen ja mal raten zu warten, bis ne neue Version kommt und so lange mal bei Rosetta zu crunchen und das junge Team zu pushen.
Ich würde allen Windowsen ja mal raten zu warten, bis ne neue Version kommt und so lange mal bei Rosetta zu crunchen und das junge Team zu pushen.
Opteron
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Passiert mir auch öfter, im Log steht dann drin, dass es zwar "Arbeit" gab/gibt, die aber an andre Plattformen vergeben wurde. Das haben sie eingeführt, wegen den ganzen credit Problem.Ich bekomme keine WU's mehr. weis einer warum das so ist?
EDIT:
Es geht wieder!
Um das ganze zu umgehen, legt man sich einfach einen etwas größeren WU Vorrat an
Weiterer Grund könnte aber auch sein, dass jetzt auf hmmer 5.05 upgegraded wurde. Mein boinc hat die neue Version gerade runtergeladen. Hab meine 9 alten 5.04er WUs manuell angehalten und rechne mal die 5.05er WU, mal schauen ob es schneller geht ..
Edit:
Komisches Verhalten, die Vortschrittsanzeige springt in 10% Schritten, nach 3 Minuten sind schon 33% fertig, kann aber auch an der WU liegen:
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/workunit.php?wuid=2355676
Edit2: Die WU war "planmäßig" nach 9 min fertig ...
Edit3: Nächste 5.05er WU wird auch wieder um die 9 min liegen.
Gibt anscheinend Probleme, mit der WU hier:
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/workunit.php?wuid=2288519
Edit2: Die Wu ist bei mir, wie bei den 7 andren vor mir, mit Berechnungsfehler beendet worden. Falls einer im Simap Forum aktiv ist, sollte man das vielleicht melden:
ciao
Alex
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JKuehl
Grand Admiral Special
Von der Simap seite
Beachtlich ist der Speedup um 300-400%!
September 13, 2006
New hmmer application: We have release version 5.05 of hmmer. It addresses three problems: 1) too much checkpints, 2) frequent reading of data from the harddrive and 3) numeric differences between Windows and Linux/MacOS. In our tests the three problems were solved and the application became 3..4 times faster than version 5.04. One the one hand this is great for the throughput of the project, on the other hand the download volume for boincsimap will increase enormously. For that reason we will start to deliver larger workunits of 5..6 MB size that need calculation times of 0.5..2 hours depending on your CPU. Please check carefully if the internet traffic produced by boincsimap stays acceptable for you. If necessary, decrease the percentage of compute power you provide for boincsimap. Due to the identical result formatting on Linux/MacOS and Windows we have switched off homogeous redundancy for hmmer.
Beachtlich ist der Speedup um 300-400%!
September 13, 2006
New hmmer application: We have release version 5.05 of hmmer. It addresses three problems: 1) too much checkpints, 2) frequent reading of data from the harddrive and 3) numeric differences between Windows and Linux/MacOS. In our tests the three problems were solved and the application became 3..4 times faster than version 5.04. One the one hand this is great for the throughput of the project, on the other hand the download volume for boincsimap will increase enormously. For that reason we will start to deliver larger workunits of 5..6 MB size that need calculation times of 0.5..2 hours depending on your CPU. Please check carefully if the internet traffic produced by boincsimap stays acceptable for you. If necessary, decrease the percentage of compute power you provide for boincsimap. Due to the identical result formatting on Linux/MacOS and Windows we have switched off homogeous redundancy for hmmer.
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Jo, kann ich bestätigen, lasse meine alten 5.04er WUs jetzt mit der 5.05er laufen. Geht ebenfalls recht zügig. Im Moment läuft eine, die wohl ~15 min brauchen wird, anstatt der 40min zuvor
ciao
Alex
Hi,
garnicht. Irgendwann bekommst Du die Wu's von alleine. So wars bei mir zumindest.
Die andauernden Plattenzugriffe scheinen tatsächlich aufgehört zu haben, eine Wu braucht
nur noch 31min auf meinem Rechner
Allerdings springt jetzt die Prozentanzeige auch bei mir in großen Sprüngen
Gruß
Illiaan
Opteron
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Hmm, Du kannst deinen WU Vorrat vergrößern, die neuen WUs sollten alle 5.05er sein, mit denen solltest Du dann auch die 5.05er exe bekommen
Edit: Hab mal im Simap Forum gefragt, ob es ok ist, die alten 5.04er WUs mit der 5.05er laufen zu lassen. Die haben kein Problem damit.
Also an alle, mit vielen alten WUs in der Warteschlange, der Tipp:
Boinc beenden
In der client_state.xml und client_state_prev.xml:
*nur bei den work units*
<version_num>504</version_num> durch
<version_num>505</version_num> ersetzen,
Boinc wieder starten
danach werden sie mit der 5.05er gerechnet.
ciao
Alex
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ja, mit der 5.05 hmmer kann ich gut leben. sauschnell und endlich keine nervtötenden plattenzugriffe mehr.
die 504er WUs hatte ich gestern schon weggerechnet, sonst würd ich den Tipp die 504er mit der 05er zu rechnen glatt noch testen.
btw, bei mir haut er die WUs die gut 1,5MB haben im moment teilweise in unter 10minuten durch
Vorher mit SIMAP 5.10 war er mindestens 50min beschäftigt, die hmmer 5.04version hatte dann schon über 60min rumgekaspert![:]](https://www.planet3dnow.de/vbulletin/images/smilies/rolleyes.gif "Augen rollen (sarkastisch) :]")
aber jetzt isses gut.
Interessant wär noch zu sehen, wie die hmmer 5.05 sich auf Rechnern ohne SSE schlägt, also Athlon T-Bird und konsorten.
die 504er WUs hatte ich gestern schon weggerechnet, sonst würd ich den Tipp die 504er mit der 05er zu rechnen glatt noch testen.
btw, bei mir haut er die WUs die gut 1,5MB haben im moment teilweise in unter 10minuten durch
Vorher mit SIMAP 5.10 war er mindestens 50min beschäftigt, die hmmer 5.04version hatte dann schon über 60min rumgekaspert
aber jetzt isses gut.Interessant wär noch zu sehen, wie die hmmer 5.05 sich auf Rechnern ohne SSE schlägt, also Athlon T-Bird und konsorten.
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naja, jetzt haben sie einfachdie Pakete grösser gemacht, die sind jetzt über 5MB gross und brauchen auch wieder etwa 30min.
mit DSL light ists grade noch erträglich, mit rund 50kb/s...
mit DSL light ists grade noch erträglich, mit rund 50kb/s...
Major J
Admiral Special
Habe jetzt wieder WUs bekommen die Hmmer 5.05 sind. Ich rechne schon 34 Minuten an 2 WUs und die sind bei 28% stehen geblieben. (A64 X2) ... liegt das an mir? Die verbleibende Zeit läuft in gleichem Maß hoch wie die verstrichene. Ist das ein Fehler?
Lighthammer
Vice Admiral Special
Bei mir is es das selbe, ca 2h pro WU, hab auch nen X2 3800+
Major J
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Jetzt gehts weiter... dauern wohl fast 2h pro WU! Egal ich lass mal weiter laufen.
Egal ich lass mal weiter laufen.
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hab eben gesehen daß mein Rechner jetzt auch pro WU knapp 2 stunden braucht. Naja, was solls 
Wir habens ja
Wir habens ja Die Prozentanzeige springt bei mir ca alle 1min weiter um ca 23%.
Die aktuellen brauchen 4 - 4,5min.
Boincmanager zeigt 4:36 bei allen WUs verbleibende Zeit an.
Credit granted 4,50 - 5,10 Punkte.
Mein Pentium D940 @4200MHz mag die Teile... 8)
Die aktuellen brauchen 4 - 4,5min.
Boincmanager zeigt 4:36 bei allen WUs verbleibende Zeit an.
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Mein Pentium D940 @4200MHz mag die Teile...
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das werden wohl noch die "alten" 505er WUs sein die nur etwa 1,5MB gross sind, die neuen mit über 5MB sind bedeutend härtere nüsse.
Die "alten" 505er WUs hab ich nämlich auch deutlich unter 10minuten gecruncht
Die "alten" 505er WUs hab ich nämlich auch deutlich unter 10minuten gecruncht
JKuehl
Grand Admiral Special
habt ihr alle Posting 57 von mir gelesen?
http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showpost.php?p=2885364&postcount=57
Die Units wurden vergrößert.
http://www.planet3dnow.de/vbulletin/showpost.php?p=2885364&postcount=57
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