Also ich würde es so machen:
Mittels rsync Kopie auf die externe HDD, dabei alles in / kopieren, abgesehen von
debug (muss nicht existieren), dev, proc und sys, denn diese werden automatisch erzeugt.
Dann auf dem Zielsystem mittels Knoppix eben das aufspielen.
Die Dateien /etc/fstab, /etc/X11/xorg.conf (falls nötig) anpassen, grub neuinstallieren (damit
sollte sich auch das problem mit der device.map lösen, wie man grub neu installiert von
knoppix aus installiert steht im ubuntu wiki).
Dann sollte das neue System schon mit X bootbar sein.
Evtl. müssen dann noch pakete neu konfiguriert werden (z.b. Alsa), damit der Sound
geht. Das sollte meines Wissens mit
gehen.
Hab ich was vergessen, hoffe nicht.