kürz und bündig:
NTFS fragmentiert nicht so schnell, (schneller) lässt größere Partitionen und kleinere Cluster zu, lässt sich komprimieren/verschlüsseln und bietet mehr Sicherheit, weil man Zugriffe auf bestimmte Benutzer beschränken kann.
Nimm NTFS und fertig. (außer Win 9x oder Linux muss darauf zugreifen)