PDM - April - Folding@Home; erste Anlaufstelle

[affenkopf]

Wie hier zu sehen ist, wurde Folding @ Home ausgewählt

Was ist Folding @ Home?

"Beim Projekt Folding@home der Universität Stanford wird die räumliche Faltung von Proteinen simuliert. Diese räumliche Struktur bedingt die Funktion der einzelnen Proteine. Durch das Verständnis dieser Faltungsvorgänge erhoffen sich die Wissenschaftler Hinweise darauf, wie künstliche Polymere mit ähnlichen Eigenschaften hergestellt werden können sowie Ansätze für mögliche Therapien für Krankheiten wie Alzheimer."

http://www.planet3dnow.de/vbulletin/...d.php?t=336850

Download der Clients: http://folding.stanford.edu/English/Download

Installation
dazu folgt bitte diesen Link:
http://dc.planet3dnow.de/wiki/index....e/Installation
dort wird euch bestens geholfen.

Besonderheiten
Folding@Home bietet verschiedene Clients für:
Grafikkarten
CPUs
CPUs mit Multicore
PS3
verschiedene Betriebssysteme

Dazu bietet euch diese Übersicht eine erste Anlaufstelle:
http://www.planet3dnow.de/vbulletin/...d.php?t=336817

Weitere Informationen,

Auszug von dem Thread: http://www.planet3dnow.de/vbulletin/...d.php?t=336850

Statistiken

* Top Teams
* Unser Team
* Unser Team bei ExtremeOverclocking.com
* Unser Team bei fahstats.com


Weitere Links

* Serverstatus
* FAQ zum GPU-Client
* Monitoring-Tool FahMon
* Offizielles Folding@Home-Forum


Die Accounterstellung läuft ebenso wie der Teambeitritt direkt über den Client. Unsere Teamnummer lautet 34361

Weitere Fragen, Anregungen und eine erste Anlaufstelle soll dieser Thread euch anbieten.

[TAL9000]

Wenn ich das richtig sehe gibt es keine einzelnen Server/IP für F@H den man in eine Firewall eintragen könnte? Oder gibt es eine Konfig sich auf nur einen einzelnen Server/IP zu konzentrieren?

Gibt es sowas wie BoincView, sprich mehrere Rechner/Clients im Netzwerk fernzusteuern? da hatte ich doch schon irgendwas zu gelesen, finde es aber nicht mehr

TAL9000

[affenkopf]

Also meine Firewall lässt alle Verbindungen zu Folding @ Home zu.
Aber ich wurde daraufhin nicht gefragt, ob die Verbindung zugelassen werden soll.

Die Vebindung kam einfach so zu stande.

Für deine Frage zu einer BOINC View Variante wäre Fahmon: http://fahmon.net/

[TAL9000]

Ich muss an einer "richtige" Firewall vorbei, keinen Paketfilter oder so, sprich da muss ich schon IP/Port/Protokoll angeben. Wenn ich da mit der ganzen Liste komme jagt mich der Admin aus dem Gebäude.

Welcher Port/Protokoll nutzt FahMon zum Fernsteuern/Abrfargen der Clients? Im Wiki/trac finde ich dazu nichts irgendwie und wie ich gerade merke läuft es mit Win98 nicht
Nun werde mal ein bisschen rumprobieren erstmal. OK gefunden, FahMon benutzt die Logdatei zum auslesen und braucht Dateifreigabe im Netzwerk drauf. Damit hat sich die Anzahl der PCs die ich verwenden kann stark reduziert.

Ist beim Textclient auch 24/7 Betrieb notwendig oder wie sind die Deadlines der WUs ausgelegt?

TAL9000

[TiKu]

Zitat von TAL9000

Ist beim Textclient auch 24/7 Betrieb notwendig oder wie sind die Deadlines der WUs ausgelegt?

Die Deadlines der WUs für den normalen Textclient sind äußerst großzügig. Sie betragen meist 1-2 Monate wenn ich mich nicht irre und sind selbst mit einem Athlon XP 2500+ in 3-4 Tagen zu schaffen.

[Nights]

Zitat von TAL9000

Ist beim Textclient auch 24/7 Betrieb notwendig oder wie sind die Deadlines der WUs ausgelegt?

Bei meinen gegenwärtigen WUs habe ich laut Fahmon eine preferred Desdline von mehr als zwei Monaten, der finale Abgabetermin ist sogar erst in drei Monaten, da muß man sich also nichtmal mit nem P133 Sorgen machen

[TAL9000]

Zitat von TiKu

Die Deadlines der WUs für den normalen Textclient sind äußerst großzügig. Sie betragen meist 1-2 Monate wenn ich mich nicht irre und sind selbst mit einem Athlon XP 2500+ in 3-4 Tagen zu schaffen.

Das ist schon mal gut für meine zeitweilligen Offline PCs. Sind 2St. AXP1800+ mit 512MB RAM 24/7 Betrieb bekomme aber in 7-14Tage Intervall sie nur Online. Laut http://www.iq-hardware.de/forum/viewtopic.php?t=2119 ~73ppd pro PC Welcher der dort genannten Bunkermethoden währen bei mir empfehlenswert?

Was ist mit scientific cores and/or work units if available (no/yes) gemeint?

Sorry für die vielen fragen, wollte mich schon die ganze zeit mal damit beschäftigen...

TAL9000

[affenkopf]

Kein Problem, alle Fragen ob neu oder alt bitte alle stellen.

Kann dazu auch nix sagen, aber ich Zitiere am besten aus dem Wiki:

Set -advmethods flag always, requesting new advanced
scientific cores and/or work units if available (no/yes) [yes]?

Damit auch neuartige WUs geladen werden, die sich noch in der Testphase befinden, muss hier yes eingegeben werden.

Ließt sich so, als ob ohne diese zustimmung keine neuen WUs geladen werden neuerer Bauart.

[TiKu]

Zitat von TAL9000

Das ist schon mal gut für meine zeitweilligen Offline PCs. Sind 2St. AXP1800+ mit 512MB RAM 24/7 Betrieb bekomme aber in 7-14Tage Intervall sie nur Online. Laut http://www.iq-hardware.de/forum/viewtopic.php?t=2119 ~73ppd pro PC Welcher der dort genannten Bunkermethoden währen bei mir empfehlenswert?

Die erste Methode dürfte gar nicht (mehr) funktionieren, da es AFAIK keine WUs ohne Deadlines mehr gibt und die Option "Minimize networking" mir sogar gänzlich unbekannt ist. Der Thread ist auch von 2005, bezieht sich also wohl auf Folding@Home 4.0 oder gar 3.0.

Zitat von TAL9000

Was ist mit scientific cores and/or work units if available (no/yes) gemeint?

Du meinst sicher

Set -advmethods flag always, requesting new advanced
  scientific cores and/or work units if available (no/yes)

Mit diesem Flag aktivierst du Beta-WUs, also WU-Typen, die sich noch in der Testphase befinden. Die bringen Bonuspunkte, können aber auch mal Probleme bereiten (passiert allerdings recht selten).

[TAL9000]

Tja die Zeile drüber hätte ich auch mal lesen sollen

Der Thread ist übrigens "relativ" aktuell (Zuletzt bearbeitet von Spocky am 22. Mai. 2007). Zu meiner Firewall Problematik gibt es scheinbar keine Lösung Nichts bei Goggle gefunden. Naja sind halt doch zwei verschieden aufgebaute DC Projekte. Viel wird nicht kommen von mir, 1-2 Textclients + 2 Offline Rechner wenn ich das nächste mal dran komme.

TAL9000

[cappy]

vllt sollte man noch erwähnen das die PS3 auch folding@home knuspern kann

[FeuerKater]

tja und leider ist der ATI Folder für die HD 38xy Serie noch nicht fertig ... sonnst hätte ich da power ohne ende ...

[Piloboy]

Zitat von TAL9000

Welcher Port/Protokoll nutzt FahMon zum Fernsteuern/Abrfargen der Clients? Im Wiki/trac finde ich dazu nichts irgendwie und wie ich gerade merke läuft es mit Win98 nicht
Nun werde mal ein bisschen rumprobieren erstmal. OK gefunden, FahMon benutzt die Logdatei zum auslesen und braucht Dateifreigabe im Netzwerk drauf. Damit hat sich die Anzahl der PCs die ich verwenden kann stark reduziert.

So wie du das vielleicht möchtest geht das nicht mit F@H, dieses lässt sich so nicht fernwarten, FahMon kann nur den aktuellen Status abrufen und wie du bemerkt hast, muss man dann auch noch Ordner freigeben

[KIDH]

Zitat von TAL9000

Welcher Port/Protokoll nutzt FahMon zum Fernsteuern/Abrfargen der Clients? Im Wiki/trac finde ich dazu nichts irgendwie und wie ich gerade merke läuft es mit Win98 nicht

Port: 8080
Kannst du nicht die ganze IP-Range freigeben? Im Prinzip werden folgende Adressen verwendet: 171.64.xxx.xxx und 171.65.xxx.xxx .

Es läuft unter Win98...dafür nimmst du einfach den 4.00er Client (läuft auch auf dem Rechner der bei mir unter "Mein System" steht).
Die 5.04er Konsole läuft auch unter Win98, mit folgenden EInschränkungen:
- Service-Modus wird nicht unterstützt (gibt's ja auch nicht so wie unter NT) -> du hast immer ein offenes Konsolen-Fenster
- du darfst keine "Big WUs" aktivieren, da diese nur abschmieren.

Ich würde dir zum 4.00 (graphical) raten, da hast du nen schönes, großes Molekül (wie ne Blüte) als Icon im Task und kannst dir das aktuelle Molekül auch noch in der OpenGL-Animation anschauen. Trotz der EInschränkungen kann man mit dem Client noch die meisten WUs berechnen.

@Fernwartung:
Ich steuere meine Clients über VNC, das wird dir aber nicht möglich sein!?

Zitat von Nights

Bei meinen gegenwärtigen WUs habe ich laut Fahmon eine preferred Desdline von mehr als zwei Monaten, der finale Abgabetermin ist sogar erst in drei Monaten, da muß man sich also nichtmal mit nem P133 Sorgen machen

Wenn die WUs erst nach der preferred deadline abgegeben werden, hast du dem Projekt im Prinzip nicht geholfen, da sie dann ein zweites mal für einen CLient bereitgestellt werden.

Mit einem P133 kannst du bei Folding@Home gar nichts mehr reißen. Generell sind alle CPUs ohne SSE so lahm, daß sie die deadline nicht schaffen, ein Athlon TB ohne SSEwürde mit 1000MHz vll gerade noch gehen, da auch 3DNow! Enhanced/+ unterstützt wird (ist aber wesentlich langsamer). Doch selbst wenn die CPU SSE hat, heißt das noch nicht viel: ein PIII 450 muß schon 24/7 laufen, damit er die deadlines schafft.

[DanysAhne]

Wieso sinkt eigentlich unser Folding-Output laut Statspage kontinuierlich?

Jetzt liegt er nur noch bei 46k in den letzten 24h.

[TAL9000]

Zitat von KIDH

Port: 8080
Kannst du nicht die ganze IP-Range freigeben? Im Prinzip werden folgende Adressen verwendet: 171.64.xxx.xxx und 171.65.xxx.xxx .

Wenn ich das könnte währe es ja kein Problem, aber der Zuständige Admin ist kein Freund von DC, er hat ein sep. Passwort für den Firewall

Zitat von KIDH

Es läuft unter Win98...dafür nimmst du einfach den 4.00er Client (läuft auch auf dem Rechner der bei mir unter "Mein System" steht).
Die 5.04er Konsole läuft auch unter Win98, mit folgenden EInschränkungen:
- Service-Modus wird nicht unterstützt (gibt's ja auch nicht so wie unter NT) -> du hast immer ein offenes Konsolen-Fenster
- du darfst keine "Big WUs" aktivieren, da diese nur abschmieren.

Ich meinte FahMon, der Client lief schon

Zitat von KIDH

Ich würde dir zum 4.00 (graphical) raten, da hast du nen schönes, großes Molekül (wie ne Blüte) als Icon im Task und kannst dir das aktuelle Molekül auch noch in der OpenGL-Animation anschauen. Trotz der EInschränkungen kann man mit dem Client noch die meisten WUs berechnen.

Wenn er besser/schneller als der Text Client rechnet, habe mit ner CLI-Box kein Problem

Zitat von KIDH

@Fernwartung:
Ich steuere meine Clients über VNC, das wird dir aber nicht möglich sein!?

Bei insgesamt 25 PCs macht das dann keinen Spaß mehr, bis die alle über VNC umgeschaltet sind, da sitze ich schon ein bisschen vorm PC und das ist nicht mein üblicher Arbeitsplatz. Hauptsächlich konfiguriere ich sie manuell über Human Plug Switching vor Ort... Wenn sie dann laufen laufen sie den Rest mache ich per USB Stick und vorgefertigten XMLs
Werde versuchen mich trotzdem angemessen zu beteiligen. Wird nur nicht die Masse sein, aber dann jedoch dauerhaft.

TAL9000

[KIDH]

Oh...hab ich wohl falsch verstanden ^^. FahMon ist bis zur Version 2.2.2 unter Win98 lauffähig -> http://fahmon.net/previous.html.

Schneller ist der grafische Client nicht...genauer gesagt hat der Client überhaupt nichts mit den Berechnungen zu tun, er ist nur das Interface für den Benutzer, die Berechnungen werden mit den FahCore_xx.exe durchgeführt. Von den Cores gibts es für den Single-CPU-Client ca. 10 verschiedene, die je nach Bedarf (kommt auf die WU an) heruntergeladen werden. Mich würde halt dieses Konsolen-Fenster nerven an einem Rechner, an dem ich arbeite - deswegen der Tip .

[thorshammer]

hi@ll
Bis jetzt haben 80 cruncher einen durchschnittspunkt bei F@H, 65 einen wochen output und 20 einen tages output. Insgesamt gibt es 753 cruncher.

Da stellt sich mir die frage, was ist da los, respektiv nicht los und was ist ein PDM-April ?

gruss thorshammer

[TiKu]

Zitat von DanysAhne

Wieso sinkt eigentlich unser Folding-Output laut Statspage kontinuierlich?

Jetzt liegt er nur noch bei 46k in den letzten 24h.

Könnte daran liegen: http://www.planet3dnow.de/vbulletin/...d.php?t=336947


@thorshammer_34361: Auch das könnte mit den Problemen mit dem Stats-Server zu tun haben. Außerdem werden momentan bei WCG die Credits an SETI.USA zurückgezahlt, mit denen sie uns bei Spinhenge unterstützt haben. Das sollte aber in ein paar Tagen gegessen sein.

[thorshammer]

Ok, dann schauen wir mal wie sich das entwickelt. Ich bin ja auch noch nicht voll angekommen.
Wird sich wahrscheinlich ab weekend ändern.

gruss@ll

[Kater Sylvester]

Sodele,

mein schnellster quad core (SMP Client), ein X2 6000 und ein XP 3000 sind nun bei Folding.
Aber das wird noch mehr.

[thorshammer]

@Kater Sylvester

Jawohl, weiter so!

gruss thorshammer

[KIDH]

Ja...weiter so...wir brauchen mehr Leute! Auch wenn ich nicht im Planet 3DNow! Team bin - das Folden zählt.

[REM!X]

Zitat von KIDH

Ja...weiter so...wir brauchen mehr Leute! Auch wenn ich nicht im Planet 3DNow! Team bin - das Folden zählt.

wie bitte?

[TAL9000]

Brr... Folding zu Boinc verhält sich wie Linux zu Windows, sieht erstmal anders aus und ist dann einfacher

Wo bei einfacher manchmal zu einfach ist, Boinc kann man halt mehr und feiner Einstellen und besonders besser über Netzwerke steuern.

Aber nun gut, 1 PC rechnet mit 40% auf FahCore1 eine Gromacs und 40% Boinc den Bunker von SIMAP/POEM leer (beide auf no new Work). Die Installation/Konfiguration hat mich gut schwitzen lassen, remote auf dem 200km entfernten System gearbeitet das mit ~20% CPU Last irgendwas in einer Datenbank macht So lange das DC nicht stört darf ich (bzw. das Team ) die anderen 80% CPU Power bekommen.

Sah aber gut aus, nur der FahInstaller hat nicht funktioniert, habe ich dann mit Fah.exe direkt gemacht, Service Install, nur 256MB Speicher melden (und hoffentlich auch nicht mehr nutzen), keine grossen WUs (wegen Speicher) sonst Standard gelassen...

FahLog.txt Auszug

Spoiler

--- Opening Log file [April 2 21:20:19]


# Windows Console Edition #####################################################
###############################################################################

Folding@Home Client Version 5.04beta

http://folding.stanford.edu

###############################################################################
###############################################################################

Launch directory: C:\Programme\BOINC\FAH
Service: C:\Programme\BOINC\FAH\fah.exe
Arguments: -svcstart

Launched as a service.
Entered C:\Programme\BOINC\FAH to do work.

[21:20:19] - Ask before connecting: No
[21:20:19] - User name: TAL9000 (Team 34361)
[21:20:19] - User ID: 24AD9D7050549947
[21:20:19] - Machine ID: 1
[21:20:19]
[21:20:19] Loaded queue successfully.
[21:20:19] + Benchmarking ...
[21:20:22]
[21:20:22] + Processing work unit
[21:20:22] Core required: FahCore_81.exe
[21:20:22] Core found.
[21:20:22] Working on Unit 01 [April 2 21:20:22]
[21:20:22] + Working ...
[21:20:22]
[21:20:22] *------------------------------*
[21:20:22] Folding@Home Gromacs Simulated Tempering Core
[21:20:22] Version 1.10 (Oct 4, 2007)
[21:20:22]
[21:20:22] Preparing to commence simulation
[21:20:22] - Looking at optimizations...
[21:20:22] - Files status OK
[21:20:23] - Expanded 365100 -> 1799467 (decompressed 492.8 percent)
[21:20:23] - Starting from initial work packet
[21:20:23]
[21:20:23] Project: 3631 (Run 56, Clone 3, Gen 15)
[21:20:23]
[21:20:23] Assembly optimizations on if available.
[21:20:23] Entering M.D.
[21:20:30] Protein: p3631_Seq12_Amber03_Native
[21:20:30]
[21:20:30] Writing local files
[21:21:20] Extra SSE boost OK.
[21:21:21] Writing local files
[21:21:21] Completed 0 out of 1500000 steps (0)

OK so oder fehlt was

TAL9000 melde mich morgen wenn Luft ist...