Ich kenne zwar rdiff-backup nicht, aber wenn es nur um die Sicherung von Dateien geht und die Zugriffsrechte keine Rolle spielen, sehe ich bei der Vorgehensweise kein Problem. Freigabe des Windows-Servers auf dem Linux-System mounten, Backup ausführen, am Schluss ggf. Freigabe wieder aushängen bzw. read-only mounten. Sind die Zugriffsrechte relevant oder werden Junctions irgendwo im NTFS benutzt, wird's wahrscheinlich schwierig; ich weiß nicht, ob man die einfach so im Linux-Dateisystem abbilden kann.
Übrigens stimme ich zu, dass ein Pull-Backup vorzuziehen ist (der Zielrechner zieht sich die Daten), weil man damit sicherstellen kann, dass das Ziel hinterher read-only gemountet werden kann - ein sehr einfacher, aber schöner Schutz gegen versehentliches Verändern der Daten, z.B. durch Benutzer oder ungewolltes Verschlüsseln von Daten durch trojanische Pferde, Ransomware & Co.
MfG Dalai