Prinzipiell kannst Du eine externe Platte als Bootplatte nehmen, dann muss das Mainboard aber das Booten von USB (bei einer USB-Platte) oder Firewire (halt bei einer Firewire-Platte) unterstützen.
Die Performance wird um einiges unter der einer normal über IDE angeschlossenen Platte liegen, meine externe Maxtor 80-GB-Platte hatte intern eine Dauertransferrate von ~35 MB/s und jetzt im externen Gehäuse liegt die Rate bei ca. 22 MB/s, also ist die Transferrate um ca. 1/3 niedriger (durch die Umwandlung von USB auf IDE etc. pp.).
Partitionen kann man ohne Probleme auch auf externen Platten einrichten, die werden halt als Wechselfestplatten erkannt und man kann die genauso verwalten wie die normalen Platten an IDE, SCSI oder SATA.
Ich würde meinen PC nicht von einer externen Festplatte starten lassen, da es doch ein geringes Risiko gibt, dass der USB-Stecker versehentlich aus der Buchse gezogen wird, dann ist der Datensalat perfekt. Bei internen Festplatten kann das nicht passieren. Außerdem liegt die Datentransferrate wie gesagt signifikant unter der einer normalen IDE-Platte.