Also Master und Slave gibt es soweit nicht mehr, außer bei einem RAID, da wird eine als 1. und eine als 2. gesetzt.
Aber ich schätze mal, dass du keinen RAID betreiben willst.
Du hast die 2. Platte einfach an den SATA Port angeschlossen und daraufhin werden beide Platten nicht mehr angezeigt in Windows?
Und wenn du die 1. entfernst, wird dann die 2. angezeigt? Im BIOS aber werden beide angezeigt. Hast du beide SATA Ports aktiviert und RAID deaktiviert?