Die beiden Dinge die Du ansprichst haben wenig miteinander zu tun.
Die Laufwerke müssen gejumpert werden weil sie vom Controller eindeutig angesprochen werden, also als Primary Master, Primary Slave etc.
Wenn sie nicht gejumpert werden würden dann wären zwei "gleiche" Laufwerke an einem Strang (falls man zwei Laufwerke an einem Strang hat) und der Controller wüsste nicht an wen die Daten gesendet werden sollen wenn er Daten für die erste Festplatte bekommt.
Die Auswahl der Reihenfolge hängt zwar auch damit zusammen dass die Laufwerke gejumpert sind, allerdings hat das nichts mit den physikalischen Gegebenheiten zu tun sondern nur etwas mit den logischen, nämlich welches Gerät zuerst nach einem Bootsektor durchsucht werden soll.
Wenn Du dort etwas umstellst wird nicht die Zuordnung von Master oder Slave verändert sondern das logische Ansprechen.