Dein Mainboard hat doch nen VIA-Chipsatz, oder ?
Das hier steht unter Neuerungen in der neuen CloneCD Version 3.3.1.1:
ElbyCDIO funktioniert jetzt mit IDE Busmaster Treibern von VIA, Intel und ALI unter Windows 2000/XP
Wenn du den VIA Busmaster Treiber installiert hast, lags wohl daran.