Unter der Voraussetzung, dass SP2 nachträglich installiert wurde und nicht schon - wie für Neuinstallationen unbedingt zu empfehlen - in der Installations-CD integriert war:
Erst mal im Gerätemanager unter USB - Controller alle Root-Hubs + Zubehör entfernen/deinstallieren (das kann ggf. auch im abgesicherten Modus passieren). Die sortieren sich nach dem Booten wieder ein, dann hoffentlich korrekt.
Wenn nicht, mal in der Ereignisanzeige / Systemprotokoll nachschauen, ob und welche Fehlermeldungen bezüglich USB auflaufen.
Sind BIOS und Chipsatz-Treiber aktuell? Board (Hersteller, Typ)?