POEM nimmt an CASP8 teil

POEM macht beim CASP8 mit
http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=149#1803
sobald die jungs ihre targets bekommen haben werde ich sie unterstützen.

heavy-Ions@boinc schrieb:

POEM macht beim CASP8 mit
http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=149#1803
sobald die jungs ihre targets bekommen haben werde ich sie unterstützen.

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Und was ist das? Schon wieder ein Rennen, oder was?

Sonic schrieb:

Und was ist das? Schon wieder ein Rennen, oder was?

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Nein CASP ist ein internationales wissenschaftliches experiment, bei dem die verschiedenen methoden zur proteinstrukturvorhersage überprüft/bewertet werden
http://de.wikipedia.org/wiki/CASP
die Gruppen die daran teilnehmen bekommen ca. 100 proteinsequenzen von proteinen geschickt, die schon kristallografiert sind, von denen also die 3d struktur schon bekannt ist, aber noch nicht veröffentlicht. nur die CASP-Leute kennen also die korrekte struktur, die teilnehmenden Gruppen versuchen nun mit ihren computermodellen diese struktur anhand der proteinsequenz in silico aufzuklären.
rosetta@home ist z.b. schon ein dauergast bei der casp
sobald die proteinsequnezen vergeben sind brauchen diese gruppen schnellstmöglich viel rechenpower um diese zu "knacken".
für rosetta bspw kein problem, für poem schon.

Also eher eine Art Pipimann-messen unter den Projekten (wer hat den besten Weg)?

Wenn ich für ein Projekt rechne, dann möchte ich das Ziel des Projektes unterstützen, nicht die die Qualitätssicherung deren Software übernehmen.

gruenmuckel schrieb:

Also eher eine Art Pipimann-messen unter den Projekten (wer hat den besten Weg)?

Wenn ich für ein Projekt rechne, dann möchte ich das Ziel des Projektes unterstützen, nicht die die Qualitätssicherung deren Software übernehmen.

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so ist es nicht
denn da nehmen auch eine ganze menge gruppen teil die nicht auf boinc angewiesen sind. es geht vielmehr um die frage:

Ist das was wir da rechnen überhaupt richtig?

es geht also um die grundlegende qualität einer wissenschaftlichen arbeit. ob eine software verbugt ist oder nicht interessiert die casp-leute einen feuchten
Im prinzip gipfeln sämtliche computersimulation von proteinen (egal ob boinc-gestützt oder nicht) im CASP.
denn rechnest du die proteine richtig heisst dass, dass dein wissenschaftlicher ansatz hinter der rechnerei richtig ist und du die "natur" somit rechnerich nachbilden kannst.
das ist die grundvoraussetzung, um später geziehlt medikamente entwickeln zu können.

heavy-Ions@boinc schrieb:

so ist es nicht
denn da nehmen auch eine ganze menge gruppen teil die nicht auf boinc angewiesen sind. es geht vielmehr um die frage:

Ist das was wir da rechnen überhaupt richtig?

es geht also um die grundlegende qualität einer wissenschaftlichen arbeit. ob eine software verbugt ist oder nicht interessiert die casp-leute einen feuchten
Im prinzip gipfeln sämtliche computersimulation von proteinen (egal ob boinc-gestützt oder nicht) im CASP.
denn rechnest du die proteine richtig heisst dass, dass dein wissenschaftlicher ansatz hinter der rechnerei richtig ist und du die "natur" somit rechnerich nachbilden kannst.
das ist die grundvoraussetzung, um später geziehlt medikamente entwickeln zu können.

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So ist es.
Finde es nicht falsch auch mal die Gegenprüfung zu machen.

Finde ich gut.

Die Simulation von Proteinen ist nicht nur wegen der physikalischen grundlagen so schwer (die sich korrekt abbilden lassen) sondern eben wegen vieler Faktoren die nur rein nach Gefühl in die Software eingebaut werden:

• wie groß ist der Abstand zweier Atome mit einer Wasserstoffbrückenbindung?
• Wie stark muss die Kraft sein um diese zu sprengen?
• Wie stark wirken sich benachbarte Aminosäuren in Wechselwirkung aus?
• Welche Winkel der Aminosäuren untereinander sind besonders stabil?
• Die optimale Konformation eines Proteins ist oft genug nicht die mit den besten energetischen Eigenschaften sondern eine suboptimale...

Darum ist es hilfreich, auch die einzelnen Programme und Ansätze untereinander zu vergleichen, um die letzten paar Prozent an Fehlertoleranz bestmöglich auszubügeln.

Die ersten CASP Wus werden übrigens schon verteilt, und ich lasse jetzt auch so langsam schonmal den Einsteinbunker leerlaufen.

Kann es sein, dass es für CASP WUs weniger Punkte gibt?
Irgendwie fehlen da 1-2k täglich bei mir.

Naja, am Montag kommt ein zusätzlicher Phenom 9550 im 24/7 Betrieb ans Netz .

kann sein, ist aber nicht viel. die casp_165 z.b. dauern in etwa solange wie die alten 156_WUs. wobei die 156er 69 punkte brachten die casp_165 nur 59.

heavy-Ions@boinc schrieb:

kann sein, ist aber nicht viel. die casp_165 z.b. dauern in etwa solange wie die alten 156_WUs. wobei die 156er 69 punkte brachten die casp_165 nur 59.

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Ja, dass kommt hin. sind ungefähr 1/7 weniger Punkte.

die casp-WUs kommen jetzt gut geflogen von rund 90 WUs auf meinem X4 sind nur 7 nicht-casp-WUs

Hey, nicht das Ihr schon all CASP WU's weg habt bevor wir richtig einsteigen, dann brauchen wir für nächsten Monat ja doch noch ein PdM



Gruß

D.U.

habt ihr mal vergleichszeiten und credits von den casp-WUs für mich?
Bin gerade ziemlich erstaunt wie groß der Unterschied zischen meinem Opteron und meinem X4 ist.
Beide laufen unter Linux 64bit. Der Opteron @2,8Ghz braucht für eine casp_169 WU zwischen 5800 und 6000sek und bekommt dafür 32,17 credits.
Für die gleichen casp_169-Wus braucht der X4 @2,2Ghz nur 4300-4500sek bekommt dafür aber auch nur 23,44 credits

Alles ein Quad Q6600 @ 3.5 GHz, WIn XP 32 Bit

3752021 3574071 18 May 2008 16:52:18 UTC 18 May 2008 20:41:07 UTC Over Success Done 4,513.27 29.07 35.17
3751769 3573819 18 May 2008 16:52:18 UTC 18 May 2008 20:41:07 UTC Over Success Done 4,443.41 28.62 35.17
3751841 3573891 18 May 2008 16:52:18 UTC 18 May 2008 20:41:07 UTC Over Success Done 4,588.88 29.56 35.17
3751837 3573887 18 May 2008 16:52:18 UTC 18 May 2008 20:41:07 UTC Over Success Done 4,812.28 31.00 35.17


Im Schnitt also 4589 Sekunden und 35.17 Credits

macht am Tag also gerade mal rund 2700 Credits - bei Einstein macht das Teil locker das 2.5 Fache....

Ist aber egal, POEM ist ein sinnvolles Projekt, da würd ich sogar für 1000 Credits am Tag crunchen.

JKuehl schrieb:

Alles ein Quad Q6600 @ 3.5 GHz, WIn XP 32 Bit

3752021 3574071 18 May 2008 16:52:18 UTC 18 May 2008 20:41:07 UTC Over Success Done 4,513.27 29.07 35.17
3751769 3573819 18 May 2008 16:52:18 UTC 18 May 2008 20:41:07 UTC Over Success Done 4,443.41 28.62 35.17
3751841 3573891 18 May 2008 16:52:18 UTC 18 May 2008 20:41:07 UTC Over Success Done 4,588.88 29.56 35.17
3751837 3573887 18 May 2008 16:52:18 UTC 18 May 2008 20:41:07 UTC Over Success Done 4,812.28 31.00 35.17


Im Schnitt also 4589 Sekunden und 35.17 Credits

macht am Tag also gerade mal rund 2700 Credits - bei Einstein macht das Teil locker das 2.5 Fache....

Ist aber egal, POEM ist ein sinnvolles Projekt, da würd ich sogar für 1000 Credits am Tag crunchen.

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?
Versteh ich immer weniger. wie kann ein 9550 genauso schnell crunchen wie ein q6600 bei 3,2Ghz?
3720828 3544305 17 May 2008 6:12:27 UTC 18 May 2008 17:00:54 UTC Over Success Done 4,318.09 16.59 23.44
3720747 3544227 17 May 2008 6:05:44 UTC 18 May 2008 16:49:19 UTC Over Success Done 4,292.17 16.49 23.44
3720189 3543690 17 May 2008 5:32:17 UTC 18 May 2008 15:42:05 UTC Over Success Done 4,524.46 17.38 23.44
3720140 3543641 17 May 2008 5:27:39 UTC 18 May 2008 15:42:05 UTC Over Success Done 4,579.80 17.59 23.44
3720069 3543570 17 May 2008 5:28:05 UTC 18 May 2008 15:42:05 UTC Over Success Done 4,587.56 17.62 23.44
3719858 3543359 17 May 2008 5:13:11 UTC 18 May 2008 14:47:11 UTC Over Success Done 4,508.29 17.32 23.44
3719375 3542876 17 May 2008 4:38:52 UTC 18 May 2008 14:47:11 UTC Over Success Done 4,597.32 17.66 23.44
3719367 3542868 17 May 2008 4:41:05 UTC 18 May 2008 14:47:11 UTC Over Success Done 4,592.45 17.64 23.44
3719337 3542838 17 May 2008 4:38:38 UTC 18 May 2008 12:58:42 UTC Over Success Done 4,499.48 17.28 23.44
3719097 3542598 17 May 2008 4:19:47 UTC 18 May 2008 12:51:02 UTC Over Success Done 4,470.71 17.17 23.44
3718793 3542294 17 May 2008 4:01:56 UTC 18 May 2008 11:44:26 UTC Over Success Done 4,586.43 17.62 23.44
3718755 3542256 17 May 2008 4:02:11 UTC 18 May 2008 11:44:26 UTC Over Success Done 4,460.11 17.13 23.44
3718704 3542205 17 May 2008 4:01:41 UTC 18 May 2008 11:44:26 UTC Over Success Done 4,537.09 17.43 23.44
3717999 3541502 17 May 2008 2:59:15 UTC 18 May 2008 10:16:22 UTC Over Success Done 4,497.00 17.27 23.44
3717950 3541453 17 May 2008 2:56:45 UTC 18 May 2008 10:16:22 UTC Over Success Done 4,511.57 17.33 23.44
3717726 3541229 17 May 2008 2:52:03 UTC 18 May 2008 9:33:40 UTC Over Success Done 4,512.62 17.33 23.44

na vielleicht ist es mal AMD lastig .

andere wus/serie? Aber mal beobachten....

Mal was AMD-lastiges wäre ja schön, aber ich glaube dass die unter der casp_169 serie viele verschiedene Targets verschicken.

Wie waers mal mit etwas Werbung? Z.b. wird im Boinc-News folgendes erwaehnt

May 7, 2008
CASP8, a competition for protein structure prediction, starts soon. Rechenkraft.net is sponsoring a team credit-race to support POEM@home, one of the CASP participants. Results will be reported at Planet BOINC.

Zum Vergrößern anklicken....

Waere ja auch gut, wenn wir als fuehrende Kraft in POEM erwaehnt wuerden, und ebenso waere die Statsseite auch oeffentlich fuers Monitoring wesentlich besser geeignet als die Loesung von Planet BOINC...

Sollten da doch einfach mal mehr Oeffentlichkeitsarbeit in naechster Zeit machen.

JKuehl schrieb:

Wie waers mal mit etwas Werbung? Z.b. wird im Boinc-News folgendes erwaehnt



Waere ja auch gut, wenn wir als fuehrende Kraft in POEM erwaehnt wuerden, und ebenso waere die Statsseite auch oeffentlich fuers Monitoring wesentlich besser geeignet als die Loesung von Planet BOINC...

Sollten da doch einfach mal mehr Oeffentlichkeitsarbeit in naechster Zeit machen.

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find ich gut.
könnte man eine öffentliche stat-page einrichten?

heavy-Ions@boinc schrieb:

find ich gut.
könnte man eine öffentliche stat-page einrichten?

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Twodee fragen!!!

Gruß

D.U.

heavy-Ions@boinc schrieb:

find ich gut.
könnte man eine öffentliche stat-page einrichten?

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könnte man durchaus, die frage ist eher, wollen wir das?

Twodee schrieb:

könnte man durchaus, die frage ist eher, wollen wir das?

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Zeitliche begrenzten Zugang oder besser zur Verfügung stellen (bildlich) würde ich OK finden.
Zum Beispiel das wir sie per Screenshot, sagen wir alle 4 oder 6 Stunden aktualisieren, nicht das uns das Ding durch den Traffic platt gemacht wird.


Gruß

D.U.

Poem unterstützen - von der Idee ja gut - A B E R : ...........

Ne Stats page finde ich sehr gut - Twodee ist ja Experte und macht hervorragende Seiten . Allerdings sollte da auch mehr vom Projekt kommen