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POEM nimmt an CASP8 teil
- Ersteller heavy-Ions@boinc
- Erstellt am
heavy-Ions@boinc
Grand Admiral Special
POEM macht beim CASP8 mit
http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=149#1803
sobald die jungs ihre targets bekommen haben werde ich sie unterstützen.
http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=149#1803
sobald die jungs ihre targets bekommen haben werde ich sie unterstützen.
Sonic
Grand Admiral Special
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Und was ist das? Schon wieder ein Rennen, oder was?POEM macht beim CASP8 mit
http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=149#1803
sobald die jungs ihre targets bekommen haben werde ich sie unterstützen.
heavy-Ions@boinc
Grand Admiral Special
Nein CASP ist ein internationales wissenschaftliches experiment, bei dem die verschiedenen methoden zur proteinstrukturvorhersage überprüft/bewertet werdenUnd was ist das? Schon wieder ein Rennen, oder was?
http://de.wikipedia.org/wiki/CASP
die Gruppen die daran teilnehmen bekommen ca. 100 proteinsequenzen von proteinen geschickt, die schon kristallografiert sind, von denen also die 3d struktur schon bekannt ist, aber noch nicht veröffentlicht. nur die CASP-Leute kennen also die korrekte struktur, die teilnehmenden Gruppen versuchen nun mit ihren computermodellen diese struktur anhand der proteinsequenz in silico aufzuklären.
rosetta@home ist z.b. schon ein dauergast bei der casp
sobald die proteinsequnezen vergeben sind brauchen diese gruppen schnellstmöglich viel rechenpower um diese zu "knacken".
für rosetta bspw kein problem, für poem schon.
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gruenmuckel
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Also eher eine Art Pipimann-messen unter den Projekten (wer hat den besten Weg)?
Wenn ich für ein Projekt rechne, dann möchte ich das Ziel des Projektes unterstützen, nicht die die Qualitätssicherung deren Software übernehmen.
Wenn ich für ein Projekt rechne, dann möchte ich das Ziel des Projektes unterstützen, nicht die die Qualitätssicherung deren Software übernehmen.
heavy-Ions@boinc
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Also eher eine Art Pipimann-messen unter den Projekten (wer hat den besten Weg)?
Wenn ich für ein Projekt rechne, dann möchte ich das Ziel des Projektes unterstützen, nicht die die Qualitätssicherung deren Software übernehmen.
so ist es nicht
denn da nehmen auch eine ganze menge gruppen teil die nicht auf boinc angewiesen sind. es geht vielmehr um die frage:
Ist das was wir da rechnen überhaupt richtig?
es geht also um die grundlegende qualität einer wissenschaftlichen arbeit. ob eine software verbugt ist oder nicht interessiert die casp-leute einen feuchten
Im prinzip gipfeln sämtliche computersimulation von proteinen (egal ob boinc-gestützt oder nicht) im CASP.
denn rechnest du die proteine richtig heisst dass, dass dein wissenschaftlicher ansatz hinter der rechnerei richtig ist und du die "natur" somit rechnerich nachbilden kannst.
das ist die grundvoraussetzung, um später geziehlt medikamente entwickeln zu können.
Toxino
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- Gnadenlos overclocked ;-) und wenn ich den einschalte, geht beim Nachbar das Licht aus.......
so ist es nicht
denn da nehmen auch eine ganze menge gruppen teil die nicht auf boinc angewiesen sind. es geht vielmehr um die frage:
Ist das was wir da rechnen überhaupt richtig?
es geht also um die grundlegende qualität einer wissenschaftlichen arbeit. ob eine software verbugt ist oder nicht interessiert die casp-leute einen feuchten
Im prinzip gipfeln sämtliche computersimulation von proteinen (egal ob boinc-gestützt oder nicht) im CASP.
denn rechnest du die proteine richtig heisst dass, dass dein wissenschaftlicher ansatz hinter der rechnerei richtig ist und du die "natur" somit rechnerich nachbilden kannst.
das ist die grundvoraussetzung, um später geziehlt medikamente entwickeln zu können.
So ist es.
Finde es nicht falsch auch mal die Gegenprüfung zu machen.
MGeee
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Finde ich gut.
JKuehl
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Die Simulation von Proteinen ist nicht nur wegen der physikalischen grundlagen so schwer (die sich korrekt abbilden lassen) sondern eben wegen vieler Faktoren die nur rein nach Gefühl in die Software eingebaut werden:
Die ersten CASP Wus werden übrigens schon verteilt, und ich lasse jetzt auch so langsam schonmal den Einsteinbunker leerlaufen.
- wie groß ist der Abstand zweier Atome mit einer Wasserstoffbrückenbindung?
- Wie stark muss die Kraft sein um diese zu sprengen?
- Wie stark wirken sich benachbarte Aminosäuren in Wechselwirkung aus?
- Welche Winkel der Aminosäuren untereinander sind besonders stabil?
- Die optimale Konformation eines Proteins ist oft genug nicht die mit den besten energetischen Eigenschaften sondern eine suboptimale...
Die ersten CASP Wus werden übrigens schon verteilt, und ich lasse jetzt auch so langsam schonmal den Einsteinbunker leerlaufen.
MGeee
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Kann es sein, dass es für CASP WUs weniger Punkte gibt?
Irgendwie fehlen da 1-2k täglich bei mir.
Naja, am Montag kommt ein zusätzlicher Phenom 9550 im 24/7 Betrieb ans Netz .
Irgendwie fehlen da 1-2k täglich bei mir.
Naja, am Montag kommt ein zusätzlicher Phenom 9550 im 24/7 Betrieb ans Netz .
heavy-Ions@boinc
Grand Admiral Special
kann sein, ist aber nicht viel. die casp_165 z.b. dauern in etwa solange wie die alten 156_WUs. wobei die 156er 69 punkte brachten die casp_165 nur 59.
MGeee
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kann sein, ist aber nicht viel. die casp_165 z.b. dauern in etwa solange wie die alten 156_WUs. wobei die 156er 69 punkte brachten die casp_165 nur 59.
Ja, dass kommt hin. sind ungefähr 1/7 weniger Punkte.
heavy-Ions@boinc
Grand Admiral Special
die casp-WUs kommen jetzt gut geflogen von rund 90 WUs auf meinem X4 sind nur 7 nicht-casp-WUs
unterstudienrat
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Hey, nicht das Ihr schon all CASP WU's weg habt bevor wir richtig einsteigen, dann brauchen wir für nächsten Monat ja doch noch ein PdM
Gruß
D.U.
Gruß
D.U.
heavy-Ions@boinc
Grand Admiral Special
habt ihr mal vergleichszeiten und credits von den casp-WUs für mich?
Bin gerade ziemlich erstaunt wie groß der Unterschied zischen meinem Opteron und meinem X4 ist.
Beide laufen unter Linux 64bit. Der Opteron @2,8Ghz braucht für eine casp_169 WU zwischen 5800 und 6000sek und bekommt dafür 32,17 credits.
Für die gleichen casp_169-Wus braucht der X4 @2,2Ghz nur 4300-4500sek bekommt dafür aber auch nur 23,44 credits
Bin gerade ziemlich erstaunt wie groß der Unterschied zischen meinem Opteron und meinem X4 ist.
Beide laufen unter Linux 64bit. Der Opteron @2,8Ghz braucht für eine casp_169 WU zwischen 5800 und 6000sek und bekommt dafür 32,17 credits.
Für die gleichen casp_169-Wus braucht der X4 @2,2Ghz nur 4300-4500sek bekommt dafür aber auch nur 23,44 credits
JKuehl
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Im Schnitt also 4589 Sekunden und 35.17 Credits
macht am Tag also gerade mal rund 2700 Credits - bei Einstein macht das Teil locker das 2.5 Fache....
Ist aber egal, POEM ist ein sinnvolles Projekt, da würd ich sogar für 1000 Credits am Tag crunchen.
3752021 3574071 18 May 2008 16:52:18 UTC 18 May 2008 20:41:07 UTC Over Success Done 4,513.27 29.07 35.17
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Im Schnitt also 4589 Sekunden und 35.17 Credits
macht am Tag also gerade mal rund 2700 Credits - bei Einstein macht das Teil locker das 2.5 Fache....
Ist aber egal, POEM ist ein sinnvolles Projekt, da würd ich sogar für 1000 Credits am Tag crunchen.
heavy-Ions@boinc
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?Alles ein Quad Q6600 @ 3.5 GHz, WIn XP 32 Bit
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Im Schnitt also 4589 Sekunden und 35.17 Credits
macht am Tag also gerade mal rund 2700 Credits - bei Einstein macht das Teil locker das 2.5 Fache....
Ist aber egal, POEM ist ein sinnvolles Projekt, da würd ich sogar für 1000 Credits am Tag crunchen.
Versteh ich immer weniger. wie kann ein 9550 genauso schnell crunchen wie ein q6600 bei 3,2Ghz?
3720828 3544305 17 May 2008 6:12:27 UTC 18 May 2008 17:00:54 UTC Over Success Done 4,318.09 16.59 23.44
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JKuehl
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andere wus/serie? Aber mal beobachten....
heavy-Ions@boinc
Grand Admiral Special
Mal was AMD-lastiges wäre ja schön, aber ich glaube dass die unter der casp_169 serie viele verschiedene Targets verschicken.
JKuehl
Grand Admiral Special
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Wie waers mal mit etwas Werbung? Z.b. wird im Boinc-News folgendes erwaehnt
Waere ja auch gut, wenn wir als fuehrende Kraft in POEM erwaehnt wuerden, und ebenso waere die Statsseite auch oeffentlich fuers Monitoring wesentlich besser geeignet als die Loesung von Planet BOINC...
Sollten da doch einfach mal mehr Oeffentlichkeitsarbeit in naechster Zeit machen.
May 7, 2008
CASP8, a competition for protein structure prediction, starts soon. Rechenkraft.net is sponsoring a team credit-race to support POEM@home, one of the CASP participants. Results will be reported at Planet BOINC.
Waere ja auch gut, wenn wir als fuehrende Kraft in POEM erwaehnt wuerden, und ebenso waere die Statsseite auch oeffentlich fuers Monitoring wesentlich besser geeignet als die Loesung von Planet BOINC...
Sollten da doch einfach mal mehr Oeffentlichkeitsarbeit in naechster Zeit machen.
heavy-Ions@boinc
Grand Admiral Special
find ich gut.Wie waers mal mit etwas Werbung? Z.b. wird im Boinc-News folgendes erwaehnt
Waere ja auch gut, wenn wir als fuehrende Kraft in POEM erwaehnt wuerden, und ebenso waere die Statsseite auch oeffentlich fuers Monitoring wesentlich besser geeignet als die Loesung von Planet BOINC...
Sollten da doch einfach mal mehr Oeffentlichkeitsarbeit in naechster Zeit machen.
könnte man eine öffentliche stat-page einrichten?
unterstudienrat
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Twodee fragen!!!find ich gut.
könnte man eine öffentliche stat-page einrichten?
Gruß
D.U.
find ich gut.
könnte man eine öffentliche stat-page einrichten?
könnte man durchaus, die frage ist eher, wollen wir das?
unterstudienrat
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Zeitliche begrenzten Zugang oder besser zur Verfügung stellen (bildlich) würde ich OK finden.könnte man durchaus, die frage ist eher, wollen wir das?
Zum Beispiel das wir sie per Screenshot, sagen wir alle 4 oder 6 Stunden aktualisieren, nicht das uns das Ding durch den Traffic platt gemacht wird.
Gruß
D.U.
Helferchen
Commodore Special
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Poem unterstützen - von der Idee ja gut - A B E R : ...........
Ne Stats page finde ich sehr gut - Twodee ist ja Experte und macht hervorragende Seiten . Allerdings sollte da auch mehr vom Projekt kommen
Ne Stats page finde ich sehr gut - Twodee ist ja Experte und macht hervorragende Seiten . Allerdings sollte da auch mehr vom Projekt kommen
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