Was zeigt die Datenträgerverwaltung (diskmgmt.msc) an, welche Partition die System- und welche die Startpartition ist? Kannst Du die Partition D: entfernen (also das logische Laufwerk löschen)?
Außerdem kann es wie schon von Duk3 geschrieben sein, dass im BIOS die Startreihenfolge durcheinander kommt, wenn Du die neue Festplatte ansteckst. Einfach mal schauen, ob die Platte, wo das Betriebssystem drauf ist, auch dann noch als First Boot Device eingetragen ist, wenn die neue Platte angesteckt ist.