Das liegt wohl daran, daß die SSD zu schnell ist. Ich habe ein ähnliches Problem gehabt mit meiner lokalen Zweitplatte, die nach S3-Aufwachen nicht wieder schnell genug initialisiert war und dann im Windows fehlte. Dafür gab es aber einen optionalen Windows-Update-Patch, der das Timeout verlängert (KB977178).
Bei Dir ist das Problem natürlich etwas anders, weil es Netzlaufwerke sind, aber die Problemlösung könnte ebenfalls in einem verlängerten Zeitfenster liegen.
hier hab ich was gefunden, was offenbar funktioniert:
http://www.computerbase.de/forum/showthread.php?p=8214887
über den Aufgabenplaner kann man dann ja eine Wartezeit von z.B. einer halben oder einer Minute nach Systemstart ausprobieren.
Übrigens, falls das auch laufen soll nach Standby-Aufwecken ohne Arbeitsstationsanmeldung, dann nimm (bei Win 7) den Trigger "Bei Ereignis - Protokoll: System, Quelle: Microsoft-Windows-Power-Troubleshooter, Ereignis-ID: 1". Das nutze ich auch für was anderes (K10STAT), hat ne Weile gedauert, das rauszufinden^^