Müsste ich jetzt mal selber ausprobieren, aber warum sollte BartPE überhaupt noch formatieren, wenn schon formatiert ist? Hast Dus schon mal ausprobiert?
Bzgl. der Auflösung bei Knoppix und co: Das dürfte an der Grakaunterstützung liegen. Da dürften Dir einige Linux-Experten hier sicher helfen können.