Neue SIMAP-WUs

[Major_Tom]

Ich glaube nicht dass sie aussetzen werden:

Seit heute nachmittag verteilen wir die letzte Serie der Workunits mit denen neue Umweltsequenzen aus Metagenomen der CAMERA-Datenbank berechnet werden. Die Berechnung dieser Workunits wird wahrscheinlich bis Ende August benötigen, so dass wir dann direkt mit der Berechnung der regulären September-Workunits fortfahren werden.

"live" zitiert aus dem SIMAP-Forum

 

[Emploi]

Live vom 18 Aug 2010 16:50....

 

[Major_Tom]

jep ... live von mir kopiert

 

[orpheus2k]

Upps, wir haben ja noch kein September. Ich war da schon einen Tag weiter

 

[unterstudienrat]

Part 5/6 ist da und ist 98123 Wutzen groß, also ~ 1 Tag zusätzlich


Gruß

D.U.

 

[orpheus2k]

Wurde aber auch Zeit, Part 4 war ja schon am Ende.
98123 WUs sind aber nicht viel, da muss noch mehr gehen, damit es diesen Monat reicht!

 

[jcworks]

Wurde aber auch Zeit, Part 4 war ja schon am Ende.
98123 WUs sind aber nicht viel, da muss noch mehr gehen, damit es diesen Monat reicht!

so.. der schließlich letzte Batch 10081510 hat vor ein paar Minuten begonnen...

Similarities of new sequences from metagenomes, part 6/6: . . . . . 388793 WUs

 

[unterstudienrat]

Somit sind es dann bis dato noch ~4,5 Tage und wenn dann nichts mehr nachkommt war es das dann für den September.


Gruß

D.U.

 

[jcworks]

Somit sind es dann bis dato noch ~4,5 Tage und wenn dann nichts mehr nachkommt war es das dann für den September.


Gruß

D.U.

was ich aber nicht glaube, denn lt.

Seit heute nachmittag verteilen wir die letzte Serie der Workunits mit denen neue Umweltsequenzen aus Metagenomen der CAMERA-Datenbank berechnet werden. Die Berechnung dieser Workunits wird wahrscheinlich bis Ende August benötigen, so dass wir dann direkt mit der Berechnung der regulären September-Workunits fortfahren werden.

sollten ja noch die September-WUs folgen. Und da der letzte Batch noch immer die Bezeichnung 10081510 trägt, wäre das ein Batch im Monat August = 08 und (klar) im Jahr 2010.
Außerdem gehören - soweit ich das bisher mitbekommen habe - zu jedem Zyklus auch hmmr-files. Und die des Septembers stehen noch aus. Daher sind meiner Meinung nach die September-WUs noch nicht mit dem/den letzten Batch(es) verteilt worden.

Aber lassen wir uns mal überraschen. Es war so oder so der bisher längste simap-Rechenzyklus den ich mitgemacht hatte..

 

[Nosliv]

Es ist noch ein kleiner Batch 10081511 dazugekommen mit 29954 WUs

 

[jcworks]

Es ist noch ein kleiner Batch 10081511 dazugekommen mit 29954 WUs

Davon wirst du aber nix bekommen... non-boinc-workunits

Ich glaube, gelesen zu haben, daß diese z.T. von deren eigenen Maschinen gerechnet werden.. weil evtl Probleme zu erwarten wären oder so...


Ach, Daniel.. schönes Foto von dir... 8)

 

[Mr. Ice]

Hier die neusten News

Es gibt also noch ordentlich zu tun...

 

[Nosliv]

Davon wirst du aber nix bekommen... non-boinc-workunits

huch, da hab ich mich wohl verlesen. Der gestrige Abend war auch lang und die Nacht viel zu kurz

 

[orpheus2k]

Insgesamt rechnen wir mit ca. 3 Wochen Arbeit für unser Projekt im September.

Boah, ich seh immer noch nicht das Licht am Ende des Tunnels...

 

[unterstudienrat]

Boah, ich seh immer noch nicht das Licht am Ende des Tunnels...

Bei 2 Steps mit insgesamt ~800.000 Sequenzen sind das eigendlich noch ~10 Tage bis die verteilt sind zzgl des aktuellen Batches mit einen Rest von ~4,5 Tagen Vorrat, sollte es sich um Arbeit für grob 15 Tage handeln.
Also inetwas der 20. September.


Gruß

D.U.

 

[orpheus2k]

Ich bin ja gespannt, wie deine Prognose aufgeht!

 

[Mr. Ice]

Bei der derzeitigen Leistung dürfte es wohl länger dauern... z.Z. werden nicht mal 50.000WUs am Tag verteilt...

 

[unterstudienrat]

Ich bin ja gespannt, wie deine Prognose aufgeht!

Momentan wohl eher nicht mehr, wie Mr. Ice schon erwähnt hat hat sich der tägliche Durchsatz stark verringert (von 80K auf 50K/d), wenn das so bleiben sollte, ist die Arbeit für den September komplett sicher und reicht eventuell sogar in den Oktober rein.


Gruß

D.U.

 

[unterstudienrat]

Der September Batch 10090102 ist eingetroffen, besitzt 406910 WUtzen und hat (noch) keinen "Part"- Zusatz.
Bei noch verbleibenden ~112.000 WUs aus dem derzetigen Batch und einem Tagesdurchsatz von ~40K WUs, wäre das Arbeit für ~13 Tage.
Somit reicht die Arbeit warscheinlich auch noch für den ganzen September.


Gruß

D.U.

 

[jcworks]

Der September Batch 10090102 ist eingetroffen, besitzt 406910 WUtzen und hat (noch) keinen "Part"- Zusatz.
Bei noch verbleibenden ~112.000 WUs aus dem derzetigen Batch und einem Tagesdurchsatz von ~40K WUs, wäre das Arbeit für ~13 Tage.
Somit reicht die Arbeit warscheinlich auch noch für den ganzen September.


Gruß

D.U.

Wobei aber auch zu beachten wäre daß die Similarities of new sequences from public databases idR kürzere Laufzeiten haben als die Similarities of new sequences from metagenomes. Das kann schon annähernd auf eine Halbierung der Laufzeiten rauslaufen.

Nichtsdestotrotz.. wird Zeit, daß hier auch mal wieder WU-mangel herrscht..

 

[Mr. Ice]

Ich denke es kommen dann noch ein paar hmmer WUs aber dann ist hoffentlich Schluß 8)


Edit:

Im September werden wir drei Workunit-Serien berechnen: zunächst Teil 5 und 6 der großen Serie von Sequenzen neuer Metagenome, die im Juli und August in SIMAP importiert wurden. Danach werden ca. 300.000 workunits mit neuen regulären Sequenzen aus Proteindatenbanken berechnet, welche im August in SIMAP importiert wurden. Schließlich sind noch ca. 500.000 letzte Workunits für die neuen Metagenome von Juli und August zu berechnen. Insgesamt rechnen wir mit ca. 3 Wochen Arbeit für unser Projekt im September.

Wenn ich die News richtig verstehe kommen nach Part 5 und 6 (von der August Batch) noch 800.000 WUs... also 300.000 Reguläre, die die jetzt wahrscheinlich 400.000 sind, und dann noch mal 500.000 von Juli und August... das würde dann wirklich fast für den ganzen September reichen... oder versteh ich da was falsch


Gruß,
Mr. Ice

 

[unterstudienrat]

Bei dem Batch 10090101 die "sum of estimated TFPOPS of WUs in Batch" nur ~ halb so groß ist wie noch bei dem Batch Part 6/6 was auf eine deutlich kürzere Berechnungsdauer der einzelnen WUs schließen lässt.
Da sollte pro Tag wieder ~80KWUs durchgehen, was wiederum nicht länger als 5 Tage vorhalten könnte.
Die hmmers (Batch 10090103) sind mit 5600 Stück nicht wirklich erwähnenswert, da bekommt keiner viele von ab.
Somit könnte SIMAP in knapp 5,5 Tagen für diesen Monat die Arbeit ausgehen.


Gruß

D.U.

 

[Mr. Ice]

Da hätte ich nix gegen will eigentlich seit Juli mal wieder Docking rechnen

 

[Nightshift]

Ich hab auch absolut nichts dagegen. Tja, immerhin hab ich heute/vorhin irgendwann die 900k-Grenze von SIMAP geknackt!

 

[unterstudienrat]

SIMAP ist echt lustig, es ist ein neuer Batch 10090106 aufgetaucht mit sagenumwobenen 5813 SIMAPsen.


Gruß

D.U.