Die Archiv-Funktion im Thunderbird kann so eingestellt werden, dass sie in einen einzigen Ordner, einen jährlichen oder monatlichen archiviert - siehe Konto-Einstellungen > Kopien und Ordner > Archivoptionen. Außerdem kann dort eingestellt werden, ob die Ordnerstruktur mit ins Archiv übernommen werden soll. Möglicherweise wirken sich diese Optionen auch auf Archivierungsvorgänge aus, die von Addons getätigt werden.
Grüße
Dalai