TN-Grid weiteres BOINC-Projekt zur SARS-CoV‑2 Erforschung

Medi­al hat die Mit­tei­lung der Stan­ford Uni­ver­si­ty Anfang März sicher­lich die größ­te Auf­merk­sam­keit erhal­ten, dass das Dis­tri­bu­t­ed-Com­pu­ting-Pro­jekt Folding@home nun auch den Coro­na-Virus SARS-CoV‑2 unter­su­chen wird, um bei der Erfor­schung von The­ra­pien zu hel­fen. Dis­tri­bu­t­ed-Com­pu­ting-Pro­jek­te sind ja im erwei­ter­ten Sin­ne Groß­rech­ner, die die For­scher nut­zen kön­nen, die aller­dings nicht in irgend­ei­nem Rechen­zen­trum ste­hen; statt­des­sen wird die Rechen­leis­tung von Frei­wil­li­gen mit ihren Pri­vat-PCs erbracht.

Nach der Bekannt­ga­be und den vie­len Mel­dun­gen in unzäh­li­gen Publi­ka­tio­nen welt­weit ist das öffent­licht­li­che Inter­es­se an Folding@home jedoch der­art explo­diert, dass aktu­ell kaum Worku­nits (WUs) zu bekom­men sind. Anwen­der, die das Pro­jekt mit Rechen­leis­tung unter­stüt­zen möch­ten, kön­nen es kaum, da sie kei­ne Arbeit erhal­ten. Daher gilt es aktu­ell nach ande­ren Pro­jek­ten Aus­schau zu hal­ten, die eben­falls in die­se Rich­tung gehen. Da wäre zum einen das BOINC-Pro­jekt Rosetta@home der Uni­ver­si­ty of Washing­ton. Hier wur­de bereits Ende Febru­ar bekannt gege­ben, dass Rosetta@home sich auch SARS-CoV‑2 wid­men wird. Aller­dings war das Echo in den All­ge­mein-Medi­en hier bei wei­tem nicht so hoch.

Bei­na­he unbe­ach­tet von der Öffent­lich­keit gibt es im BOINC-Netz­werk auch noch ein wei­te­res Pro­jekt, das SARS-CoV‑2 erfor­schen will: TN-Grid der Uni­ver­si­tà di Tren­to, also ein ita­lie­ni­sches Pro­jekt. Eine Mit­tei­lung dazu gibt’s wenig pro­mi­nent plat­ziert nicht auf der Pro­jekt­sei­te, son­dern nur in ihrem Forum:

I just put into the queue all the genes rela­ted to SARS-CoV‑2 accord­ing to this paper https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.22.002386v3

The data we used are avail­ab­le here https://public.ndexbio.org/#/networkset/4b4a9769-6ad1-11ea-bfdc-0ac135e8bacf?accesskey=abb250cd4e341423f3e913d71c171068c75c722e54649a83868feff7f239a548

Descrip­ti­on: Inter­ac­to­mes for SARS-CoV‑2 (coro­na­vi­rus) the virus causing COVID-19. Inter­ac­to­mes have been per­for­med in mul­ti­ple cell lines, inclu­ding HEK-293T, and a lung cell line, A549.

Workunit’s id will start at 165735_Hs to 166977_Hs, that’s the expan­si­on of 1242 gene iso­forms, each one will be 294 worku­nits, so the­re is ple­nty of work to do…

Wer Inter­es­se dar­an hat, etwas Rechen­leis­tung für die Wis­sen­schaft zu spen­den, muss dies nicht allei­ne im stil­len Käm­mer­lein tun. Bei allen genann­ten Pro­jek­ten ist Pla­net 3DNow! auch mit einem eige­nen Team dabei:

Hil­fe­stel­lun­gen zur Anmel­dung, Kon­fi­gu­ra­ti­on oder bei Pro­ble­men gibt’s in der jewei­li­gen Sek­ti­on unse­res Dis­tri­bu­t­ed-Com­pu­ting-Forums.